◆ Jmolで見るトピックス分子(15-1) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox(バージョン51以前)で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが,Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。


  1. RCSB PDB 2016/10/12 新規公開データより:5l4j Crystal Structure of Human Transthyretin in Complex with 4,4'-Dihydroxydiphenyl sulfone (Bisphenol S, BPS) ※他に2016/10/05公開の5jid5jimを下掲

    PDBデータ 5l4jのChain A(ビスフェノールSが結合したトランスサイレチン)
    Transthyretin - WikipediaBisphenol S - Wikipedia

    5l4jのChain A(ビスフェノールSが結合したトランスサイレチン) 同PDBsumデータ5l4j_6JD$ビスフェノールS(bisphenol S)
    5jidのChain A(PFOAが結合したトランスサイレチン) 同PDBsumデータ5jid_8PF$PFOA(パーフルオロオクタン酸) [Perfluorooctanoic acid - Wikipedia
    5jimのChain A(PFOSが結合したトランスサイレチン) 同PDBsumデータ5jim_P8S$PFOS(パーフルオロオクタンスルホン酸) [Perfluorooctanesulfonic acid - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ビスフェノールSが結合したトランスサイレチン5l4jのChain A [右]5l4j5jid(PFOA結合トランスサイレチン)・5jim(PFOS結合トランスサイレチン)のPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2016/10/19 新規公開データより:5guh Crystal structure of silkworm PIWI-clade Argonaute Siwi bound to piRNA

    PDBデータ 5guh(piRNAが結合したカイコ由来のPIWIタンパク質Siwi)
    Piwi - WikipediaPiwi-interacting RNA - Wikipedia

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    piRNAが結合したカイコ由来のPIWIタンパク質Siwi5guh


  3. RCSB PDB 2016/10/26 新規公開データより:5fst LYSOZYME SOAK-AND-FREEZE UNDER 100BAR KRYPTON ※他にKrが結合した5fsp(サーモリシン)・5fss(同),O2が結合した5fsj(同)・5frc(尿酸オキシダーゼ)

    PDBデータ 5fst(Kr,Na,Clが結合したリゾチーム)
    Lysozyme - WikipediaKrypton - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    Kr,Na,Clが結合したリゾチーム5fst


  4. RCSB PDB 2016/11/02 新規公開データより:5tgz Crystal Structure of the Human Cannabinoid Receptor CB1

    PDBデータ 5tgz(AM6538が結合したカンナビノイド受容体CB1
    Cannabinoid receptor - Wikipedia

    5tgz(AM6538が結合したカンナビノイド受容体CB1) ZDG(AM6538)選択 同PDBsumデータ5tgz_ZDG$
    5u09(カンナビノイド受容体CB1[NEW!] 7DY(taranabant)選択 同PDBsumデータ5u09_7DY$ → Nature ハイライト(2016/12/21)
    テトラヒドロカンナビノール〔tetrahydrocannabinol〕/Δ9-THC(幻覚作用) | JWH-018(naphthoylindole誘導体)


    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]5tgz(AM6538が結合したカンナビノイド受容体CB1)とそのPDBsumデータ [右]5u09(taranabantが結合したCB1)とそのPDBsumデータ


  5. RCSB PDB 2016/11/09 新規公開データより:5ggr PD-1 in complex with nivolumab Fab ※他に5ggqも下掲

    PDBデータ 5ggrのChain A・B・Y(ニボルマブのFabが結合したPD-1)
    Nivolumab - WikipediaProgrammed cell death protein 1 - Wikipedia

    5ggrのChain A・B・Y(ニボルマブのFabが結合したPD-1) Chain Y(PD-1))選択
    5ggq(ニボルマブのFab)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    5ggr(ニボルマブのFabが結合したPD-1)


  6. 規制されないまま途上国で深刻化するオピオイド危機 歯止めかからない「トラマドール」のまん延(WSJ,2016/10/24)

    (1R,2R)-トラマドールと(1S,2S)-トラマドールの同時表示
    Tramadol - Wikipedia

    (1R,2R)-トラマドールと(1S,2S)-トラマドールの同時表示
    (1R,2R)-トラマドール
    (1S,2S)-トラマドール

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
      
    背景・黒 灰 白 



    (1R,2R)-トラマドール
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 

    (1S,2S)-トラマドール
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 
    ※回転がずれている時は再読み込みをしてください。


    (1R,2R)-トラマドールと(1S,2S)-トラマドール(アニメgif)


  7. 今月の分子 203: アミノペプチダーゼ1とオートファジー(Aminopeptidase 1 and Autophagy)(PDBj,2016/11)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 5jh9の12量体(Chain A-D×3;アミノペプチダーゼ1)
    Aminopeptidase - WikipediaAutophagy - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    5jh9の12量体(Chain A-D×3;アミノペプチダーゼ1))


  8. RCSB PDB 2016/11/16 新規公開データより:5b57 Inward-facing conformation of ABC heme importer BhuUV from Burkholderia cenocepacia

    PDBデータ 5b57(ヘムトランスポーター)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    5b57(ヘムトランスポーター)


  9. 南アフリカ共和国:祖母の愛と結核新薬デラマニドに救われた命――シネゼンバ・クセさん(MSF,2016/10/28)

    デラマニド
    Delamanid - Wikipedia

    デラマニド(delamanid)
    ※参考(上掲記事に出てくる他の抗生物質例):リファンピシン(rifampicin) | イソニアジド(isoniazid)

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
      
    背景・黒 灰 白 


    デラマニド(delamanid)


  10. 「洗濯絵表示が変わる」12月から適用される全41種類を解説(Fashionsnap.com,2016/11/14) [NEW!]


    洗濯表示(消費者庁)
    よりドライクリーニング処理の記号

    テトラクロロエチレン(パークロロエチレン,パークレン,PCE)
    Tetrachloroethylene - Wikipedia

    テトラクロロエチレン(tetrachloroethylene)
    ※参考(石油系溶剤の成分例):n-ノナン | n-デカン | n-ウンデカン → 有機化合物の名前・基礎の基礎

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
      
    背景・黒 灰 白 


    テトラクロロエチレン(tetrachloroethylene)


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」