◆ Jmolで見るトピックス分子(12-3) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。
※Chrome以外のブラウザをご利用ください。Chromeを利用する場合はこちらをご参照ください。


  1. RCSB PDB 2015/03/18 新規公開データより:4xdk Crystal structure of human two pore domain potassium ion channel TREK2 (K2P10.1) in complex with norfluoxetine

    PDBデータ 4xdkのChain A・B((S)-ノルフルオキセチンと(R)-ノルフルオキセチンが結合したK2Pカリウムチャネル)
    Potassium channel - WikipediaKCNK10 - WikipediaSeproxetine - Wikipedia

    4xdkのChain A・B(two-pore domainカリウム(K2P)チャネル) 405(S-体)選択 408(R-体)選択 K選択
    (R)-ノルフルオキセチン(Rnorfluoxetine) 同PDBsumデータ4xdk_408[606(A)]$ 4xdk_405[607(A)]$
    (S)-ノルフルオキセチン((S)-norfluoxetine;セプロキセチン seproxetine)
    ノルフルオキセチンの(R)-体と(S)-体の同時表示
    フルオキセチン(fluoxetine)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PDBデータ4xdkのChain A・B(ノルフルオキセチンの(R)-体と(S)-体は重なり合っていることに注意)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2015/04/01 新規公開データより:3wsa The Tuberculosis Drug SQ109 Inhibits Trypanosoma cruzi Cell Proliferation and acts Synergistically with Posaconazole ※他に3wsb。

    PDBデータ 3wsaのChain A(結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのトランスフェラーゼ)
    ※クルーズトリパノソーマはシャーガス病の原因となる。
    SQ109 - WikipediaTrypanosoma cruzi - Wikipedia

    3wsaのChain A(SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのトランスフェラーゼ) 同PDBsumデータ3wsa_RWZ$
    SQ109

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3wsaのPDBsumデータ(リガンドはSQ109)


  3. 「一家に1枚 くすりの形」の製作について(文部科学省,2015/03/27) → 一家に1枚シリーズ(科学技術週間Webサイト)

    初期表示はセチリジン(cetirizine;(R)-体と(S)-体)の同時表示)

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    メチルエフェドリン(methylephedrine;異性体あり)
    サルブタモール(salbutamol;異性体あり)
    ロキソプロフェン(loxoprofen;異性体あり)
    テノホビル(テノフォビル,tenofovir;フマル酸テノホビルが抗HIV薬) → HIVとエイズ
    オセルタミビル(oseltamivir)GS4071(オセルタミビルが変化した薬効成分) → インフルエンザ情報GS4071を含むノイラミニダーゼのSITE例
    エスシタロプラム(escitalopram,MLD-55)セロトニン(serotonin) → 抗うつ剤の分類
    ピオグリタゾン(pioglitazone) → 日本発の医薬品
    ベンダムスチン(bendamustine)
    フェノフィブラート(fenofibrate)
    ソリフェナシン(solifenacin)
    セレコキシブ(celecoxib)
    セチリジン(cetirizine;上が(R)-体で下が(S)-体)ヒスタミン(histamine)
    エルロチニブ(erlotinib) → 話題の制がん剤・抗がん剤関連タンパク質例
    コルヒチン(colchicine) → 別トピック
    ペメトレキセド(pemetrexed) → 話題の制がん剤・抗がん剤葉酸(folate,ビタミンM) → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
    ベンゼン) → 日本発の医薬品
    ラロキシフェン(raloxifene)17β-エストラジオール(17β-Estradiol) → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較
    ロスバスタチン(rosuvastatin)メバロン酸(mevalonic acid) → 日本発の医薬品
    ※その他の掲載分子: エタノール(ethanol) ベンゼン(benzene) アスピリン(Aspirin,アセチルサリチル酸) 


  4. 今月の分子 184: グルカゴン(Glucagon)(PDBj,2015/04)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 4ers(抗体Fab領域が結合したグルカゴン受容体)
    Glucagon receptor - WikipediaGlucagon - Wikipedia

    4ers(グルカゴン受容体;抗体Fab領域が結合)  A鎖(グルカゴン受容体)選択
    4l6r(グルカゴン受容体;GPCR)
    1gcn(グルカゴン)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    グルカゴン(1gcn)とグルカゴン受容体(4ers;抗体Fab領域が結合)


  5. 新潟大とエーザイ、アルツハイマー型認知症患者の認知機能変化を血液マーカーで測定(dot.,2015/04/06)

    コレステロール(上)とデスモステロール(下)の同時表示
    Desmosterol - Wikipedia

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    デスモステロール(desmosterol)
    コレステロール(cholesterol)
    コレステロールとデスモステロールの同時表示


  6. RCSB PDB 2015/04/08 新規公開データより:3wxw Crystal structure of the human adiponectin receptor 2 ※他に3wxv(adiponectin receptor 1)。

    PDBデータ 3wxwのChain A(アディポネクチン受容体2;AdipoR2)
    Adiponectini - Wikipedia

    3wxvのChain A(アディポネクチン受容体1;AdipoR1) 同PDBsumデータ3wxv_ZN$
    3wxwのChain A(アディポネクチン受容体2;AdipoR2) 同PDBsumデータ3wxw_ZN(HOH 515(A)を追加)$* 水分子選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    3wxvおよび3wxwのA鎖(左)と各々のPDBsumデータ(右)


  7. カロテンの優れた金属捕捉機能を発見 −β-カロテン分子が多数の金属原子を挟み込む−(村橋G、柳井Gら)(分子科学研究所,2015/04/14)

    β-カロテン
    beta-Carotene - Wikipedia

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    β-カロテン(β-カロチン) | 参考: 11-cis-レチナール,all-trnas-レチナール,11-cis-ビタミンA,all-trnas-ビタミンA,β-カロテンの同時表示


    Nature Communications論文
    より


  8. 自閉症などの神経発達障害に関連するタンパク質が神経細胞同士を適切につなぐ仕組み(SPring-8,2015/04/24) ※RCSB PDBの2015/05/06新規公開データ4yh6・4yh7(下掲)・4yfc・4yfd・4yfe・4yfg

    PDBデータ 4yh7(PTPδ-IL1RAPL1複合体)
    PTPRD - WikipediaIL1RAPL1 - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4yh7


  9. RCSB PDB 2015/05/13 新規公開データより:3j9t Yeast V-ATPase state 1 ※他に3j9u,3j9v。

    PDBデータ 3j9t(V-ATPase)
    V-ATPase - Wikipedia

    3j9t(V-ATPase)
    2cyd(V-ATPaseのrotor ring)
    3vr3(V1-ATPase〈A3B3複合体〉)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3j9t


  10. 危険ドラッグの成分827物質を新たに指定薬物に包括指定 〜指定薬物等を定める省令を公布しました〜(厚生労働省,2015/05/01)

    新規指定薬物827物質の基本骨格 2-amino-1-phenyl-propane-1-one(2-amino-1-phenyl-1-propanone)

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    基本骨格 2-amino-1-phenyl-propane-1-one(2-amino-1-phenyl-1-propanone);異性体あり …の部分が置換
    参考: (S)-2-amino-1-phenyl-1-propanone(カチノン,cathinone) [カチノン - Wikipedia
    参考(指定済みの薬物例): 4F-Octedrone(異性体あり;2014/12/25指定)


    厚生労働省 別紙 [PDF]


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」