◆ CASTpデータで見るエストロゲン受容体 ◆
= 17β-estradiolとDESの再考のために =

※分子モデル表示にはプラグインのChimeが必要です(詳細ダウンロード方法


1ereおよび3erdのCASTpデータで見るエストロゲン受容体
CASTpは,PDB ID または Keyword Search(例えば receptor など),あるいはデータアップでポケット部位が探索可能なサイトです.
●1ere Chain AのCASTpデータから   Pocket 172構成アミノ酸選択 | SITE選択 | Ps1選択
1ere Chain A全体とPocket 172(薄緑)+ 17β-estradiol(EST) …初期表示*
全ポケットデータ(Pocket 172のみ薄緑,他は黄色)+ EST
Pocket 172 + EST
Pocket 172構成アミノ酸残基 + EST 《 左から3erdのPocket 70抽出 》
SITE部分 + EST 《 同SITEから求めた Pocket s1(Ps1) + EST 》
 ※1ereにはSITE情報の記載がないので,同じestradiol受容体の1qkuのSITE情報と同一配列番号のアミノ酸を抽出.
  → 参考: Pocket 121 + EST | Pocket 121構成アミノ酸残基 + EST

●3erd Chain AのCASTpデータから   Pocket 70構成アミノ酸選択 | SITE選択 | Ps1選択
3erd Chain A全体とPocket 70(薄緑)+ DES(diethylstilbestrol)
Pocket 1〜70データ(Pocket 70のみ薄緑,他は黄色)+ DES
Pocket 70 + DES
Pocket 70構成アミノ酸残基 + DES
SITE部分 + DES  《 同SITEから求めた Pocket s1(Ps1) + DES 》

●参考データ(1ereおよび他のエストラジオール受容体のSITE情報から)
SITE + 17β-estradiol表示SITE選択全体表示
(左欄のSITE選択は無効)
※上記橙字選択は有効
1ere1err3erd3ertの各L+S重ね合わせデータ
 → 別版
  …タンパク質選択による表示変更無効
1ere: L | S ‖ L+S
1err: L | S ‖ L+S
3erd: L | S ‖ L+S
3ert: L | S ‖ L+S
1ereのChain A *
1errのChain A *
3erdのChain A
3ert
1qkuのChain A

タンパク質バックボーン 同・二次構造
リガンド表示 OFF
水分子表示(*印データのみ)  OFF

全選択 リガンド選択 タンパク質選択

空間充填 球棒 球・大き目 スティック OFF
CPK色 アミノ色 | 薄緑 濃赤 濃青
ラベル表示 OFF
ドット表面表示 OFF
静電ポテンシャル OFF
親油ポテンシャル OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
S-S結合(太) OFF
S原子(Protein中)空間充填
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
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酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順
有機概念図I/O値順(特性基 R)| 同(アミノ酸)
等電点順


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


各エストロゲン受容体のLigandのサイズとPocket Information
(単位は,Surface,AreaがÅ2,VolumeがÅ3
PDB ID Ligand Data of Ligand#1 Pocket of Receptor Pocket of SITE
Surface Volume Pocket No. Area Volume Area Volume
1ere 17β-estradiol 312.08 265.83 172
(2)
785.10
(405.92)
1077.55
(573.28)
140.72 346.24
1err raloxifene 501.50 421.98 68 988.74 1409.79 157.17 303.75
3erd diethylstilbestrol 328.40 264.25 70 413.46 548.96 157.59 294.48
3ert 4-hydroxytamoxifen 471.01 383.53 33 800.31 1476.07
1qku 17β-estradiol 312.08 265.83 121 428.34 584.81 164.25 378.51
#1 Alchemy 2000で計算(市販分子科学計算ソフトウェアの比較参照)。Ligandの分子モデルはこちらで閲覧可。



※3erd以外のPocketが大きいのは,上図のようにLigandが入っている部分以外も含んでいるため。1ereのPocket 172構成アミノ酸残基(薄緑) + 17β-estradiolを表示させ,3erdのPocket 70構成アミノ酸残基部分だけを選択してアミノ色にしたもので,青字はその部分のPocket Information。



※17β-estradiolとDES(濃色表示)の重ね合わせデータ(エストラジオールとDES,テストステロンで作成)。



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