Jmolで見るトピックス分子（24-2）

◆ Jmolで見るトピックス分子（24-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot⁺ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン）｜ No.979（カプサイシン受容体）｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

所さん！事件ですよ　「入浴客を狙う“チェンソーマン”！？温泉事件簿」（NHK，2022/11/24放送） [NEW!]　※“一方、近所のスーパー銭湯に行った後「死にかけた」人も。原因はレジオネラ菌”のレジオネラ菌関連PDBデータを下掲

Structural basis for substrate recognition by a unique Legionella phosphoinositide phosphatase（PNAS，2012/08/07）　※PDBデータ4fye・4fyf・4fyg（下掲）
レジオネラ症 - 厚生労働省　｜　レジオネラ対策のページ
レジオネラ症とは - Niid
関連ニュース例

diC4-PI(3,4)P₂が結合したレジオネラ菌のエフェクタータンパク質SidF（ホスホイノシチドホスファターゼ） 4fyg

4fyg（diC4-PI(3,4)P₂が結合したレジオネラ菌のエフェクタータンパク質SidF，ホスホイノシチドホスファターゼ）　同PDBsumデータ4fyg_3PT$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

diC4-PI(3,4)P₂が結合したレジオネラ菌のエフェクタータンパク質SidF（ホスホイノシチドホスファターゼ） 4fygとそのPDBsumデータ

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

Recognition of cyclic dinucleotides and folates by human SLC19A1（Nature，2022/10/20） [NEW!] ※2022/10/05公開データ7xpz・7xq2・7xq0（下掲）・7xq1・8goe・8gof

構造生物学：SLC19A1による葉酸とサイクリックジヌクレオチドの膜輸送（Nature ハイライト，2022/12/01） [NEW!]

3'3'-CDAが結合した溶質輸送体SLC19A1 7xq0
［Folate transporter 1 - Wikipedia］

7xq0（3'3'-CDAが結合した溶質輸送体SLC19A1）　同PDBsumデータ7xq0_2BA[601(A)]$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

3'3'-CDAが結合した溶質輸送体SLC19A1 7xq0とそのPDBsumデータ

Lead identification of novel tetrahydroimidazo[1,2-a]pyridine-5-carboxylic acid derivative as a potent heparanase-1 inhibitor（Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters，2022/09/13） [NEW!]　※2022/12/07公開7yi7（下掲）・7yjc

ヘパラナーゼ-1（HPSE1）7yi7
［Heparanase - Wikipedia］

7yi7（ナトリウムポンプ化されたP型ATPアーゼ）　同PDBsumデータ7yi7_lp$

ヘパラナーゼ-1（HPSE1）7yi7とそのPDBsumデータ

Structural insights into the mechanism of the sodium/iodide symporter（Nature，2022/12/14） [NEW!]　※2022/12/21公開7uuy・7uuz・7uv0（下掲）

ナトリウム/ヨウ化物共輸送体7uv0
［Sodium/iodide cotransporter - Wikipedia］

ナトリウム/ヨウ化物共輸送体7uv0

Brassinosteroid-induced gene repression requires specific and tight promoter binding of BIL1/BZR1 via DNA shape readout（Nature Plants，2022/12/15） [NEW!]　※2012/12/07公開7vn2（下掲）・7vn3・7vn4・7vn5・7vn6・7vn7・7vn8

植物の成長を促す植物ホルモンの遺伝子発現調節の新しい仕組み　―転写因子のDNA形状読み取りが遺伝子発現の方向を決める―（京都大学，2022/12/28） [NEW!]

PDBデータ 7vn2のChain A・E（DNAが結合したBIL1/BZR1）

7vn2のChain A・E（DNAが結合したBIL1/BZR1）　同PDBsumデータ7vn2A_lp（α-マルトース）$
※参考：α-マルトース（α-maltose；α-グルコース×2）　→ 甘味物質の秘密

バックボーン　二次構造　　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　DNA/RNA選択　DNA/RNA backbone選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

DNAが結合したBIL1/BZR1 7vn2のChain A・EとそのPDBsumデータ（α-マルトース）

Chemical modulation of microtubule structure through the laulimalide/peloruside site（Structure，2022/12/02） [NEW!]　※2022/11/23公開7zx2（下掲）

チューブリンα-1B／β-2B 7zx2のChain A・B
［Tubulin alpha-1A chain - Wikipedia，TUBA1B - Wikipedia］

7zx2のChain A・B（チューブリンα-1B／β-2B）　ligand K9I選択　同PDBsumデータ7zx2B_K9I_lp$

チューブリンα-1B／β-2B 7zx2のChain A・BとそのPDBsumデータ（ligand K9I，ペロルシドA類縁体）

自然界に新規α-L-グルコシダーゼを発見　～天然にグルコースの鏡像異性体が存在する可能性が高まる～（北海道大学，2023/01/23） [NEW!]

Discovery of α-l-Glucosidase Raises the Possibility of α-l-Glucosides in Nature（ACS Omega，2022/12/09） [NEW!]　※2023/01/18公開7xsf・7xsg・7xsh（下掲）
北海道大、自然界に新規α-L-グルコシダーゼを発見　～天然にグルコースの鏡像異性体が存在する可能性が高まる～（日経バイオテク，2023/01/23） [NEW!]
甘味物質の秘密（本サイト）

β-L-グルコースが結合したα-L-グルコシダーゼ7xshのChain A

7xshのChain A（β-L-グルコースが結合したα-L-グルコシダーゼ）　同PDBsumデータ7xshA_lp$
※参考：α-D-グルコース（α-D-glucose）　β-D-グルコース（β-D-glucose）

β-L-グルコースが結合したα-L-グルコシダーゼ 7xshのChain AとそのPDBsumデータ

痛み止め市販薬「セレコキシブ」の新たな抗がん作用機構を発見（東京工科大学，2023/02/01） [NEW!]

セレコキシブ（celecoxib）
［Celecoxib - Wikipedia］）

セレコキシブ（celecoxib）
※セレコキシブ結合タンパク質例（上掲プレスリリースのCOX-2の例）：1oq5（セレコキシブが結合したCOX-2）　同PDBsumデータ1oq5_CEL$
※他の鎮痛剤例（市販薬成分）
アセチルサリチル酸（acetylsalicylic acid；商標名アスピリン Aspirin）　→ 「スパイス、爆薬、医薬品　世界史を変えた17の化学物質」を読むために（本サイト）　［KEGG情報］
アセトアミノフェン（acetaminophen；パラセタモール，paracetamol）　→ 別トピック　［KEGG情報］
イソプロピルアンチピリン（isopropylantipyrine；プロピフェナゾン，propyphenazone）　［KEGG情報］
イブプロフェン（ibuprofen；異性体あり）　→ 抗生物質分子データ集　［KEGG情報］
インドメタシン（indomethacin）　→ 別トピック　［KEGG情報］
サリチルアミド（salicylamide）　［KEGG情報］
ロキソプロフェン（loxoprofen；異性体あり）　→ 別トピック　［KEGG情報］

［左］セレコキシブ（celecoxib）
［中・右］セレコキシブが結合したCOX-2構造例1oq5とそのPDBsumデータ

男性用の経口避妊薬に期待　実験で精子の泳ぎ一時停止（BBC，2023/02/15） [NEW!]

TDI-11861

TDI-11861
※可溶性アデニリルシクラーゼ（sAC）の構造例（上掲Nature Communications論文中のTDI-10229結合）：7ovd（TDI-10229が結合した可溶性アデニリルシクラーゼ）　TDI-10229選択　同PDBsumデータ7ovd_1S2$

［左］TDI-11861
［中・右］別分子TDI-10229が結合した可溶性アデニリルシクラーゼ（sAC）7ovdとそのPDBsumデータ

Structure and thiazide inhibition mechanism of the human Na-Cl cotransporter（Nature，2023/02/15） [NEW!]　※2023/02/15公開8fht・8fho・8fhn・8fhp・8fhq（下掲）・8fhr

ポリチアジド（polythiazide）とNa⁺イオンが結合したNa-Cl共輸送体8fhqのChain A
［Sodium-chloride symporter - Wikipedia，Polythiazide - Wikipedia］

8fhqのChain A（ポリチアジドとNa⁺イオンが結合したNa-Cl共輸送体）　同PDBsumデータ8fhq_XZF$　同PDBsumデータ8fhq_NA$

ポリチアジド（polythiazide）とNa⁺イオンが結合したNa-Cl共輸送体）8fhqのChain AとそのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」