◆ Jmolで見るトピックス分子(12-1) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。


  1. ビスフェノールAの代用物質はBPAと同じくらい悪影響、研究で発覚(ギズモード・ジャパン,2015/02/01) ※ビスフェノールA・Bほかを以下に。

    ビスフェノールB(bisphenol B)
    Bisphenol - Wikipedia

    ビスフェノールA(bisphenol A)
    ビスフェノールAF(bisphenol AF)
    ビスフェノールB(bisphenol B)
    ビスフェノールC(bisphenol C)
    ビスフェノールS(bisphenol S)
    ビスフェノールZ(bisphenol Z)
    ビスフェノールA・AF・B・C・Zの同時表示
    参考:2e2r(ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ) 同PDBsumデータ2e2r_2OH$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ビスフェノールを含むPDBsumデータ例

    2e2r_2OH(ビスフェノールA)
    I'/O'=0.7931
    リガンド球棒表示
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    3uua_0CZ(ビスフェノールAF;A-B鎖からA鎖データ)
    I'/O'=0.5722
    リガンド球棒表示
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    3uuc_0D1(ビスフェノールC;A-C鎖からA鎖データ)
    I'/O'=0.7059
    リガンド球棒表示
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    2zkc_BPZ(ビスフェノールZ)
    I'/O'=0.6980
    リガンド球棒表示
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 


    ビスフェノールを含むPDBsumデータ例


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. ADHD治療薬lisdexamfetamine,過食性障害への適応で初めて承認(Medical Tribune,2015/02/02)

    リスデキサンフェタミン(lisdexamfetamine)
    Lisdexamfetamine - Wikipedia

    リスデキサンフェタミン(lisdexamfetamine;メシル酸塩が商品名ビバンセ)
    参考:メチルフェニデート(methylphenidate;塩酸塩が商品名リタリン)

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    リスデキサンフェタミン(lisdexamfetamine)


  3. 今月の分子 182: インスリン受容体(Insulin receptor)(PDBj,2015/02)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3w14のChain A-E(インスリンとインスリン受容体;結晶化用の抗体Fab結合)
    Insulin Receptor - WikipediaInsulin - Wikipedia

    3w14のChain A-E(インスリンとインスリン受容体;結晶化用の抗体Fab結合) A・B鎖(インスリン)選択 E鎖(インスリン受容体)選択
    参考(他のインスリン構造例):4insのChain A・B
    OSI-906(linsitinib) [Linsitinib - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]3w14のChain A-E(黄色の球表示はS原子) [右]OSI-906(linsitinib)


  4. RCSB PDB 2015/02/04 新規公開データより:4riv A Carbonic Anhydrase IX Mimic in Complex with Saccharin

    PDBデータ 4riv(サッカリンが結合した炭酸脱水酵素IX模倣体)
    Carbonic anhydrase 9 - WikipediaSaccharin - Wikipedia

    4riv(サッカリンが結合した炭酸脱水酵素IX模倣体) 同PDBsumデータ4riv_LSA [303(A)]$
    サッカリン(saccharin)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4riv


  5. 新規作成分子データ,様々な結晶とタンパク質内の結晶もどき

    様々な結晶とタンパク質内の結晶もどき;私たち生命はどこから生まれたのだろう…

    様々な結晶とタンパク質内の結晶もどき → 様々な結晶
    生物界で見られる4種類のテトラピロール → 窒素から見る生命の世界

    空間充填 球棒 球40% スティック
       
    背景・黒 灰 白 

      
    ※参考:ビタミンB12等の分子の結晶写真集(Facebookページ)


  6. アルツハイマー病の原因物質を 「掃除」するタンパク質の立体構造を解明(SPring-8,2015/02/03) ※RCSB PDB 2015/02/04 新規公開データ3WSX・3WSY・3WSZ(これのみ下掲)。

    PDBデータ 3wsz(Aβ〈アミロイドβ〉ペプチドが結合したsorLA Vps10pドメイン)
    Amyloid beta - Wikipedia

    3wsz#(Aβペプチドが結合したsorLA Vps10pドメイン) C鎖(Aβペプチド)選択
    参考:2begのModel 1(Aβ繊維構造例)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3wsz(緑球表示がAβペプチド,青色は糖鎖 NAG)


  7. 自然免疫応答を引き起こすタンパク質が微生物の侵入を感知する仕組みを解明 〜抗ウイルス薬やワクチンなどの開発に期待〜(JST,2015/02/10) ※RCSB PDB 2015/02/11 新規公開データ3WPB〜3WPI(3WPCのみ下掲)。

    PDBデータ 3wpc(CpG配列を有するアンタゴニストDNAが結合したToll様受容体TLR9)
    Amyloid beta - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択
    Leu選択 BCAA球表示(Leu Ile Val
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    3wpc(DNAをATGC着色し,青色は糖鎖 NAG;右はDNA近傍の拡大図)

  8. 画期的な抗HIV臨床薬として期待される「EFdA」の簡易合成法を開発−横浜薬科大(QLifePro 医療ニュース,2015/02/16)

    EFdA(4'-ethynyl-2-fluoro-2'-deoxyadenosine)

    EFdA
    参考(EFdA3リン酸体類似構造のdATP〈デオキシアデノシン3リン酸〉結合PDBデータ):3jyt(2本鎖DNAに結合した逆転写酵素HIV-1逆転写酵素のK65R変異体) 同PDBsumデータ3jyt_DTP$ DTP(dATP)選択 DDG選択

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択
    Leu選択 BCAA球表示(Leu Ile Val
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    EFdA(左)とdATP結合PDBsumデータ(右;文献Figure 4参照)


  9. RCSB PDB 2015/02/18 新規公開データより:3j7u Catalase structure determined by electron crystallography of thin 3D crystals ※同じ構造解析手法で解明された3j7tも同時公開。

    PDBデータ 3j7u(カタラーゼ)
    Catalase - WikipediaElectron crystallography - Wikipedia

    3j7u(カタラーゼ) 同PDBsumデータ3j7u_HEMs(H原子追加)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]3j7u(Chain色;小さめの白球表示はH原子)
    [右]同PDBsumデータ(アミノ酸はI/O値順着色;白色は追加したH原子)


  10. NHKスペシャル|腸内フローラ解明!驚異の細菌パワー(2015/02/22放送) ※番組中で紹介されたエクオールと4EPS(4-ethylpheny lsulfate)を以下に。

    (S)-(-)-エクオール((S)-(-)-equol;他に(R)体あり)
    Equol - Wikipedia

    (S)-(-)-エクオール((S)-(-)-equol)
    参考:4EPS(4-ethylpheny lsulfate)

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    (S)-(-)-エクオール


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