◆ Jmolで見るトピックス分子(Vol.8) ◆
最新版
※初期表示は阻害剤が結合したリボヌクレアーゼA。

本サイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。データ番号と資料番号が対応しているほか,[ ]の事項クリックで関連情報やブログエントリーにジャンプします。
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Vol.1(No.1-50)2(51-100)3(101-150)4(151-200)5(201-250)6(251-300)7(301-350)
  1. PDBデータ 1dfj(リボヌクレアーゼA;阻害剤が結合) リボヌクレアーゼA(E鎖)選択 [Ribonuclease A - Wikipedia
  2. フマル酸ジメチル(dimethyl fumarate) | ソフォスブビル(sofosbuvir) [Dimethyl fumarate - WikipediaSofosbuvir - Wikipedia
  3. PDBデータ 4n6h(δオピオイド受容体,GPCR;ナルトリンドールが結合) リガンドEJ4(ナルトリンドール)選択 [δ-opioid receptor - Wikipedia
  4. PDBデータ 4cas(光合成反応中心;シトクロムCサブユニット〈A鎖〉ほか) [Photosynthetic reaction centre - WikipediaCytochrome c - Wikipedia
  5. 塚崎朝子,「新薬に挑んだ日本人科学者たち」,講談社ブルーバックス(2013) より
    1-1 スタチン(p.28): プラバスタチン シンバスタチン コンパクチン(メバスタチン) アトルバスタチン | ブリオスタチン3(同書不掲載)
    2-1 クラビット(レボフロキサシン): レボフロキサシン
    2-2 プログラフ(タクロリムス): タクロリムス
    3-1 レトロビル(アジドチミジン:AZT): AZT
    3-2 ザルシタビン: ザルシタビン
    3-3 ダルナビル: ザルシタビン [Zalcitabine - Wikipedia
    4-1 アリセプト(ドネペジル塩酸塩): ドネペジル
    4-2 カンプト(イリノテカン塩酸塩): イリノテカン
    5-2 ガスター(ファモチジン): ファモチジン [Famotidine - Wikipedia
    5-3 パリエット(ラベプラゾールナトリウム): ラベプラゾール
  6. ムスク系香料分子の例: ムスコン(muscone) ムスクキシロール(ムスクキシレン,musk xylene) ムスクケトン(musk ketone) [Musk - WikipediaMuscone - WikipediaOR5AN1 - Wikipedia
  7. オキシトシン(oxytocin) [Oxytocin - Wikipedia
  8. PDBデータ 4nc3*(GPCR,5-HT2Bセロトニン受容体;エルゴタミンが結合) ERM(エルゴタミン)選択 [5-HT2B receptor - Wikipedia
  9. PDBデータ 2d4f*(ヒトのβ2-ミクログロブリン) [Beta-2 microglobulin - WikipediaItai-itai disease - Wikipedia
  10. PDBデータ 4bv4#(Toll受容体;Spatzleタンパク質が結合) [Toll-like receptor - Wikipedia;“Toll receptor”の記載あり]
  11. アセトフェノン(acetophenone) [Acetophenone - Wikipedia
  12. 農薬:プロメトリン(prometryn) | トリフルラリン(trifluralin) | アルジカルブ(aldicarb;アルジカルブスルホキシドに代えて) | ハロキシホップ(haloxyfop) | クロルピリホス(chlorpyrifos) ‖ 抗生物質:テトラサイクリン(tetracycline) | クロルテトラサイクリン(chlortetracycline) ‖ カビ毒:アフラトキシンB1(aflatoxin B1;アフラトキシンの例)
  13. 水分子内包 C60 (H2O@C60) C60選択
  14. PDBデータ 2cyd(V-ATPase) [V-ATPase - Wikipedia
  15. PDBデータ 4mqt(ムスカリン性アセチルコリン受容体M2;ナノボディが結合) IXO(iperoxo)選択 同PDBsumデータ 4mqt_IXO(iperoxo)$ PDBsumデータ 4mqt_2CU(LY2119620)$ [Acetylcholine receptor - Wikipedia
  16. PDBデータ 4esvのChain A-F・V*(DNAヘリカーゼ) [Helicase - Wikipedia
  17. PDBデータ 4cadのChain A-C(Rce1;抗体フラグメントFabが結合) [RCE1 - Wikipedia
  18. PDBデータ 1sfc(SNARE複合体) 同Chain A-D [SNARE (protein) - Wikipedia
  19. PDBデータ 4j4q*#(オプシン;嗅覚受容体のホモロジーモデリング) 同PDBsumデータ 4j4q_BOG405$ BOG_405A選択 [Olfactory receptor - Wikipedia
  20. サリン(sarin) [Sarin - Wikipedia] ‖ PDBデータ2y2vのChain A#(マウスのアセチルコリンエステラーゼ;サリンが結合) SGB選択 [Acetylcholinesterase - Wikipedia] ‖ 3f96のChain A(ヒトの血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ;Ser273へのサリンによる修飾残基SGBは座標2種のうちAのみ) SGB選択 [PAF acetylhydrolase - Wikipedia
  21. PDBデータ 1dz9のChain A*(p450)
  22. PDBデータ 4bzi(COPII〈コートタンパク質複合体II〉輸送小胞のコート ;2013年ノーベル生理学医学賞受賞者のSchekmanらによる) [COPII - WikipediaVesicle (biology and chemistry) - Wikipedia] ‖ PDBデータ 1xi4のChain A-C(クラスリン) [Clathrin - Wikipedia
  23. OTSSP167  ‖ 参考: PDBデータ 4bky(MELK〈Maternal embryonic leucine zipper kinase〉の例;OTSSP167とは異なる阻害剤含む) 同PDBsumデータ 4bky_82B$ [MELK - Wikipedia
  24. PDBデータ 4mqj(胎児ヘモグロビンHbF;8量体) 同Chain C-F(4量体) 同Chain F(ヘモグロビンγ;オキシヘモグロビン) [Fetal hemoglobin - Wikipedia
  25. PDBデータ 1g0uのChain A-G(20Sプロテアソームのαリング例) 同Chain H-N(βリング例) [Proteasome - Wikipedia
  26. PDBデータ 4a7u(スーパーオキシドジスムターゼ1〈SOD1〉;アドレナリンが結合) 同PDBsumデータ 4a7u_ALE$ ALE(アドレナリン)選択 [Superoxide dismutase - WikipediaSOD1 - WikipediaEpinephrine - Wikipedia
  27. PDBデータ 4m5u(エンドヌクレアーゼ;阻害剤が結合) 同PDBsumデータ 4m5u_20F$ 20F(阻害剤)選択 [Endonuclease - Wikipedia
  28. PDBデータ 4ldo*(アドレナリン受容体〈β2AR〉;アドレナリンと抗体フラグメントが結合,2012年ノーベル化学賞受賞のKobilkaらによる) 同PDBsumデータ 4ldo_ALE$ ALE(アドレナリン)選択 [Adrenergic receptor - WikipediaBeta-2 adrenergic receptor - Wikipedia
  29. JTC-801 [JTC-801 - Wikipedia
  30. 2,4,6-トリクロロアニソール(TCA) [2,4,6-Trichloroanisole - Wikipedia
  31. PDBデータ 4mbsのChain A(ケモカイン受容体CCR5;阻害剤マラビロクが結合) 同PDBsumデータ 4mbs_MRV$ MRV(マラビロク)選択 [CCR5 - WikipediaMaraviroc - Wikipedia
  32. 太田邦史,「エピゲノムと生命」,講談社ブルーバックス(2013) より
    p.94 ヌクレオソーム:PDBデータ 1aoi(ヌクレオソーム) ヒストンH2A選択 H2B選択 H3選択 H4選択 [Nucleosome - Wikipedia
    p.131 DNAのメチル化:PDBデータ 4da4(DNAメチルトランスフェラーゼ DNMT1;ヘミメチル化 CpG DNAが結合) メチル化シトシンの塩基選択 [Epigenetics - WikipediaMethyltransferase - WikipediaDNMT1 - Wikipedia
  33. PDBデータ 3vry(チロシンリン酸化酵素 HCK;RK-20449が結合) 同PDBsumデータ 3vry_B43$RK-20449 [Cancer stem cell - WikipediaLeukemia - Wikipedia
  34. 産総研によるバイオサーファクタントの例 [Biosurfactants - Wikipedia
  35. PDBデータ 4eggの12量体(Chain A-F×2,人工設計タンパク質) [Protein design - Wikipedia
  36. サリン VX ‖ PDBデータ 1cfj(アセチルコリンエステラーゼ;メチルリン酸基が結合) 同PDBsumデータ 1cfj_GB$ [Nerve agent - WikipediaAcetylcholinesterase - Wikipedia
  37. PDBデータ 3vvgのChain A(セルラーゼ;阻害剤が結合) ‖ 参考(セロテトラオースが結合したセルラーゼ): PDBデータ 4hu0 [Cellulase - Wikipedia
  38. PDBデータ 4lrhのChain A(葉酸受容体;葉酸が結合) 同PDBsumデータ 4lrh_FOL$葉酸 [Folate receptor - WikipediaFolic acid - Wikipedia
  39. PDBデータ 3w82#(α-L-イズロニダーゼ) 同PDBsumデータ 3w82_IDR$ IDR(L-イズロン酸)選択 [Iduronidase - WikipediaIduronic acid - Wikipedia
  40. PDBデータ 3s3m(プロトタイプフォーミーウイルス(PFV)のインテグラーゼとDNA;ドルテグラビルが結合) 同Chain A 同PDBsumデータ 3s3m_DLU$ [Integrase - WikipediaDolutegravir - Wikipedia] → 別トピック
  41. PDBデータ 1npo(ニューロフィジンII〈ニューロフィシンII〉;B鎖は結合しているオキシトシン) 同Chain B(オキシトシン) 同PDBsumデータ 1npo_oxytocin$ オキシトシン(B鎖)選択 [Oxytocin - Wikipedia
  42. PDBデータ 3vkhのChain A・C(キイロタマホコリカビのダイニン) [Dictyostelium discoideum - WikipediaDynein - Wikipedia
  43. ラグドゥネーム(lugduname) [Lugduname - Wikipedia
  44. PDBデータ 3w6xのChain A・B(アセチル基転移酵素Mpr1) HZP(cis-4-ヒドロキシプロリン)選択 [Acetyltransferase - Wikipedia
  45. PDBデータ 4iar*(セロトニン受容体〈5-HT 1B-BRILキメラタンパク質〉;エルゴタミンが結合) 同PDBsumデータ 4iar_ERM$PDBデータ 3gwv(セロトニントランスポーター;フルオキセチンが結合) 同PDBsumデータ 3gwv_RFX$ [5-HT receptor - WikipediaSerotonin transporter - Wikipedia
  46. PDBデータ 3vrf(マンモスのヘモグロビン;一酸化炭素が結合) 同Chain A 同PDBsumデータ 3vrf_HEM-CMO(A鎖)$ [Mammoth - Wikipedia
  47. PDBデータ 2kllのModel 1(ヒトのインターロイキン33) [Interleukin 33 - Wikipedia
  48. バルサルタン(valsartan) [Valsartan - Wikipedia
  49. PDBデータ 1gcw(シロザメのヘモグロビン;一酸化炭素が結合) 同Chain A 同PDBsumデータ 1gcw_HEM-CMO(A鎖)$2hhb(ヒトのヘモグロビン) 同Chain A PDBsum2hhb_HEM(A鎖)$ [Hemoglobin - Wikipedia
  50. PDBデータ 1nthの6量体(Chain A×6,メタン菌のメチルトランスフェラーゼ;リガンドは座標2種のうちAのみ) 同PDBsumデータ 1nth_BGX$ [Methanogen - WikipediaMethyltransferase - Wikipedia

 (適宜追加します)


バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球30% 球40% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示 
   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R


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