◆ ペニシリンGを含む生体分子のSITE例 ◆
PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性抗生物質を含むPDBデータ分子の科学
※ペニシリンG(penicillin G): I/O=1.319



1fxv_PNN(Hydrolase)
I'/O'=0.993
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

3huo_PNN(Hydrolase)
I'/O'=3.000
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

3kp2_PNN(Transcription regulation/antibiotic)
I'/O'=2.533
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

1gm7_PNN(Hydrolase) ※エチレングリコール含む
(I'/O'=0.994)
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

1uob_PNNs(Oxidoreductase) ※Fe含む。1uob_PNNからAKGと同HB削除
(I'/O'=0.898)
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

1uof_PNN(Oxidoreductase) ※Fe含む
(I'/O'=1.346)
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 




ペニシリンGを含むPDBデータ(1FXV)の部分構造から作成した画像例



ペニシリン骨格(上左;下はその一例,ペニシリンG)とD-アラニル-D-アラニンの構造(上右;下はR'がHの場合)の重ね合わせ
※図上の緑色部分が類似部分(構造式は下記文献を若干変えて作成;-COOを-COOHとして表記
◎荻田 健,『講座:微生物と化学(3)/微生物に医薬を探る』,化学と教育,2000年11月号,p.740



【参考】耐性菌出現の事例/バンコマイシンとアボパルシン
※資料例:バンコマイシン耐性腸球菌感染症(IDWR)



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