※以下は研究室で所有しているChem3D （ver.4.0，CambridgeSoft社），HyperChem （ver.4.5，Hypercube社），Alchemy 2000 （ver.2.05，Tripos社），WinMOPAC （ver.2.0，富士通）の4種について，主に化学関連Webページ作成のための分子モデルを作成する目的で用いる場合について比較検討したものである。
操作性などは個人の好みや慣れもあるので，以下は初学者が使う場合の参考意見にしか過ぎない。組み立てる分子によって適したソフトウェアがあり，場合に応じて使い分けたり併用するなどした方が能率的であることも少なくないため，代表的な分子データの互換性についても紹介している。
高価なソフトウェアもあって複数そろえることは難しいと思われることから，今後もデータを追加するのでソフト選定の際の参考資料にしていただきたい。なお，各ソフトともバージョンアップによって必ずしも以下の比較が当てはまらなくなっている面もあることに注意する必要がある。
→ ４ソフトによるサンプル分子データのChime形式表示例（fenitrothionを例に）
| ソフトウェア名 | データ互換性 （MOL，PDB，MOP） |
Chimeでの表示可否 | 分子組み立ての難易 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chem3D | HyperChem | Alchemy 2000 | WinMOPAC | MOL | PDB | MOP | 初期座標 | |
| Chem3D （ver.4.0） |
＼ | ○ （mop，pdb） × （mol） |
○ （mol，pdb） |
○ （mop） |
○ | ○ | ○ | ◎（ChemDrawの併用または分子式入力） |
| HyperChem （ver.4.5） |
○ （mol，pdb，mop） |
＼ | ○ （mol，pdb） |
○ （mop） |
△* | ○ | ○ ※拡張子zmt→mop |
◎（マウスのラフ描画で組み立て） |
| Alchemy 2000 （ver.2.05） |
○ （mol） × （pdb） |
○ （mol，pdb） |
＼ | − | ○ | ○ | − | ○（2D Sketcherの併用） |
| WinMOPAC （ver.2.0） |
○ （mop） |
○ （mop） |
− | ＼ | − | − | ○ ※拡張子dat→mop |
△（環状テンプレート多数） |
* mopなどファイル形式を変えて保存し，他のソフトウェアで読み込んでmol形式にするか，変換ソフトウェアのBabel（杉野圭司さんによる解説参照）や本間作成のN88BASIC版プログラムなどを用いて変換すれば表示可能．
| MIMEタイプ | 説明 | 拡張子 |
|---|---|---|
| chemical/x-gaussian-cube | Gaussian Cube | cub,cube |
| chemical/x-mdl-tgf | MDL Sketch | tgf,skc |
| application/x-rasmol | RASMol Script | scr |
| chemical/x-jcamp-dx | JCAMP-DX | jdx,dx |
| chemical/x-csml | CSML | csm,csml |
| application/x-spt | RASMol Script | spt |
| chemical/x-mopac-input | MOPAC Input | mop |
| chemical/x-gaussian-input | Gaussian Input | gau |
| chemical/x-xyz | XMol XYZ | xyz |
| chemical/x-pdb | Brookhaven PDB | pdb,emb,embl |
| chemical/x-mdl-rxnfile | MDL RXN | rxn |
| chemical/x-mdl-molfile | MDL MOL | mol |