◆ Jmolで見るトピックス分子(14-3) ◆

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601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox(バージョン51以前)で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが,Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。


  1. 「タンスの中」から「電池の中」へ 〜大環状有機分子から全固体リチウムイオン電池の大容量負電極が誕生〜』 (JST,2016/05/14)

    穴あきグラフェン分子(CNAP)の歪み構造例

    穴あきグラフェン分子(CNAP);歪み構造例 | 同;平面構造例
    ナフタレン(naphthalene) → モノはなぜ見える
    グラフェン(graphene) → 分子モデルで見るノーベル賞

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
      
    背景・黒 灰 白 


    穴あきグラフェン分子(CNAP)の歪み構造例


  2. 胃がんの新規抗がん物質を同定 ―ゴルジ体を標的とした新しい治療法開発へ道−(がん研究会,2016/05/11)

    M-COPA(2-methylcoprophilinamide;AMF-26)

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
      
    背景・黒 灰 白 


    M-COPA(2-メチルコプロフィリンアミド;AMF-26)


  3. RCSB PDB 2016/05/18 新規公開データより:4zry Crystal structure of the heterocomplex between coil 2B domains of human intermediate filament proteins keratin 1 (KRT1) and keratin 10 (KRT10)

    PDBデータ 4zryの4量体(Chain A・B×2;中間径フィラメント〈KRT1〉とケラチン10〈KRT10〉の複合体)
    Keratin - WikipediaIntermediate filament - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]4zryの4量体(Chain A・B×2);中間径フィラメント(KRT1)とケラチン10(KRT10)の複合体(はシステインのS原子)
    [右]参考図:羊毛の階層構造(epicuticleはケラチンタンパク質から成る)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  4. 抗生物質: 新規マクロライド系抗生物質に向けて(Nature ハイライト,2016/05/19)

    ソリスロマイシン(solithromycin;マクロライド系抗生物質)
    Solithromycin - WikipediaMacrolide - Wikipedia

    ソリスロマイシン(solithromycin)
    エリスロマイシン(erythromycin)
    ※参考(エリスロマイシン結合タンパク質例): 3aoc(エリスロマイシンAが結合した多剤排出タンパク質AcrB) 同PDBsumデータ3aoc_ERY(エリスロマイシンA)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ソリスロマイシン(solithromycin) [右]エリスロマイシンAが結合した多剤排出タンパク質AcrB3aocのPDBsumデータ


  5. 構造生物学: 抗生物質の標的の構造(Nature ハイライト,2016/05/26)

    PDBデータ 5ckr(ムライマイシンD2が結合した酵素MraY〈phospho-MurNAc-pentapeptide translocase〉)
    Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase - Wikipedia

    5ckr(ムライマイシンD2が結合した酵素MraY) 同PDBsumデータ5ckr_57M$
    ムライマイシンD2(muraymycin D2,MD2)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    A鎖(IL-18)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ムライマイシンD2(muraymycin D2,MD2) [右]ムライマイシンD2が結合した酵素MraY5ckrとそのPDBsumデータ


  6. RCSB PDB 2016/06/01 新規公開データより:5hys Structure of IgE complexed with omalizumab

    PDBデータ 5hysのChain A・B・H・J・K・L(抗IgE抗体オマリズマブ〈omalizumab〉と結合したIgE)
    Omalizumab - WikipediaImmunoglobulin E - Wikipedia

    5hysのChain A・B・H・J・K・L(オマリズマブ〈omalizumab〉と結合したIgE)
    ※参考(IgGの構造例):1igt(IgG2a) [Immunoglobulin G - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    5hysChain A・B・H・J・K・L(抗IgE抗体オマリズマブ〈omalizumab〉と結合したIgE)


  7. RCSB PDB 2016/06/08 新規公開データより:5it1 Streptomyces peucetius CYP105P2 complex with biphenyl compound

    PDBデータ 5it1のChain A(ビスフェノールAが結合したP450〈CYP105P2〉)
    Cytochrome P450 - WikipediaBisphenol A - Wikipedia

    5it1のChain A(ビスフェノールAが結合したP450〈CYP105P2〉) 同PDBsumデータ5it1_2OH$
    ビスフェノールA(bisphenol A) → 環境ホルモンとして疑われている化合物例
    ※参考(ビスフェノールAが結合した他のPDBデータ例):2e2r(ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ) 同PDBsumデータ2e2r_2OH$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]5it1のChain A(ビスフェノールAが結合したP450〈CYP105P2〉) [右]5it12e2rのPDBsumデータ


  8. 今月の分子 198: β-ガラクトシダーゼ(Beta-galactosidase)(PDBj,2016/06)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 1jz8(アロラクトースが結合したβ-ガラクトシダーゼ)
    Beta-galactosidase - WikipediaAllolactose - Wikipedia
    1jz8(アロラクトースが結合したβ-ガラクトシダーゼ) LAK(アロラクトース)選択 同PDBsumデータ1jz8_LAK$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Pb選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    アロラクトースが結合したβ-ガラクトシダーゼ1jz8


  9. 構造生物学: 0.48Å分解能で得られた金属タンパク質の構造(Nature ハイライト,2016/06/09)

    PDBデータ 5d8v(高電位鉄硫黄タンパク質 HiPIP)
    High potential iron-sulfur protein - Wikipedia

    5d8v(高電位鉄硫黄タンパク質) SF4(鉄硫黄クラスター)選択 同PDBsumデータ5d8v_SF4$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    A鎖(IL-18)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    高電位鉄硫黄タンパク質(HiPIP)5d8vとそのPDBsumデータ


  10. 世界初 高効率でCO2を還元する鉄触媒を開発、炭素資源化を促進 中部大学 (大学ジャーナル,2016/06/14) ※“一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(CODH)”の構造例PDB 4UDXを以下に。

    PDBデータ 4udxの2量体(一酸化炭素デヒドロゲナーゼ)
    Carbon-monoxide dehydrogenase (ferredoxin) - Wikipedia

    4udxの2量体(一酸化炭素デヒドロゲナーゼ) WCC(Fe3NiS4クラスター)選択 SF4(鉄硫黄クラスター)選択 同PDBsumデータ4udx_WCC(CO2,Fe含む)$
    ※鉄ポルフィリン類の例 → 窒素から見る生命の世界ヘモグロビン
    2hhbのChain AのPDBsumデータ2hhb_HEM_A(ヒトのデオキシヘモグロビンのヘム)$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    A鎖(IL-18)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    一酸化炭素デヒドロゲナーゼ構造例4udxの2量体とそのPDBsumデータ(Fe3NiS4クラスター-Fe-CO2


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