◆ Jmolで見るトピックス分子(Vol.1) ◆
最新版 | 関連:バイオ関連トピックス
※初期表示はプラバスタチン

本サイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。データ番号と資料番号が対応しているほか,[ ]の事項クリックで関連情報やブログエントリーにジャンプします。
  1. プラバスタチン(pravastatin) [スタチン - Wikipediaブログ記事1
  2. PDBデータ 2b7fのChain A・B・I(HTLV-1ウイルスのプロテアーゼ) [Human T-lymphotropic virus - Wikipedia
  3. PDBデータ 2zuo[4.23MB](タンパク質ボルトの部分構造;First entry, chain A-M) | 参考:別の研究グループによるデータ例 2qzv [ブログ記事
  4. パロキセチン(paroxetine) | フルボキサミン(fluvoxamine) | セルトラリン(サートラリン,sertraline) [Selective serotonin reuptake inhibitor - Wikipedia
  5. シクロプロプ-2-エンカルボン酸(cycloprop-2-enecarboxylic acid)
  6. PDBデータ 2znl*(インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼPA-PB1サブユニット) ‖ 3a1g*(同 PB1-PB2サブユニット)| Chain A・B*T-705(RNAポリメラーゼ阻害剤) ‖ CS-8958(ノイラミニダーゼ阻害剤) | ペラミビル(peramivir;ノイラミニダーゼ阻害剤) [Peramivir - Wikipedia
  7. PDBデータ 3d90(プロゲステロン受容体) [Progesterone - Wikipedia] | レボノルゲストレル(levonorgestrel,(-)-form) [Levonorgestrel - Wikipedia
  8. PDBデータ 1Q84(アセチルコリンエステラーゼ) [ブログ記事
  9. PDBデータ 2zxe*#(ナトリウム・カリウムポンプ)
  10. トランスフルトリン(transfluthrin) [Transfluthrin - Wikipedia
  11. PDBデータ 2zye*(阻害剤KNI-272が結合したHIV-1プロテアーゼ) 同PDBsumデータ2zye_KNI*$ PDBsumデータにH・D原子追加*$(異常表示防ぐために一部H・D原子割愛) [HIV-1 protease - Wikipedia
  12. PDBデータ 1nn2*#(ノイラミニダーゼ,neuraminidase) PQSによる4量体 [Neuraminidase - WikipediaMolecule of the Month(PDB,2009/05)
  13. PDBデータ 2iga(プロトカテキュ酸ジオキシゲナーゼ) 同PDBsumデータ 2iga_FE2$ [PDBsumOxygenase - Wikipedia
  14. PDBデータ 2v0zのChain C(高血圧治療薬アリスキレンが結合したレニン) 同PDBsumデータ 2v0z_C41$ [Aliskiren - Wikipedia
  15. PDBデータ 3giw(ロスマンフォールド) [Rossmann fold - Wikipedia
  16. アラキドン酸(arachidonic acid) [Arachidonic acid - Wikipedia
  17. PDBデータ 1gt0*(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例) [今月の分子 2009/04(PDBj)
  18. 代替フロンの一種HCFC(ハイドロクロロフルオロカーボン)の例:HCFC-123 [代替フロン - Wikipedia,]
  19. PDBデータ 2zw3(ヒト由来ギャップ結合チャネル) [Gap junction - Wikipedia
  20. テトラヒドロカンナビノール(tetrahydrocannabinol,Δ9-THC) [Tetrahydrocannabinol - Wikipedia
  21. MDMA [Methylenedioxymethamphetamine - Wikipedia
  22. PDBデータ 3gj2のChain A(光活性化型GFP;2009/03/24 RCSB PDB公開) [Green fluorescent protein - Wikipedia
  23. PDBデータ 2z5r*(フェリチン,ferritin) PQSによる24量体 [Ferritin - WikipediaBiomineralisation - Wikipedia
  24. PDBデータ 3cs9のChain A(ニロチニブ結合チロシンキナーゼ) 同PDBsumデータ 3cs9_NIL$ [PDBsumNilotinib - Wikipedia] ‖ PDBデータ 3g5d(ダサチニブ結合チロシンキナーゼ) 同PDBsumデータ 3g5d_1N1$ [PDBsumDasatinib - Wikipedia
  25. 1,2,4-トリメチルベンゼン(1,2,4-trimethylbenzene) [ICSC情報
  26. フラーレン(fullerene,C60) [Fullerene - WikipediaNanotechnology - Wikipedia
  27. PDBデータ 2d57(アクアポリン4) PQSによる4量体 [Aquaporin - Wikipedia
  28. PDBデータ 2rogのModel 1(TTHA1718,in living E. coli cells) PDBデータ 2roeのModel 1(TTHA1718,in vitro) [in vivo - Wikipediain vitro - Wikipediain silico - Wikipedia
  29. PDBデータ 2frvのChain S・L*(ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ) 同PDBsumデータ 2frv_Ni$ [今月の分子 2009/03(PDBj)ブログ記事
  30. キノリン酸(quinolinic acid) キノリン酸を含むPDBデータ 1qap*(キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ QPRT) 同PDBsumデータ 1qap_NTM$ [Quinolinic acid - Wikipedia
  31. CS-8958(臨床試験中) | ペラミビル(peramivir) ペラミビルを含むPDBデータ 2f10*(参考) [Peramivir - Wikipedia] | T-705(臨床試験中)
  32. ビマトプロスト(bimatoprost) ビマトプロストを含むPDBデータ 2f38(参考) [Bimatoprost - Wikipedia
  33. PDBデータ 2v84(梅毒トレポネーマ Treponema pallidum のリポタンパク質)
  34. サルコシン(sarcosine) [Sarcosine - Wikipedia
  35. PDBデータ 1wua*(アメフラシ由来アプリロニンAとアクチンとの複合体構造) | アプリロニンA(aplyronine A) [理研資料ブログ記事
  36. PDBデータ 3ebj(鳥インフルエンザ,RNAポリメラーゼのPAサブユニット) | A鎖
  37. PDBデータ 2w69(インフルエンザ,キャップスナッチング〔cap-snatching〕) | A鎖 [ブログ記事
  38. PDBデータ 2p1p(オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ) | PDBsumデータ 2p1p_IAC$インドール酢酸(IAA,オーキシンの例) [今月の分子 2009/02(PDBj)ブログ記事
  39. PDBデータ 1xj9*(ペプチド核酸〔PNA〕) | 参考:別の研究グループによるデータ例 1pnn*(PNA/DNA)
  40. 白リン(white phosphorus,P4) [白リン弾 - Wikipedia
  41. 2,2'-ビピリジン(別名2,2'-ジピリジル) [ICSC情報
  42. ヒアルロン酸(hyaluronic acid,繰り返し単位) | PDBデータ3hya*(ヒアルロン酸 8mer) [糖タンパク質データ集
  43. PDBデータ 1jb0中のP700形成ヘテロ2量体例(CL1 1011, CL1 1021, His680A, His660B) CL1 1011選択 [ブログ記事
  44. PDBデータ 2jp9のModel 1(WT-1〔WT1〕結合DNA,Zinc Finger) [ブログ記事
  45. ソラフェニブトシル酸塩(sorafenib tosylate;商品名 ネクサバール,Nexavar)
  46. PDBデータ 2zsh(ジベレリン受容体;ジベレリンA3結合) [ブログ記事
  47. PDBデータ 3bla(DcpS) [Scavenger Decapping Enzyme DcpS (PSI-Nature)
  48. メラミン(melamine) [ブログ記事
  49. テトラクロロエチレン(tetrachloroethylene,パークレン) [ドライクリーニング溶剤
  50. PDBデータ 2rh1*(β2アドレナリンレセプター) 同PDBsumデータ 2rh1_CAU$ [PDBsumAdrenergic Receptor - Wikipedia

 (適宜追加します)


バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球25% 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P



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