◆ Jmolで見るトピックス分子(13-4) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox(バージョン51以前)で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが,Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。


  1. Rules for Biologically Inspired Adaptive Network Design(Science,2010/01/22) ※文中のPhysarum polycephalum(モジホコリ,真正粘菌)でRCSB PDBを検索して表示される16件の中から1cjaを以下に。

    PDBデータ 1cjaのChain A(粘菌Physarum polycephalumのアクチン-フラグミンキナーゼ;AMP結合)

    1cjaのChain A(粘菌Physarum polycephalumのアクチン-フラグミンキナーゼ;AMP結合) 同PDBsumデータ 1cja_AMP$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]1cjaのChain A(AMP結合) [中・左]「科学発信!! Hakodate」での高木清二さんと展示の粘菌


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 磁気コンパスのようにふるまうタンパク質複合体(Nature ハイライト,2015/11/17) [NEW!] ※“MagR/Cry複合体”のMagRデータがPDBに無いためCry(クリプトクロム)関連情報を以下に。

    PDBデータ 4gu5のChain A(ショウジョウバエのクリプトクロム)
    Magnetoreception - WikipediaCryptochrome - Wikipedia

    4gu5のChain A(ショウジョウバエのクリプトクロム) 同PDBsumデータ 4gu5_FAD(Mg含む)$ Trp314・375・420選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]クリプトクロム4gu5のA鎖(左)と同PDBsumデータ(右);何れもFAD近傍の3つのTrpを強調表示


  3. 構造生命科学ニュースウオッチ [NEW!] ※2015/11/23付け記事『XFELによって、一酸化炭素の解離から広がるミオグロビンの超高速構造変化を、直接観察』で紹介のPDBデータの一部を以下に。

    PDBデータ 5cn5ののPDBsumデータ(ウマのミオグロビン,0 ps time delay)
    Myoglobin - Wikipedia

    PDBsumデータ 5cn5_CMO(0 ps time delay)$
    PDBsumデータ 5cnb_CMO(0.5 ps time delay)$
    PDBsumデータ 5cnd_CMO(3 ps time delay)$
    PDBsumデータ 5cne_CMO(10 ps time delay)$
    PDBsumデータ 5cng_CMO(150 ps time delay)$


    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    ヘム選択 Fe選択 一酸化炭素CO選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    0 ps(5cn5)〜150 ps(5cng)のPDBsumデータによるアニメ画像


  4. 今月の分子 192: バンコマイシン(Vancomycin)(PDBj,2015/12)Molecule of the Month(PDB) [NEW!] ※紹介データの中からPDBエントリー 1fvm )”を以下に。

    PDBデータ 1fvmのChain A・G(DI-acetyl-LYS-D-ALA-D-ALAに結合したバンコマイシン)
    Vancomycin - Wikipedia

    1fvmのChain A・G(DI-acetyl-LYS-D-ALA-D-ALAに結合したバンコマイシン) 同PDBsumデータ1fvm_MLU-OMZ-ASN-GHP-GHP-OMY-3FG$ MLU-OMZ-ASN-GHP-GHP-OMY-3FG(vancomycin)選択 Chain G選択 D-Ala-D-Ala選択
    バンコマイシン含む他のPDBデータ例: 1pnvのChain B(バンコマイシンが結合したTDP-epi-vancosaminyltransferase GtfA) VAN(vancomycin)選択
    バンコマイシン(vancomycin)
    D-アラニル-D-アラニン | L-アラニン
    ペニシリンG(水色表示)とD-アラニル-D-アラニンの重ね合わせ〔PDB形式データ;すべてHETATM〕 ペニシリンG選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    1fvmのChain A・G(DI-acetyl-LYS-D-ALA-D-ALAに結合したバンコマイシン)


  5. RCSB PDB 2015/12/02 新規公開データより:4wvm Stonustoxin structure [NEW!]

    PDBデータ 4wvm(オニダルマオコゼの毒成分ストナストキシン〈stonustoxin〉)
    Synanceia verrucosa - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    オニダルマオコゼの毒成分ストナストキシン(stonustoxin)4wvm


  6. RCSB PDB 2015/12/09 新規公開データより:5ea3 Crystal Structure of Inhibitor JNJ-2408068 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein [NEW!]

    PDBデータ 5ea3(阻害剤JNJ-2408068が結合したRSウイルスのF糖タンパク質)
    Human respiratory syncytial virus - Wikipedia

    5ea3(RSウイルスのF糖タンパク質;阻害剤JNJ-2408068が結合) 同PDBsumデータ 5ea3_5NK$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    5NK(JNJ-2408068)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤JNJ-2408068が結合したRSウイルスのF糖タンパク質5ea3


  7. 【健康】マウスの脳内に沈着したアミロイドベータ斑の除去に役立つ可能性のある分子(Nature ハイライト,2015/12/09) [NEW!]

    EPPS(HEPPS;4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazinepropanesulphonic acid)
    HEPPS (molecule) - Wikipedia

    EPPS(HEPPS)
    ※参考(EPPSが結合したPDBデータ例): 5cs3(EPPSが結合した肝細胞増殖因子のNK1フラグメント) 同PDBsumデータ 5cs3_EP1$ ※EPPS結合PDBデータ一覧

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    EPPS(左)とEPPSを含む5cs3のPDBsumデータ(右;上掲記事とは無関係)


  8. 新刊:喜多喜久,「創薬探偵から祝福を」,新潮文庫nex(2015) [NEW!] ※一部化合物の分子モデルを以下に。

    初期表示はアリザリンレッドS(Alizarin Red S;C.I.Mordant Red 3)
     [Alizarin - Wikipedia
    p.33 ファビピラビル:ファビピラビル(favipiravir,T-705;インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤) [Favipiravir - Wikipedia] | 6-fluoro-3-oxo-4-(5-O-phosphono-β-D-ribofuranosyl)-3,4-dihydropyrazine-2-carboxamide;ファビピラビルの1リン酸体(活性体は3リン酸体) → PDBリガンド1RPファビピラビルの3リン酸体T-705RTP(活性体) | ファビピラビル,同3リン酸体T-705RTP,ブリンシドフォビルの同時表示 … 2014年にエボラ出血熱感染拡大
    p.64 テアフラビン:テアフラビン(theaflavin) [Theaflavin - Wikipedia
    p.170 アリザリンレッドS:アリザリンレッドS(Alizarin Red S;C.I.Mordant Red 3) … 染料の種類
    p.184 テストステロンやエストロゲン :テストステロン(testosterone) | 17β-エストラジオール(17β-Estradiol;エストロゲン〈estrogen〉の一種) | テストステロンと17β-エストラジオールの同時表示 [Testosterone - WikipediaEstrogen - Wikipedia] … 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.231 山中因子:山中因子の一部を含むPDBデータ例1gt0*(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例) C鎖(Oct1)選択 D鎖(Sox2)選択 [Induced pluripotent stem cell - Wikipedia] … Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から
    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    DNA/RNA選択 同backbone選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]ファビピラビル,同3リン酸体(活性体),ブリンシドフォビル(brincidofovir)の同時表示
    [中]アリザリンレッドS(Alizarine Red S;C.I.Mordant Red 3)
    [右]テストステロンと17β-エストラジオールの同時表示


  9. RCSB PDB 2015/12/16 新規公開データより:4uxf Crystal structure of the carboxy-terminal region of the bacteriophage T4 proximal long tail fibre protein gp34, P21 native crystal [NEW!]

    PDBデータ 4uxf(T4ファージの尾繊維タンパク質gp34)
    Enterobacteria phage T4 - Wikipedia

    4uxf(T4ファージの尾繊維タンパク質gp34)
    ※他のT4ファージのPDBデータ例:1k28のChain A・D×3(T4ファージのタンパク質gp5)  バリン, グリシン で空間充填表示 → T4ファージのgp5タンパク質例

    バックボーン 二次構造

    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    T4ファージのgp34尾繊維タンパク質4uxf


  10. RCSB PDB 2015/12/23 新規公開データより:4rzt Lac repressor engineered to bind sucralose, sucralose-bound tetramer [NEW!]

    PDBデータ 4rztの Chain A(スクラロースが結合したlacリプレッサー)
    Lac repressor - WikipediaSucralose - Wikipedia

    4rztの Chain A(スクラロースが結合したlacリプレッサー) 同PDBsumデータ 4rzt_40J$
    スクラロース(sucralose)

    バックボーン 二次構造

    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    スクラロースが結合したlacリプレッサー4rztのPDBsumデータ


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