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染料の種類（初期表示は C.I.Acid Orange 7；Orange II）

分類と染料名（C.I.Nameほか） 分子式
●直接染料
C.I.Direct Red 2 C34H26N6Na2O6S2
C.I.Direct Red 28 C32H22N6Na2O6S2
●酸性染料
C.I.Acid Orange 7（Orange II） C16H11N2NaO4S
●塩基性染料
C.I.Basic Blue 9（メチレンブルー；Methylene Blue） C16H18N3S+Cl-
C.I.Basic Violet 3（クリスタルバイオレット；Crystal Violet） C25H30N3+Cl-
※歴史的染料（最初の合成染料；現在は利用されず）
　：モーブ（モーベイン；mauve，mauveine；C.I.50245）
モーベインA（mauveine A）
モーベインB（mauveine B）		 モーブ - Wikipedia参照
 
C26H23N4+M-
C27H25N4+M-
●媒染染料
C.I.Mordant Red 11（アリザリン；Alizarin） C14H8O4
●酸性媒染染料
C.I.Mordant Red 3（アリザリンレッドS；Alizarin Red S） C14H7NaO7S
C.I.Mordant Black 3 C20H13N2NaO5S
●建染染料（バット染料）
C.I.Vat Blue 1（Indigo） C16H10N2O2
●分散染料
C.I.Disperse Yellow 7 C19H16N4O
C.I.Disperse Orange 3 C12H10N4O2
C.I.Disperse Red 17 C17H20N4O4
C.I.Disperse Violet 1（1,4-diaminoanthraquinone） C14H10N2O2
●反応染料
C.I.Reactive Red 1 C19H9N6Na3O10S3Cl2
■蛍光増白染料
C.I. Fluorescent Brightener 162 C14H11NO3
DAS1（CAS 16090-02-1）* 《分子計算未了》 C40H38N12Na2O8S2
■pH指示薬の例
メチルオレンジ（C.I.Acid Orange 52） C14H14N3NaO3S
メチルレッド（C.I. Acid Red 2） C15H15N3O2
◆参考：染料の代表的な基本構造例
アゾ基 -N=N-
アントラキノン ─
空間充填　球棒　スティック
　　　
背景・黒　灰　白　紺


β-カロテンとメチルレッドで見る共役系

印の組み合わせについては結合の模式図を参照可能．

セルロース−直接染料　｜　毛−塩基性染料　｜　ナイロン−酸性染料　｜　ポリエステル−分散染料　｜　セルロース−反応染料


C.I.Basic Blue 9（メチレンブルー）を含むPDBsumデータ2yve - Ligand MBTより（SITEにはアミノ酸以外にグリセリン含む）
※参考：Log Pをポケットに！


C.I. Acid Red 2（メチルレッド）を含むPDBsumデータ2v9c - Ligand MREより（SITEにはアミノ酸以外にフラビンモノヌクレオチド含む）


C.I.Reactive Red 6の誘導体を含むPDBsumデータ1qd0 - Ligand RR6より（SITEにはアミノ酸以外にCu含む）
※参考：Image:CI Reactive Red 6 structure.png - Wikimedia Commons（Cu含む）

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