◆ Jmolで見るトピックス分子(9-3) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 431-440441-
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。


  1. 体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見 −細胞外刺激による細胞ストレスが高効率に万能細胞を誘導−(理研,2014/01/29) ※補足説明にあるOct4関連データ,GFPを以下に

    PDBデータ 1gt0*(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例)
    Oct-4 - Wikipedia

    ◎Oct4関連
    1gt0*(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例)
    3l1p(Oct4関連POUドメイン;DNAに結合)
    ◎GFP関連
    1hcjのChain A(オワンクラゲ由来のGFP)

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    DNA/RNA選択 同backbone選択
    ※1gt0について: C鎖(Oct4類似のOct1)選択 D鎖(Sox2)選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


    PDBデータ1gt0のPyMOLによる回転アニメ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 第75回サイエンスカフェにいがた『新潟の海に住む生きた化石ヌタウナギ』(仮題)(ジュンク堂書店新潟店,2014/03/15開催) ※本サイトの勝手応援でヌタウナギのヘモグロビン構造を上掲


    ヘモグロビン構造の比較(何れもA鎖): ヒト(2hhb,デオキシヘモグロビン),ヤツメウナギ(2lhb,CN-結合),ヌタウナギ(1it3,CO結合)


    PDBデータ 1it3(ヌタウナギのヘモグロビン;一酸化炭素が結合)
    Hagfish - Wikipedia

    1it3(ヌタウナギのヘモグロビン;一酸化炭素が結合) | 同Chain A
    1hho(ヒトのヘモグロビン;オキシヘモグロビン) | 同Chain A

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  3. 世界で初めてヘム鉄代謝の鍵となる電子伝達複合体の立体構造を解明(SPring-8,2014/02/04)


    PDBデータ 3wktのChain A・C(NADPH-シトクロムP450還元酵素とヘムオキシゲナーゼの複合体)
    Cytochrome P450 reductase - WikipediaHeme oxygenase - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  4. インフル新薬「アビガン」、3月にも承認へ 厚労省(朝日,2014/02/05)


    ファビピラビル(favipiravir,T-705,商品名アビガン;RNAポリメラーゼ阻害剤)
    Favipiravir - WikipediaHypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase - Wikipedia

    ファビピラビル(favipiravir)
    PDBデータ 4kn6(ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ;T-705-リボース-5'-一リン酸が結合)
     ※T-705は活性体の三リン酸体に変換されて阻害作用
    同PDBsumデータ 4kn6_1RP$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  5. 名大など、「緑膿菌」に対する新しい作用機構の人工タンパク質を開発(マイナビニュース,2014/02/07)


    鉄フタロシアニンが結合したヘム獲得タンパク質HasApのPDBsumデータ3w8o_WPC


    PDBデータ 3w8oのChain A(ヘム獲得タンパク質HasAp;鉄フタロシアニンが結合)
    Phthalocyanine - Wikipedia

    3w8oのChain A(ヘム獲得タンパク質HasAp;鉄フタロシアニンが結合)
    同PDBsumデータ 3w8o_WPC(鉄フタロシアニン結合)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  6. 「気分の波」を緩和する薬剤の作用メカニズム解明に一歩前進 −細胞内でイノシトールを合成する生化学的経路は下顎の発育にも関与−(理研,2014/02/13)

    myo-イノシトール(myo-inositol;イノシトールの例)

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


  7. 読んだ本から:長沼 毅,「死なないやつら」,講談社ブルーバックス(2013) ※p.224に“人間社会の将来を間違ったものにしないためにも、私たちは「生命とは何か」を探りつづけなければならないのです”。

     
    デイノコッカス・ラディオデュランスのDNA修復酵素2v1c(左)としんかい6500レゴ(中),チューブワームのヘモグロビン1yhu(右)


    PDBデータ 2v1c(放射線抵抗性細菌デイノコッカス・ラディオデュランスのDNA修復酵素)
    Deinococcus radiodurans - Wikipedia

    2v1c(放射線抵抗性細菌デイノコッカス・ラディオデュランスのDNA修復酵素)
    1yhu(チューブワームのヘモグロビン) → ヘモグロビン

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  8. RCSB PDB 2014/02/11 新規公開データより:4m9e Structure of Klf4 zinc finger DNA binding domain in complex with methylated DNA

    PDBデータ 4m9e(メチル化DNAに結合したKlf4亜鉛フィンガー;Klf4はiPS細胞山中4因子の1つ)

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    DNA/RNA選択 同backbone選択
    5CM選択 Zn選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  9. 【がん】非分裂性のがん細胞が薬物標的(Nature,2014/02/19)

    VLX600(ChemBridge 5625138)

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


  10. 読んだ本から:宮田 隆,「分子からみた生物進化 DNAが明かす生物の歴史」,講談社ブルーバックス(2014) ※p.83図5-1のヘモグロビンβ鎖の構造例を以下に。


    アミノ酸残基の極性(上掲書 p.89)とI'/O'値の比較 → Jmolアミノ酸


    ヘモグロビンβ鎖の立体構造例(4hhbのChain B)


    PDBデータ 4hhbのChain B(ヒトのヘモグロビンβ;デオキシヘモグロビン)

    4hhbのChain B(ヒトのヘモグロビンβ;デオキシヘモグロビン) His63・92選択
    2hhb_HEM(B鎖;ヘモグロビンβ)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    ヘム選択 Fe選択 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 



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