◆ SARSと抗ウイルス薬 ◆
概要版CASTpデータで見るSARS関連タンパク質例(Chime版)

※分子表示をJmolに変更!!(説明画像はChimeによる) → Chimeによる各種分子データ表示

SARSコロナウイルス(SARS-CoV)と類似構造を持つMERSコロナウイルス(MERS-CoV)についてはJmolトピックに両者のプロテアーゼ構造の比較を示しています。MERS-CoVは2012年に確認され,2015年には韓国などで感染が広がり死者も出ています。

 2003年3月,WHOが原因不明の呼吸器疾患で緊急警報を発し,その後重症急性呼吸器症候群(Severe Acute Respiratory Syndrome;SARS)と名付けられましたが,世界規模で感染が広がり,対策に努力が傾けられています。以下に関連情報を随時掲載します。


SARSコロナウイルスのプロテアーゼ結晶構造(PDBデータ1q2wのChain A;PDB部分データに収載)
X-Ray Crystal Structure Of The Sars Coronavirus Main Protease
※Ligandは2-methyl-2,4-pentanediol,黄色球はS原子
《参考》その他のSars coronavirus由来PDBデータ一覧



参考:その他のコロナウイルス関連PDBデータ例
1lvoのChain A(他に1l6z;何れもSARS以前)
:抗SARS薬設計のためのデータ1p9sのChain A(他に1p9u) → 理研研究例(2004/09/08)
CASTpにより,PDB ID または Keyword Search(SARS で検索)によりポケット部位探索可能



CASTpで得られるポケット部位の例(水素結合表示) → CASTpデータで見るSARS関連タンパク質例
:1p9s Chain BのPocket 69・68,:1q2w Chain BのPocket 60・59


 
CASTpデータ利用ページの1p9s Chain BのPocket 69・68
:阻害剤モデル分子例TG-0204998が結合した2zu4構造データ掲載ページ
2zu4のCleftsデータ(CASTpとは異なるタンパク質内空隙データ)



PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性
で参照できる2zu4内のTG-0204998



●抗ウイルス薬

抗ウイルス薬およびその他のSARS治療薬候補の例(初期表示はリバビリン)
※以下の分子表示は
Jmolによるものに変更しました(Chimeによる表示はこちら)。
※参考:鳥インフルエンザ&新型インフルエンザ情報エイズ薬の例(Jmol版)

空間充填 球棒 針金
Jmol色 Rasmol色
 
背景・黒 背景・灰 背景・白
●ピリミジン誘導体
シタラビン(cytarabine
トリフルウリジン(trifluridine
●プリン誘導体
アシクロビル(acyclovir
ガンシクロビル(ganciclovir
ビダラビン(vidarabine
●その他の抗ウイルス薬
リバビリン(ribavirin
オセルタミビル(oseltamivir) | GS4071(オセルタミビル由来)
 ※リン酸オセルタミビルは抗インフルエンザウイルス薬(商品名タミフル
ザナミビル(zanamivir)
 ※ザナミビル水和物が抗ウイルス薬(商品名リレンザ
アマンタジン(amantadine
 ※塩酸アマンタジンが抗ウイルス薬(商品名シンメトレル など)
グリチルリチンglycyrrhizin,抗肝炎ウイルス剤)
 ※Googleニュースによる“glycyrrhizin SARS”検索結果参照
ネルフィナビルnelfinavir,抗HIV薬) → HIVとエイズ
 ※Googleニュースによる“nelfinavir SARS”検索結果参照
AG7088(アメリカで臨床試験中の風邪薬)
 ※Googleによる“AG7088 SARS”検索結果(日本語)参照
ファビピラビル(favipiravir,T-705)(臨床試験中のRNAポリメラーゼ阻害剤,富山化学記事

◆抗ウイルス薬以外のSARS治療薬候補
向精神薬プロマジン(promazine
寄生虫駆除薬ニクロサミド(niclosamide別データ

◆その他参考データ
シアル酸(sialic acid)→ 鳥インフルエンザ情報参照

《今後もデータを追加します》


インフルエンザウイルスの構造;サブタイプを決めるのがヘマグルチニン(HA)とノイラミニダーゼ(NA) → 鳥インフルエンザ情報
インフルエンザウイルス Q&A−特徴と性状−(東京都立衛生研究所)などを参考に作図
ウイルスの種類(DNAウイルスとRNAウイルス)


シアル酸および抗インフルエンザウイルス薬(プラグ薬の例)のザナミビルとGS4071・オセルタミビル;親油ポテンシャル表示
シアル酸とザナミビルの重ね合わせデータ
「別冊日経サイエンス143 世界を脅かす感染症とどう闘うか」,p.51参照
※参考:糖タンパク質データ集(糖鎖を含むタンパク質);シアル酸など糖鎖成分の色分け表示


ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDDデータ1a4gのChain A → 新しい風邪薬・インフルエンザ治療薬


GS4071(オセルタミビル〔※タミフル〕が血液・肝臓中で変化)を含む2qwk鳥インフルエンザ情報


ガンシクロビルを含むPDBデータ例:1ac9のModel 1(左)と1ki2のChain A(右)
PDB部分データリストで参照可能



※参考:KEGG :Antiviral - Reference pathway-DRUG D06676 に本サイトで参照できる分子をマークしたもの
:本ページ エイズ薬の例 鳥インフルエンザ&新型インフルエンザ情報



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