◆ Jmolで見るトピックス分子（12-1） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. ビスフェノールAの代用物質はBPAと同じくらい悪影響、研究で発覚（ギズモード・ジャパン，2015/02/01）　※ビスフェノールA・Bほかを以下に。

    ビスフェノールB（bisphenol B）
    ［Bisphenol - Wikipedia］

    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺     		ビスフェノールA（bisphenol A）
    ビスフェノールAF（bisphenol AF）
    ビスフェノールB（bisphenol B）
    ビスフェノールC（bisphenol C）
    ビスフェノールP（bisphenol P）
    ビスフェノールS（bisphenol S）
    ビスフェノールZ（bisphenol Z）
    ビスフェノールA・AF・B・C・Zの同時表示
    ※参考
    17β-エストラジオール（17β-estradiol）　→ 性ホルモン
    4-ヒドロキシタモキシフェン（4-hydroxytamoxifen；afimoxifene）　→ 別トピック
    HPTE（p,p'-ヒドロキシ-DDT）　→ 別トピック
    1qkuのChain A（エストラジオールが結合したエストロゲン受容体α）
    3uuaのChain A・F（核内受容体コアクチベーター1とビスフェノールAFが結合したエストロゲン受容体α）　同PDBsumデータ3uua_0CZ[1(A)]$ ｜ PDBsumデータ3uuc_0D1[1(A)]$
    2e2r（ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ）　同PDBsumデータ2e2r_2OH$
    8dogのChain A（ビスフェノールEが結合したデハロペルオキシダーゼB）　H48（ビスフェノールE）選択　同PDBsumデータ8dogA_lp$ ｜ PDBsumデータ8dohA_lp（ビスフェノールF）$　PDBsumデータ8doiA_lp（2,2'-ビスフェノール）$　PDBsumデータ8dojA_lp（3,3'-ビスフェノール）$
    ◆ビスフェノール類を含むPDBsumデータ例（一部上と重複）
    2e2r_2OH$（ビスフェノールA）　I'/O' = 0.793
    3uua_0CZ$（ビスフェノールAF；A-B鎖からA鎖データ）　I'/O' = 0.572
    3uuc_0D1$（ビスフェノールC；A-C鎖からA鎖データ）　I'/O' = 0.706
    2zkc_BPZ$（ビスフェノールZ）　I'/O' = 0.698
    8cct_UAI$（2,2'-ジクロロビスフェノールA；プレグナンX受容体〈PXR〉）　I'/O' = 0.873

        
    ［左］ビスフェノールAFほかが結合したエストロゲン受容体α 3uuaのChain A・F　［中］ビスフェノールを含むPDBsumデータ例　［右］ビスフェノールP（bisphenol P）

      
    ［左］エストロゲン受容体および関連受容体と各種リガンド（17β-エストラジオール，テストステロン，ビスフェノールA）　→ 川上モデル｜鍵と鍵穴模型　［右］ビスフェノールA


    ビスフェノールEが結合したデハロペルオキシダーゼB 8dogのChain AとそのPDBsumデータ
    （ビスフェノールE結合8doh〈座標A・BのA〉，2,2'-ビスフェノール結合8doi，3,3'-ビスフェノール結合8doj，　2,2'-ジクロロビスフェノールA結合8cct〈これのみプレグナンX受容体，PXR〉との比較）
    ※右端8cctのプレグナンX受容体（PXR）については別トピック参照

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. ADHD治療薬lisdexamfetamine，過食性障害への適応で初めて承認（Medical Tribune，2015/02/02）

    リスデキサンフェタミン（lisdexamfetamine）
    ［Lisdexamfetamine - Wikipedia］

    リスデキサンフェタミン（lisdexamfetamine；メシル酸塩が商品名ビバンセ）
    参考：メチルフェニデート（methylphenidate；塩酸塩が商品名リタリン）
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺


    リスデキサンフェタミン（lisdexamfetamine）

  3. 今月の分子 182: インスリン受容体（Insulin receptor）（PDBj，2015/02） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 3w14のChain A-E（インスリンとインスリン受容体；結晶化用の抗体Fab結合）
    ［Insulin Receptor - Wikipedia，Insulin - Wikipedia］

    		3w14のChain A-E（インスリンとインスリン受容体；結晶化用の抗体Fab結合）　A・B鎖（インスリン）選択　E鎖（インスリン受容体）選択
    参考（他のインスリン構造例）：4insのChain A・B
    OSI-906（linsitinib）　［Linsitinib - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］3w14のChain A-E（黄色の球表示はS原子）　［右］OSI-906（linsitinib）

  4. RCSB PDB 2015/02/04 新規公開データより：4riv A Carbonic Anhydrase IX Mimic in Complex with Saccharin

    PDBデータ 4riv（サッカリンが結合した炭酸脱水酵素IX模倣体）
    ［Carbonic anhydrase 9 - Wikipedia，Saccharin - Wikipedia］

    		4riv（サッカリンが結合した炭酸脱水酵素IX模倣体）　同PDBsumデータ4riv_LSA [303(A)]$
    サッカリン（saccharin）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    4riv

  5. 新規作成分子データ，様々な結晶とタンパク質内の結晶もどき

    様々な結晶とタンパク質内の結晶もどき；私たち生命はどこから生まれたのだろう…

    様々な結晶とタンパク質内の結晶もどき → 様々な結晶
    生物界で見られる4種類のテトラピロール → 窒素から見る生命の世界
    空間充填　球棒　球40％　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ※参考：ビタミンB12等の分子の結晶写真集（Facebookページ）

  6. アルツハイマー病の原因物質を 「掃除」するタンパク質の立体構造を解明（SPring-8，2015/02/03）　※RCSB PDB 2015/02/04 新規公開データ3WSX・3WSY・3WSZ（これのみ下掲）。

    PDBデータ 3wsz（Aβ〈アミロイドβ〉ペプチドが結合したsorLA Vps10pドメイン）
    ［Amyloid beta - Wikipedia］

    		3wsz#（Aβペプチドが結合したsorLA Vps10pドメイン）　C鎖（Aβペプチド）選択
    参考：2begのModel 1（Aβ繊維構造例）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    3wsz（緑球表示がAβペプチド，青色は糖鎖 NAG）

  7. 自然免疫応答を引き起こすタンパク質が微生物の侵入を感知する仕組みを解明　〜抗ウイルス薬やワクチンなどの開発に期待〜（JST，2015/02/10）　※RCSB PDB 2015/02/11 新規公開データ3WPB〜3WPI（3WPCのみ下掲）。

    PDBデータ 3wpc（CpG配列を有するアンタゴニストDNAが結合したToll様受容体TLR9）
    ［Amyloid beta - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    DNA/RNA選択　DNA選択　DNA/RNA backbone選択
    Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    3wpc（DNAをATGC着色し，青色は糖鎖 NAG；右はDNA近傍の拡大図）

  8. 画期的な抗HIV臨床薬として期待される「EFdA」の簡易合成法を開発−横浜薬科大（QLifePro 医療ニュース，2015/02/16）

    EFdA（4'-ethynyl-2-fluoro-2'-deoxyadenosine）

    		EFdA
    参考（EFdA3リン酸体類似構造のdATP〈デオキシアデノシン3リン酸〉結合PDBデータ）：3jyt（2本鎖DNAに結合した逆転写酵素HIV-1逆転写酵素のK65R変異体）　同PDBsumデータ3jyt_DTP$　DTP（dATP）選択　DDG選択
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    DNA/RNA選択　DNA選択　DNA/RNA backbone選択
    Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    EFdA（左）とdATP結合PDBsumデータ（右；文献Figure 4参照）

  9. RCSB PDB 2015/02/18 新規公開データより：3j7u Catalase structure determined by electron crystallography of thin 3D crystals　※同じ構造解析手法で解明された3j7tも同時公開。

    PDBデータ 3j7u（カタラーゼ）
    ［Catalase - Wikipedia，Electron crystallography - Wikipedia］

    		3j7u（カタラーゼ）　同PDBsumデータ3j7u_HEMs（H原子追加）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］3j7u（Chain色；小さめの白球表示はH原子）
    ［右］同PDBsumデータ（アミノ酸はI/O値順着色；白色は追加したH原子）

  10. NHKスペシャル｜腸内フローラ解明！驚異の細菌パワー（2015/02/22放送）　※番組中で紹介されたエクオールと4EPS（4-ethylpheny lsulfate）を以下に。

    (S)-(-)-エクオール（(S)-(-)-equol；他に(R)体あり）
    ［Equol - Wikipedia］

    (S)-(-)-エクオール（(S)-(-)-equol）
    参考：4EPS（4-ethylpheny lsulfate）
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺


    (S)-(-)-エクオール

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