◆ Jmolで見るトピックス分子(9-5) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。


  1. 今月の分子 No.172: RecAとRad51 (RecA and Rad51)(PDBj,2014/04)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3cmx(損傷DNAを修復する相同組換えに関わるRecA-ssDNA/dsDNA複合体)
    RecA - WikipediaHomologous recombination - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    DNA/RNA選択 同backbone選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2014/03/26 新規公開データより:4ntj Structure of the human P2Y12 receptor in complex with an antithrombotic drug

    PDBデータ 4ntj(P2Y受容体;抗血栓剤が結合)
    P2Y receptor - Wikipedia

    PDBデータ 4ntj*(P2Y受容体;抗血栓剤が結合)
    同PDBsumデータ 4ntj_AZJ$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 AZJ選択
    HB選択($印のみ) 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  3. 光合成反応中心と集光アンテナタンパク質との複合体の結晶構造を解明(SPring-8,2014/03/27)

    PDBデータ 3wmm(光合成反応中心と集光アンテナタンパク質との複合体)
    ※上掲研究で3wmmがC2結晶,3wmn3wmoがP21結晶

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    C・L・M・H鎖(反応中心)選択
    BCL選択 BPH選択 HEM選択 
    HB選択($印のみ) 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    BCL・BPH・HEMのみ表示


  4. RCSB PDB 2014/04/23 新規公開データより:2mg8 Molecular Binding of TFF1 Estrogen Response Element by a DNA Bis-intercalating Anticancer Drug XR5944 [NEW!]

    PDBデータ 2mg8のModel 1(DNA;エストロゲン応答配列に抗がん剤XR5944が結合)

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 リガンド選択
    DNA/RNA選択 同backbone選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    水素結合表示
      
    背景・黒 灰 白 


  5. 今月の分子 No.173: アクアポリン(Aquaporin)(PDBj,2014/05) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3zojの4量体(Chain A×4;アクアポリン)
    Aquaporin - Wikipedia

    3zojの4量体(Chain A×4;アクアポリン)*
    同 単量体*

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  6. SACLAが、放射線損傷のない正確な結晶構造の決定に、タンパク質で初めて成功−世界結晶年2014年、レーザーX線が拓く次の世紀へのマイルストーン−(SPring-8,2014/05/12) [NEW!]

    PDBデータ 3wg7(チトクロム〔シトクロム〕酸化酵素)
    Cytochrome c oxidase - Wikipedia; Redirected from Cytochrome oxidase]

    3wg7
    同PDBsumデータ 3wg7_PER(過酸化物イオン)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    PER(過酸化物イオン)選択 HEA(ヘムa)選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  7. RCSB PDB 2014/05/14 新規公開データより(PDB登録データ100,000件突破!):4nug Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody PGT151 [NEW!]

    PDBデータ 4nug(HIV-1ウイルスの広域中和抗体PGT151)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  8. 健康食品が変わる 規制改革の波紋 - NHK クローズアップ現代(2014/05/13放映) [NEW!]

    参考(上記番組で取り上げられたEPA関連):PDBsumデータ 1igx_EPA
    (EPAが結合したプロスタグランジンエンドペルオキシド合成酵素)

    1igx_EPA I'/O'=0.606
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 


  9. TMDUなど、「PQBP1」遺伝子の変異による知的障害の発症メカニズムを解明(マイナビニュース,2014/05/01) [NEW!] ※“PQBP1”,PDBデータ4BWQ・4BWS・4CDO。

    PDBデータ 4bwsのChain A・B・C*(PQBP1,U5-15kD,U5-52Kの複合体)
    ※上掲研究で他に,4bwqがPQBP1・U5-15kDの複合体,4cdoがスプライセオソーマルU5-15kDに結合するPQBP1

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    A鎖(U5-15kD)選択 B鎖(PQBP1)選択 C鎖(U5-52K)選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  10. NHKニュース7で当院の原発性アルドステロン症に対する取り組みが紹介されました(東北大学病院,2014/05/18) [NEW!]

    アルドステロン(aldosterone)
    Aldosterone - Wikipedia

    アルドステロン(aldosterone)
    参考(ファビピラビルを含むPDBデータ例): 2aa2(ミネラルコルチコイド受容体;ファビピラビルが結合)
    同PDBsumデータ 2aa2_AS4$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    AS4(アルドステロン)選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


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