◆ Jmolで見るトピックス分子(24-2) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
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601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-11101111-11201121-11301131-11401141-11501151-1160
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 所さん!事件ですよ 「入浴客を狙う“チェンソーマン”!?温泉事件簿」(NHK,2022/11/24放送) [NEW!] ※“一方、近所のスーパー銭湯に行った後「死にかけた」人も。原因はレジオネラ菌”のレジオネラ菌関連PDBデータを下掲

    diC4-PI(3,4)P2が結合したレジオネラ菌のエフェクタータンパク質SidF(ホスホイノシチドホスファターゼ) 4fyg
    4fyg(diC4-PI(3,4)P2が結合したレジオネラ菌のエフェクタータンパク質SidF,ホスホイノシチドホスファターゼ) 同PDBsumデータ4fyg_3PT$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    diC4-PI(3,4)P2が結合したレジオネラ菌のエフェクタータンパク質SidF(ホスホイノシチドホスファターゼ) 4fygとそのPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Recognition of cyclic dinucleotides and folates by human SLC19A1(Nature,2022/10/20) [NEW!] ※2022/10/05公開データ7xpz・7xq2・7xq0(下掲)・7xq1・8goe・8gof

    3'3'-CDAが結合した溶質輸送体SLC19A1 7xq0
    Folate transporter 1 - Wikipedia
    7xq0(3'3'-CDAが結合した溶質輸送体SLC19A1) 同PDBsumデータ7xq0_2BA[601(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3'3'-CDAが結合した溶質輸送体SLC19A1 7xq0とそのPDBsumデータ


  3. Lead identification of novel tetrahydroimidazo[1,2-a]pyridine-5-carboxylic acid derivative as a potent heparanase-1 inhibitor(Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters,2022/09/13) [NEW!] ※2022/12/07公開7yi7(下掲)・7yjc

    ヘパラナーゼ-1(HPSE1)7yi7
    Heparanase - Wikipedia
    7yi7(ナトリウムポンプ化されたP型ATPアーゼ) 同PDBsumデータ7yi7_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヘパラナーゼ-1(HPSE1)7yi7とそのPDBsumデータ


  4. Structural insights into the mechanism of the sodium/iodide symporter(Nature,2022/12/14) [NEW!] ※2022/12/21公開7uuy・7uuz・7uv0(下掲)

    ナトリウム/ヨウ化物共輸送体7uv0
    Sodium/iodide cotransporter - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ナトリウム/ヨウ化物共輸送体7uv0


  5. Brassinosteroid-induced gene repression requires specific and tight promoter binding of BIL1/BZR1 via DNA shape readout(Nature Plants,2022/12/15) [NEW!] ※2012/12/07公開7vn2(下掲)・7vn3・7vn4・7vn5・7vn6・7vn7・7vn8

    PDBデータ 7vn2のChain A・E(DNAが結合したBIL1/BZR1)
    7vn2のChain A・E(DNAが結合したBIL1/BZR1) 同PDBsumデータ7vn2A_lp(α-マルトース)$
    ※参考:α-マルトース(α-maltose;α-グルコース×2) → 甘味物質の秘密
    バックボーン 二次構造  DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    DNAが結合したBIL1/BZR1 7vn2のChain A・EとそのPDBsumデータ(α-マルトース)


  6. Chemical modulation of microtubule structure through the laulimalide/peloruside site(Structure,2022/12/02) [NEW!] ※2022/11/23公開7zx2(下掲)

    チューブリンα-1B/β-2B 7zx2のChain A・B
    Tubulin alpha-1A chain - WikipediaTUBA1B - Wikipedia
    7zx2のChain A・B(チューブリンα-1B/β-2B) ligand K9I選択 同PDBsumデータ7zx2B_K9I_lp$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    チューブリンα-1B/β-2B 7zx2のChain A・BとそのPDBsumデータ(ligand K9I,ペロルシドA類縁体)


  7. 自然界に新規α-L-グルコシダーゼを発見 〜天然にグルコースの鏡像異性体が存在する可能性が高まる〜(北海道大学,2023/01/23) [NEW!]

    β-L-グルコースが結合したα-L-グルコシダーゼ7xshのChain A
    7xshのChain A(β-L-グルコースが結合したα-L-グルコシダーゼ) 同PDBsumデータ7xshA_lp$
    ※参考:α-D-グルコース(α-D-glucose) β-D-グルコース(β-D-glucose)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    β-L-グルコースが結合したα-L-グルコシダーゼ 7xshのChain AとそのPDBsumデータ


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