◆ Jmolで見るトピックス分子(14-5) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox(バージョン51以前)で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが,Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。


  1. RCSB PDB 2016/08/24 新規公開データより:5kaw The structure of SAV2435 bound to TETRAPHENYLPHOSPHONIUM and RHODAMINE 6G ※他に5kat5kau5kav5kax(下掲)・5kcb

    PDBデータ 5kaw(テトラフェニルホスホニウムとローダミン6Gが結合したGyrI様タンパク質SAV2435;多剤耐性に関係)
    Rhodamine - WikipediaRhodamine 6G - WikipediaTetraphenylphosphonium chloride - Wikipedia

    5kaw(テトラフェニルホスホニウムとローダミン6Gが結合したGyrI様タンパク質SAV2435)P4P(テトラフェニルホスホニウム)選択 RHQ(ローダミン6G)選択 同PDBsumデータ5kaw_RHQ$
    5kaxのChain A(ローダミン6Gが結合したGyrI様タンパク質CTR107) 同PDBsumデータ5kax_RHQ$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    テトラフェニルホスホニウムとローダミン6Gが結合したGyrI様タンパク質5kaw(左;テトラフェニルホスホニウムも結合したSAV2435)と5kaxのChain A(右;CTR107)


    同上PDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 今月の分子 201: イソプレン合成酵素(Isoprene Synthase)(PDBj,2016/09)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3n0gのChain A(イソプレン合成酵素)
    Isoprene synthase - Wikipedia
    3n0gのChain A(イソプレン合成酵素)
    ※参考:ポリイソプレン(高分子) → 代表的な高分子

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    イソプレン合成酵素3n0gのChain A


  3. RCSB PDB 2016/09/07 新規公開データより:5glh Crystal Structure of a Protein_1 ※他に5gli

    PDBデータ 5glh(エンドセリン-1が結合したエンドセリンB受容体)
    Endothelin receptor type B - WikipediaEndothelin receptor - WikipediaEndothelin - Wikipedia

    5glh(エンドセリン-1が結合したエンドセリンB受容体) Chain B(エンドセリン-1)選択
    5gli(エンドセリンB受容体)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    エンドセリン-1が結合したエンドセリンB受容体5glh


  4. これからは「ペフボトル」 東洋紡、「ペット」を進化(朝日,2016/09/07)

    ポリエチレンフラノエート(ポリエチレンフラノアート,polyethylene furanoate;PEF)の繰り返し単位
    Polyethylene 2,5-furandicarboxylate - Wikipedia

    ポリエチレンフラノエート(ポリエチレンフラノアート;PEF)の繰り返し単位
    ポリエチレンテレフタレート(ポリエチレンテレフタラート;PET)の繰り返し単位
    PEFとPETの同時表示

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
      
    背景・黒 灰 白 


    PEFとPETの繰り返し単位


  5. RCSB PDB 2016/09/28 新規公開データより:5b2d Crystal structure of Mumps virus hemagglutinin-neuraminidase bound to 3-sialyllactose

    PDBデータ 5b2dのChain A(3-シアリルラクトースに結合したムンプスウイルスのHNタンパク質)
    Mumps hemagglutinin-neuraminidase - WikipediaMumps virus - Wikipedia

    5b2dのChain A(3-シアリルラクトースに結合したムンプスウイルスのHNタンパク質) 同PDBsumデータ5b2d_SLT$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 SLT(3-シアリルラクトース)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色:GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    3-シアリルラクトースに結合したムンプスウイルスのHNタンパク質5b2dのChain A(左)と同PDBsumデータ(右)


  6. 「薬用せっけん」1年以内の切り替え要請 企業に厚労省 (日経,2016/10/01)

    トリクロサンとトリクロカルバンの同時表示
    Triclosan - WikipediaTriclocarban - Wikipedia

    トリクロサン(triclosan)
    トリクロカルバン(triclocarban)
    トリクロサンとトリクロカルバンの同時表示
    フェノール(phenol) → アルコールとフェノール
    ※参考(トリクロサンが結合したPDBデータ例):4w9nのChain B(トリクロサンが結合したエノイルアシルキャリアータンパク質レダクターゼ) TCL(トリクロサン)選択 同PDBsumデータ4w9n_TCL$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    トリクロサンとトリクロカルバン(右は参考としてトリクロサン結合タンパク質例4w9nのPDBsumデータ)


  7. The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2016 - Nobelprize.org ※2016年ノーベル生理学医学賞受賞の大隅良典先生らによるオートファジータンパク質構造例4p1wほかを以下に(初期表示を2cy7から変更)。

    PDBデータ 4p1w(オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体)
    Autophagy - Wikipedia

    4p1w(オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体) Chain G(Atg1317BR)選択 → Nature Structural & Molecular Biology(2014/05/04)
    5jhf(オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg1317LR-Atg17-Atg29-Atg31複合体) Chain G・H(Atg1317BR)選択 Chain I・J(Atg1317LR)選択 → Developmental Cell(2016/07/11)
    4p1w(オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体)
    2cy7(ヒトのオートファジータンパク質Atg4B)
    3vqiのChain A(酵母Kluyveromyces marxianusのオートファジータンパク質Atg5)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体4p1w(左)とヒトのオートファジータンパク質Atg4B2cy7(右)


  8. The Nobel Prize in Chemistry 2016 - Nobelprize.org

    Ben L. Feringaらによる光動力キラル分子モーター例の回転構造((3R,3'R)-(P,P)-(E)-3体と(3R,3'R)-(P,P)-(Z)-4体の同時表示)

    Feringaらによる分子モーター例の構造:(3R,3'R)-(P,P)-(E)-3体 | (3R,3'R)-(P,P)-(Z)-4体 | 両者の同時表示
    ※参考(Feringa, B.L.らによるPDBデータ例):4c5u(フェニルアラニン-2,3-アミノムターゼ)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    Ben L. Feringaらによる分子モーター例(左:Jmol表示 中:ノーベル財団資料 [PDF],右:本サイト旧資料


  9. 今月の分子 202: ジペプチジルペプチダーゼ4(Dipeptidyl Peptidase 4)(PDBj,2016/10)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 1nu8(ジペプチジルペプチダーゼ4;ジペプチジルペプチダーゼIV)
    Dipeptidyl peptidase-4 - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Chain D(3-merペプチド)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色:GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ジペプチジルペプチダーゼ4 1nu8


  10. ゲノム編集でマッチョなトラフグ 餌モリモリ、成長早く(朝日,2016/10/07) ※“筋肉の成長を抑えている「ミオスタチン」という遺伝子を働かなくし…”のミオスタチン(マイオスタチン)構造例を以下に。

    PDBデータ 3sek(ミオスタチン;フォリスタチン関連タンパク質3が結合)
    Myostatin - WikipediaFSTL3 - Wikipedia] ()」
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Chain C(フォリスタチン関連タンパク質3)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色:GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    フォリスタチン関連タンパク質3(FSTL3)が結合したミオスタチン3sek


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