◆ 界面活性剤の種類(Jmol版) ◆
→ Chime版: 界面活性剤の種類(1)同(2)油脂と石けん
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※初期表示は脂肪酸塩(セッケン)例のC11H23COONa

分類 例示モデルの分子式
●陰イオン系
脂肪酸塩(セッケン) # C11H23COONa
アルファスルホ脂肪酸エステル塩(α-SFE) C10H21-CH(SO3Na)COOCH3
アルキルベンゼンスルホン酸塩(ABS) C12H25-(C6H4)SO3Na
アルキル硫酸塩(AS)[高級アルコール系] C12H25-OSO3Na …SDS(SLS)
アルキルエーテル硫酸エステル塩(AES) C12H25-O(CH2CH2O)3SO3Na
アルキル硫酸トリエタノールアミン C12H25-OSO3-+NH(CH2CH2OH)3
●非イオン系
脂肪酸ジエタノールアミド C11H23-CON(CH2CH2OH)2
ポリオキシエチレンアルキルエーテル(AE) # C12H25-O(CH2CH2O)8H
ポリオキシエチレンアルキルフェニルエーテル(APE) C9H19-(C6H4)O(CH2CH2O)8H
●陽イオン系
アルキルトリメチルアンモニウム塩 # C12H25-N+(CH3)3・Cl-
ジアルキルジメチルアンモニウムクロリド C12H25-N+(C8H17)(CH3)2・Cl-
アルキルピリジニウムクロリド C12H25-(N+C5H5)・Cl-
ベンゼトニウムクロリド(塩化ベンゼトニウム) C27H42ClNO2Jmolトピックス
ベンザルコニウムクロリド(塩化ベンザルコニウム) 直鎖疎水基の炭素数12を例に;C21H38ClN
●両性イオン系
アルキルカルボキシベタイン[ベタイン系] C12H25-N+(CH3)2・CH2COO-
◆参考:陰イオン系・陽イオン系・非イオン系の同時表示例(上掲#印)
脂肪酸塩(セッケン)/アルキルトリメチルアンモニウム塩/ポリオキシエチレンアルキルエーテル C50H82O23
◆参考:天然の界面活性剤の例
F-gitonin(ステロイドサポニン) C50H82O23
◆参考:話題の界面活性剤の例
バイオサーファクタントの例(産総研,2013/08/29 C30H52O12
 

【参考】洗剤に使われる酵素の例

    ◆タンパク質汚れ分解酵素
    スブチリシンの例(1jea*
      Asp32,His64,Ser221(触媒活性中心)選択
      ※他の洗剤用スブチリシンのデータ例:1c9n,1gci,1iav,1q5p,1svnなど
    M-プロテアーゼの例(1mpt*
    ◆脂質汚れ分解酵素
    リパーゼの例(1gt6のChain A)*
      オレイン酸のSITE選択
      ※他の洗剤用リパーゼのデータ例:1dt3,1du4,1ein,1tibなど
    ◆アルカリセルラーゼ → 他のセルラーゼ構造例(Jmolトピック)
    アルカリセルラーゼの例(1g0c* CBI(セロビオース)選択
      ※1g0cはセロビオースを含む;含まないデータは1g01
【参考】界面活性剤・界面活性物質を含むタンパク質の例
    1h0j*(SDS〈陰イオン系〉含む心臓毒カルジオトキシン) 同PDBsumデータ 1h0j_SDS$ SDS選択
    4ib8*(SDS〈陰イオン系〉含むβ-ラクトグロブリン) 同PDBsumデータ 4ib8_SDS$
    4ib7*(ドデシルトリメチルアンモニウム〈陽イオン系〉含むβ-ラクトグロブリン) 同PDBsumデータ 4ib7_CAT$
    2gvm(lauryl dimethylamine-N-oxideを含むハイドロフォビンの例;アルキルジメチルアミンオキシド〈両性イオン系〉)* 同PDBsumデータ 2gvm_LDA308(LDA308+SITE〈アミノ酸とLDA305・LDA307〉)$ LDA308選択
    2mh5のModel 1(DPCミセル;ランチビオティックNAI-107が結合) 同PDBsumデータ 2mh5_DPV111$ DPC選択


バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球30% 球40% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



陰イオン系・陽イオン系・非イオン系の同時表示例(上掲#印)
左から脂肪酸塩(セッケン),アルキルトリメチルアンモニウム塩,ポリオキシエチレンアルキルエーテル(AE)



参考:ミセルの部分構造を含むPDBデータ例2gvmより;界面活性剤は両性イオン系のlauryl dimethylamine-N-oxide
〔左〕全体構造(空間充填はLDA308),〔右〕PDBsumで得られるLDA308(球棒モデル)のSITE部分(アミノ酸とLDA305・LDA307)



アルカリセルラーゼの例1g0c(他に1js4など)



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