◆ バイオレメディエーションとファイトレメディエーション(Jmol版) ◆
Jmolトピック [NEW!]Chime版

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※初期表示は1lkd

■表1 図1の分子モデルとダイオキシン類に含まれるPCB
●ビフェニルの代謝反応生成物(図1)
ビフェニル  I
ビフェニル-2,3-ジヒドロジオール II
2,3-ジヒドロキシビフェニル(DHBP) III
2-ヒドロキシ-6-オキソ-6-フェニルヘキサ-2,4-ジエノエート(HPDA) IV
安息香酸 + 2-ヒドロキシペンタ-2,4-ジエノエート V
●PCB
分類・同族体名 WHO-TEF〔ヒト・ほ乳類〕
◆PCBs(Non-ortho)
3,4,4',5-TCB(81) 0.0001 a,b,c,e
3,3',4,4'-TCB(77) 0.0001
3,3',4,4',5-PeCB(126) 0.1
3,3',4,4',5,5'-HxCB(169) 0.01
◆PCBs(Mono-ortho)
2,3,3',4,4'-PeCB(105) 0.0001
2,3,4,4',5-PeCB(114) 0.0005 a,b,c,d
2,3',4,4',5-PeCB(118) 0.0001
2',3,4,4',5-PeCB(123) 0.0001 a,c,d
2,3,3',4,4',5-HxCB(156) 0.0005 b,c
2,3,3',4,4',5'-HxCB(157) 0.0005 b,c,d
2,3',4,4',5,5'-HxCB(167) 0.00001 a,d
2,3,3',4,4',5,5'-HpCB(189) 0.0001 a,c
◆参考:DecaPCB
DecaCB


■表2 ビフェニルおよびPCBの代謝酵素例
  2xrx2xshのリガンド-SITE部分はPDBsumのLigand-SITE情報にも掲載(鉄硫黄クラスターも参)
全体表示 活性部位選択活性部位のみ または
リガンド-SITE部分
1d7y BphA4
1bdb BphB
1kw8 BphC(NOあり)
1kw9 BphC(NOなし)
1c4x BphD
1lgt(2'-Cl dihydroxybiphenyl)
1lkd(2',6'-diCl dihydroxybiphenyl)
2xrxのA-F鎖
 ビフェニルジオキシゲナーゼ
   (biphenyl)
(PDBsumより)
2xshのA-F鎖
 ビフェニルジオキシゲナーゼ
   (2,6-dichlorobiphenyl)
(PDBsumより)
※参考(PCDF含む)
2yflのA-F鎖
 ビフェニルジオキシゲナーゼ
   (2-chlorodibenzofuran)
(PDBsumより)


■表3 メタロチオネインのデータ1dmd
●1dmd(NMR, 18 Structures)から作成  がCd 〈空間充填 〉,はCysの硫黄
Model 1Model 2Model 3Model 4
Model 5Model 6Model 7Model 8
Model 9Model 10Model 11Model 12
Model 13Model 14Model 15Model 16
Model 17Model 18
Model〜18のアニメーションアニメーション OFF


■表4 その他の参考データ
3f0p(有機水銀分解酵素〈アルキル水銀リアーゼ,EC.4.99.1.2〉MerBの例) | PDBsumデータ 3f0p_HG(Hg追加)$
5u82のChain A(MerBの例;トリエチルスズが結合) | PDBsumデータ 5u82_ZN0s(H原子追加)$
4rpnのChain A(PCP分解転写活性化タンパク質PcpR;ペンタクロロフェノールが結合) [NEW!]Jmolトピックス |  PDBsumデータ4u14_0HK$ペンタクロロフェノール



バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球25% 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 


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