◆ ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ(環境ホルモンを考える) ◆
★今週の分子/連載110(2007/09/12):エストロゲン関連受容体γ(2E2Rより)
多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較 | Jmolトピック [1][2](DDT・DDE)


※2008/03/15,PDBsum掲載のSITEデータを追加:2E2R(ビスフェノールAが結合)


  
※2009/03のPDB公開データより,ビスフェノールZを含む2ZKC [NEW!]
〔右〕全体構造中のSITE部分(緑色球棒表示),〔左〕PDBsum掲載のSITEデータ

RCSB Protein Data Bankで2007/09/11に公表された新規公開データの中に,ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体(estrogen-related receptor,ERR)γの構造データがありました。近年内分泌攪乱物質(環境ホルモン)に対する関心は低くなっているようですが,合成化学物質と生体分子との相互作用など,幅広い観点から詳細な研究が続けられています。

PDB 2E2RAbstract (PubMed)
◎詳細:世界初、環境ホルモン「ビスフェノールA」の受容体を発見 ビスフェノールAの低用量作用解明に糸口(九州大学,20006/11/20)[PDF]
◎松島綾美・下東康幸,『エストロゲン関連受容体γ型(ERRγ):ビスフェノールA が非常に強く結合する自発活性化型核内受容体の発見』,環境ホルモン学会ニュースレター,Vol.10 No.3(2008/01)
※参考:Googleによる“ビスフェノールA 受容体 OR レセプター”検索結果


今,内分泌攪乱物質(環境ホルモン)の研究は?


ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ
PDB ID: 2E2R(PDBsumRCSB PDB

 2E2R ビスフェノールA 選択 SITE(PDBsum) 選択 ‖ SITE(PDBsum)のみ表示$
 2ZKC(ビスフェノールZ 結合) [NEW!] ビスフェノールZ 選択 SITE(PDBsum) 選択 ‖ SITE(PDBsum)のみ表示$

【他のエストロゲン受容体の例とそのSITE部分】
※PDBデータ中でSITE情報の記載がないものは1QKUのSITE情報と同一配列番号のアミノ酸を抜き出して作成
(PDBsumのものは当該データ)

 1EREのChain A(女性ホルモン17β-エストラジオールを含む)
  SITE ‖ SITE(PDBsum)$
 1ERRのChain A(骨粗鬆症治療薬ラロキシフェン〈raloxifene〉含む)
  SITE ‖ SITE(PDBsum)$
 3ERDのChain A(ジエチルスチルベストロール〈diethylstilbestrol,DES〉を含む)
  SITE ‖ SITE(PDBsum)$
  SITE(PDBsum)〈A鎖〉SITE〈B鎖〉の同時表示 [data01]

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択
DNA/RNA選択 同バックボーン選択 RNA選択
リガンド選択 HB選択($印のみ) 
 [data01]について(初期表示はSITE(PDBsum)〈A鎖〉SITE〈B鎖〉
  SITE(PDBsum)〈A鎖〉選択 SITE(PDBsum)〈A鎖〉のDES選択
  SITE〈B鎖〉選択 SITE〈B鎖〉のDES選択
空間充填 球棒 球30% 球60%
スティック スティック(太) 針金
DNA/RNA(ATGCU
アミノ色 CPK色 | 濃赤 濃青   水色
Jmol色 Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
  
背景・黒 灰 白 


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG

# アミノ酸のコンホメーション選択性参照。


PDBsumによる2E2RのSITE部分を球棒表示



DESを含む3ERDSITE(PDBsum)(左)とSITE(右)の同時表示 [data01] のアニメーション



参考:アミノ色で見る2E2R,1ERE,3ERDのアミノ酸配列