◆ GS4071を含むノイラミニダーゼのSITE例 ◆
PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性鳥インフルエンザ&新型インフルエンザ情報
インフルエンザノイラミニダーゼとタミフル
※GS4071はオセルタミビル(タミフル)が血液・肝臓中で変化した薬効成分
※GS4071: I/O=1.607



2hu0_G39(N1)
I'/O'=1.961
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

2qwk_G39(N9)
I'/O'=1.882
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

3cl0_G39(N1)
I'/O'=1.811
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

3cl2_G39(N1)
I'/O'=1.784
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

4qn7_G39(N7)
I'/O'=1.845
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
 




シアル酸および抗インフルエンザウイルス薬(プラグ薬の例)のザナミビルとGS4071・オセルタミビル;親油ポテンシャル表示
「別冊日経サイエンス143 世界を脅かす感染症とどう闘うか」,p.51参照


〔左〕GS4071(オセルタミビル〔※タミフル〕が血液・肝臓中で変化)を含むノイラミニダーゼ3cl0
〔右〕ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDDデータ3ckz


Ligand-SITE情報データにCleftsデータ(何れもBinding-surface 1)を追加して作成した画像(上段のsurfaceはamino色,下段は酸性・中性・塩基性区別)
〔左〕シアル酸を含む2c4a(Clefts),〔中〕GS4071を含む3cl0(Clefts),〔右〕ザナミビルを含む3ckz(Clefts)


ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDDデータ1a4gのChain A → 新しい風邪薬・インフルエンザ治療薬


GS4071(オセルタミビル〔※タミフル〕が血液・肝臓中で変化)を含むノイラミニダーゼ(N9)2qwk


GS4071を含む2qwkについて,CASTpによるGS4071近傍PocketのID53+54から目視で選んだ仮SITE部分


2qwkPDBsumによるGS4071のSITE部分(水素結合情報含む)


同じく2qwkの糖鎖別着色データ(左;糖タンパク質データ集参照)とPQSによる四量体モデル(右;PQSデータ集参照)


タミフル耐性インフルエンザのN1ノイラミニダーゼ結晶構造に関する論文のデータのLIGPLOTデータ(PDBsumより);こちらにも分子データ掲載
3cl2(N294S,GS4071含む),3cl0(H274Y,GS4071含む),3ckz(H274Y,ザナミビル含む)が該当データで,2qwkは参考に示したN9のもの
Crystal structures of oseltamivir-resistant influenza virus neuraminidase mutants(Nature,2008/05/14)


GS4071を含む3cl0(N1ノイラミニダーゼH274Y)およびの3cl2Chain A(N1ノイラミニダーゼN294S)


GS4071を含む3cl0(N1ノイラミニダーゼH274Y)のLIGPLOTデータより


H274Yタミフル耐性変異の説明:〔左〕GS4071を含む2hu0(N1)PDBsumデータにHis274追加,〔右〕3cl0(N1)PDBsumデータにTyr274追加
タミフル耐性の仕組み解明 インフルエンザで米チーム(47NEWS,2010/06/04)
Permissive Secondary Mutations Enable the Evolution on Influenza Oseltamivir Resistance(Science,2010/06/04)
※参考:Proteopedia - Avian Influenza Neuraminidase, Tamiflu and Relenza


Structure Comparison Toolによる2hu0のB鎖と3cl0の比較
がGS4071,小さい球棒はHis。



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