◆ Jmolで見るトピックス分子(13-2) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。
※Chrome以外のブラウザをご利用ください。Chromeを利用する場合はこちらをご参照ください。


  1. RCSB PDB 2015/08/19 新規公開データより:4y28 The structure of plant photosystem I super-complex at 2.8 angstrom resolution


    4y28(光化学系I)
    4xk8のChain A-L・1-4(光化学系I-集光性アンテナタンパク質I複合体) 同色素(クロロフィル,カロテノイド等)と鉄硫黄クラスターのみ

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    CLA(クロロフィルa)選択 CHL(クロロフィルb)選択 SF4(Fe4S4)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4y28(光化学系I)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2015/08/26 新規公開データより:4xjs Human CD38 complexed with inhibitor 1 [6-fluoro-2-methyl-4-[(2,3,6-trichlorobenzyl)amino]quinoline-8-carboxamide] ※他に4xjt公開。

    PDBデータ 4xjs(阻害剤が結合したNAD加水分解酵素CD38)
    CD38 - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4xjs(阻害剤が結合したNAD加水分解酵素CD38)


  3. 塩野義製薬の「エイズ薬」は、いったい何がスゴイのか(ソフトバンク ビジネス+IT,2015/08/25) ※“最も有望なのが抗HIV(エイズウイルス)薬の「テビケイ(Tivicay)」”。一般名ドルテグラビル(dolutegravir)を下掲。

    ドルテグラビル(dolutegravir)
    Dolutegravir - Wikipedia

    ドルテグラビル(dolutegravir)
    PDBデータ 3s3m(プロトタイプフォーミーウイルス(PFV)のインテグラーゼとDNA;ドルテグラビルが結合) 同Chain A 同PDBsumデータ 3s3m_DLU$ [Integrase - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    DNA/RNA選択 同backbone選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ドルテグラビル(dolutegravir) [右]ドルテグラビルを含むPDBデータ例3s3mと同PDBsumデータ


  4. Cellular contamination pathway for heavy elements identified(R&D,2015/08/26) ※アクチノイドのPu,Am,Cmを含むPDBデータを以下に(2015/08/19公開;他にTh,Sm含むデータも)。

    PDBデータ 4zhdのChain A(Puイオンが結合した金属結合タンパク質)

    4zhdのChain A(Puイオンが結合した金属結合タンパク質) 同PDBsumデータ4zhd_4OZ(Pu含む)$ 4OZ選択
    4zhfのChain A(Cmイオンが結合した金属結合タンパク質) 同PDBsumデータ4zhf_4OL(Cm含む)$
    4zhgのChain A(Amイオンが結合した金属結合タンパク質) 同PDBsumデータ4zhg_4OL(Am含む)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]Puイオンが結合した金属結合タンパク質4zhdのChain A [左]4zhd(Pu結合)・4zhf(Cm結合)・4zhg(Am結合)のPDBsumデータ



  5. ノロウイルスが変異 免疫持たず大流行のおそれ(NHK,2015/08/28) ※記事中のノロウイルスGII.17でなくGII.10のタンパク質例を以下に。

    PDBデータ 4z4wのChain A(フコースが結合したノロウイルスGII.10のカプシドタンパク質)
    Norovirus - Wikipedia

    4z4wのChain A(フコースが結合したノロウイルスGII.10のカプシドタンパク質) 同PDBsumデータ4z4w_FUL(フコース)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    フコースが結合したノロウイルスGII.10のカプシドタンパク質例4z4wのChain A


  6. 正木和夫・歌島 悠・家藤治幸,『多様な酵母の能力と応用利用─油脂や酵素の生産基盤としての酵母にも注目』,「生物の科学 遺伝」,2015年9月号(特集:分類学と応用科学の接点) ※記事中のcutinase-like enzyme(CLE,クチナーゼ様酵素)の構造例を以下に。

    PDBデータ 2czqのChain A(クチナーゼ様タンパク質)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    クチナーゼ様タンパク質例2czqのChain Aと日本醸造協会誌掲載解説 [PDF]の画像


  7. 今月の分子 189: アミロイド(Amyloids)(PDBj,2015/09)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 2m4jのModel 1(アミロイドβ線維)
    Amyloid - Wikipedia

    2m4jのModel 1(アミロイドβ線維)
    2lmnのModel 1(同)
    2lmpのModel 1(同)
    2mxuのModel 1(42残基のアミロイドβ繊維;残基番号11-42)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    アミロイドβ線維の構造例2m4jのModel 1(左)と2mxuのModel 1(右)


  8. RCSB PDB 2015/09/02 新規公開データより:3j9j Structure of the capsaicin receptor, TRPV1, determined by single particle electron cryo-microscopy

    PDBデータ 3j9j(カプサイシン受容体,TRPV1;cryo-EMによる)
    TRPV1 - WikipediaCryo-electron microscopy - Wikipedia

    3j9j(カプサイシン受容体,TRPV1)
    カプサイシン(capsaicin)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    カプサイシン受容体 TRPV1 の例3j9j


  9. 溶けにくいアイスクリーム誕生へ、天然のタンパク質を活用」 http://bit.ly/1JPW2xw (CNN Japan,2015/09/03) ※“天然のタンパク質「BslA」”(枯草菌亜種由来)の構造を以下に。

    PDBデータ 4bhu(BslA〔Bacterial Surface Layer A〕タンパク質)
    TRPV1 - WikipediaCryo-electron microscopy - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    BslA(Bacterial Surface Layer A)タンパク質4bhu


  10. 西條政幸,『新興・再興ウイルス感染症 ― SFTS,MERSおよびEVD ―』,「現代化学」,2015年9月号 ※SFTS(重症熱性血小板減少症候群)ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質例4j4vを以下に(他に4j4r,4j4s,4j4u,4j4w,4j4xあり)。

    PDBデータ 4j4v(SFTSウイルスのヌクレオカプシドタンパク質;阻害剤スラミンが結合)
    Severe fever with thrombocytopenia syndrome - WikipediaPhlebovirus - WikipediaSuramin - Wikipedia

    4j4v(フコースが結合したノロウイルスGII.10のカプシドタンパク質) 同PDBsumデータ4j4v_SVR(スラミン)$
    4wmdのChain A(MERSコロナウイルスのプロテアーゼ)
    4rsp(MERSコロナウイルスのプロテアーゼ;Chain A・B) Chain B選択
    4yluのChain A(MERSコロナウイルスのプロテアーゼ) 同PDBsumデータ4ylu_R30$
    1q2wのChain A(SARSコロナウイルスのプロテアーゼ)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤スラミンが結合したSFTSウイルスのヌクレオカプシドタンパク質4j4vとそのPDBsumデータ


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