◆ Jmolで見るトピックス分子(11-4) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。


  1. 東大、新規作用機序を有する抗生物質ライソシンを発見(日経,2014/12/09)

    ライソシンE(lysocin E)

    ライソシンE(lysocin E)
    参考:メチシリン(methicillin)
    参考:
    メナキノン-6 (menaquinone 6;メナキノン〈ビタミンK2〉の例)
    参考(MRSA関連PDBデータ):2iwd*(メチシリン耐性黄色ブドウ球菌〈MRSA〉の細胞外センサードメインMecR1の構造例)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド(SOY)選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ライソシンE(lysocin E)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2014/12/10 新規公開データより:4d1e THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MUSCLE ALPHA-ACTININ-2

    PDBデータ 4d1e(ヒトのαアクチニン-2)
    Actinin - WikipediaActinin, alpha 2 - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4d1e


  3. 妊婦のプラスチック化学物質への暴露、子どもの知能指数低下と関連か(AFPBB News,2014/12/12)

    フタル酸ジブチル(DBP,DnBP)とフタル酸ジイソブチル(DIBP,DiBP)の同時表示
    Dibutyl phthalate - WikipediaDiisobutyl phthalate - Wikipedia

    フタル酸ジブチル(DBP,DnBP)
    フタル酸ジイソブチル(DIBP,DiBP)
    DBPとDIBPの同時表示
    参考(DBPが結合したPDBデータ):4g5i(ブタ膵臓のホスホリパーゼA2〈PLA2〉;フタル酸ジブチルが結合) 同PDBsumデータ4g5i_DB7$ [ホスホリパーゼA2 - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]「GoogleドライブとChem3D for iPad/RCSB PDB Mobileで分子を見る」によるフタル酸ジブチルとフタル酸ジイソブチルの同時表示
    [右]4g5iのPDBsumデータ(AFPBB News記事,PLOS ONE論文とは直接関係ありません)


  4. 世界結晶年2014が終わるのを前に:衣料に用いる繊維の結晶構造例として絹のフィブロイン構造関連データ例を以下に。

    PDBデータ 3ua0の4量体(Chain A・B×2;カイコのフィブロイン構造例)
    Fibroin - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    GlyAlaSer選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3ua0の4量体(アミノ色表示;球表示はフィブロインに多いGlyAlaSer

    【参考】 羊毛ケラチンと絹フィブロインに含まれるアミノ酸の例(mol%)
     アミノ酸  羊毛ケラチン 絹フィブロイン
    グリシン 10.12 44.46
    アラニン 5.40 30.24
    セリン 11.91 11.41
    グルタミン酸 11.55 0.93
    シスチン 11.59
    ※データ引用:森昇・中嶋哲生,「被服材料学」,さんえい出版(1986)


    模式的に描いたフィブロインの平行β鎖構造(CAMD-I plusほか旧プログラムによる)


  5. RCSB PDB 2014/12/17 新規公開データより:3wo4 Crystal structure of the IL-18 signaling ternary complex ※他に3wo2(以下にChain A),3wo3

    PDBデータ 3wo4(受容体に結合したインターロイキン18〈IL-18〉)
    Interleukin 18 - WikipediaInterleukin-18 receptor - Wikipedia

    3wo4$(受容体に結合したインターロイキン18)
    3wo2のChain A(インターロイキン18)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    A鎖(IL-18)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3wo4


  6. 羊のプリオン病、人にも感染可能性 国際研究チーム(朝日,2014/12/17)

    PDBデータ 1xyuのModel 1(ヒツジのプリオンタンパク質例)
    http://en.wikipedia.org/wiki/Prion - WikipediaScrapie - Wikipedia

    1xyuのModel 1(ヒツジのプリオンタンパク質例)
    1qlzのModel 1(ヒトのプリオンタンパク質例) … 2002年ノーベル化学賞受賞のWuthrichらによる。 → 2002年度ノーベル化学賞

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヒトの正常プリオンタンパク質例と異常プリオンタンパク質(データ詳細不詳)の比較


  7. バクテリアの抗生物質耐性を予測する新手法を開発 −少数遺伝子の発現量変化から高精度に抗生物質への耐性を予測−(理研,2014/12/19) ※記事中の抗生物質を以下に。

    セフィキシム(cefixime)
    Cefixime - Wikipedia

    セフィキシム(cefixime)
    エノキサシン(enoxacin)
    シプロフロキサシン(ciprofloxacin)
    クロラムフェニコール(chloramphenicol)
    ネオマイシンの例としてネオマイシンB(neomycin B)
    参考(セフィキシムが結合したPDBデータ):4kou(セフィキシムが結合したアセチルトランスフェラーゼ) 同PDBsumデータ4kou_C04$(硫酸イオン含む) C04(セフィキシム)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]セフィキシム(cefixime) [右]セフィキシムが結合したアセチルトランスフェラーゼ 4kouとそのPDBsumデータ


  8. RCSB PDB 2014/12/17 新規公開データより:4v30 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Lenalidomide ※サリドマイド誘導体のレナリドミド結合データ。他にサリドマイド結合の4v2yほか。

    PDBデータ 3wo4のChain A((S )-レナリドミドが結合したセレブロン)
    Lenalidomide - WikipediaThalidomide - WikipediaCereblon - Wikipedia

    4v30((S )-レナリドミドが結合したセレブロン) 同PDBsumデータ4v30_LVY [151(A)]$
    PDBsumデータ4v2y_EF2$((S )-サリドマイドが結合したセレブロン)
    (S )-サリドマイド | (R )-サリドマイド | 両分子同時表示

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    A鎖(IL-18)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PDBsumデータ4v30_LVY4v2y_EF2


  9. RCSB PDB 2014/12/31 新規公開データより:3wwr Crystal structure of the human vitamin D receptor ligand binding domain complexed with 1-((((1S,2R,6R,Z)-2,6-dihydroxy-4-((E)-2-((1R,3aS,7aR)-1-((R)-6-hydroxy-6-methylheptan-2-yl)-7a-methylhexahydro-1H-inden-4(2H)-ylidene)ethylidene)-3-methylenecyclohexyl)oxy)methyl)cyclopropanecarbonitrile

    PDBデータ 3wwr(ビタミンD3誘導体が結合したビタミンD3受容体)
    Lenalidomide - WikipediaVitamin D - WikipediaCalcitriol receptor - Wikipedia

    3wwr(ビタミンD3誘導体が結合したビタミンD3受容体) 同PDBsumデータ3wwr_3AJ$
    参考(活性型ビタミンD3が結合したビタミンD3受容体):1ie9 同PDBsumデータ1ie9_VDX [151(A)]$
    ビタミンD2(カルシフェロール,エルゴカルシフェロール) | ビタミンD3{コレカルシフェロール} 活性型ビタミンD3

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    A鎖(IL-18)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PDBsumデータ1ie9_VDX3wwr_3AJ


  10. 朝日賞のみなさん(朝日,2015/01/01) ※4名の受賞者から『エイズ治療薬を安価に 熊本大学大学院教授・満屋裕明さん』の記事中のAZT,ダルナビルを以下に。他の受賞者に『抗寄生虫薬、途上国救う 北里大学特別栄誉教授・大村智さん』(エバーメクチン,イベルメクチンなど)も。

    ダルナビル(darunabir,TMC-114;プロテアーゼ阻害薬)
    Darunavir - Wikipedia

    ダルナビル(darunabir;プロテアーゼ阻害薬)
    AZT(ジドブジン,zidovudine;核酸系逆転写酵素阻害薬) [Zidovudine - Wikipedia
    参考(ダルナビルが結合したPDBデータ例):3cyw(HIV-1プロテアーゼ) 同PDBsumデータ3cyw_017$
    参考(AZTの活性体AZT3リン酸が結合したPDBデータ例):3v4iのChain A・B・P・T(HIV-1逆転写酵素とDNA) 同PDBsumデータ3v4i_AZT(AZT1リン酸,Mgが結合)$ AZT選択

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    AZTの活性体AZT3リン酸が結合したHIV-1逆転写酵素とDNAのPDBsumデータ3v4i_AZT(AZT1リン酸,Mgが結合)


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」