◆ 古細菌関連生体分子のSITE例 ◆
生命を知り生命に学ぶ
PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
※関連データ: ミトコンドリアチューブワーム

メタン菌古細菌リボソームタンパク質 ‖ トピック: 古細菌の細胞膜脂質
文献・参考ページニュース例


1NTHの6量体(Chain A×6,メタン菌のメチルトランスフェラーゼ)※リガンドは座標2種のうちAのみRCSB PDBPDBsum

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 


1nth_BGX(メチルトランスフェラーゼ)
I'/O'=1.6172,I/O=1.9333
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
今月の分子 No. 72



◎参考:[ScienceNews2013] 海底下メタン資源 研究開発最前線
メタンハイドレート(本サイト)


3ID5のChain C・D(C鎖がL7Ae,D鎖はRNA)※リガンドは座標2種のうちAのみRCSB PDB

バックボーン 二次構造
DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
DNA/RNA選択 同backbone選択

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 

3ID5の全体構造はJmolトピックに掲載

◎参考:RNAとたんぱく質から成るナノサイズの三角形構造体の創製に成功 −ナノバイオテクノロジー分野へ新材料を提供−(JST,2011/01/17) ※L7Aeタンパク質利用


3OZ2(ジゲラニルゲラニルグリセロリン脂質レダクターゼ) → RCSB PDBPDBsum

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
OZ2(脂質)選択 FAD(フラビンアデニンジヌクレオチド)選択
OZ2のSITEアミノ酸選択(PDBsumより)

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 


3oz2_OZ2(脂質;SITEにFAD,EDO含む)
I'/O'=0.5139(FAD,EDO除く)
OZ2(脂質)選択 FAD(フラビンアデニンジヌクレオチド)選択
空間充填 球棒 球60%
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

◎参考:Archaeal Lipids(PSI Structural Biology Knowledgebase,2012/12)
深海底下に広がるアーキアワールドを発見 〜世界各地の海底堆積物から大量のアーキア(古細菌)を検出〜(JAMSTEC,2008/07/22) …図2に“原核細胞の細胞膜構造と極性脂質”。

  



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