◆ Jmolで見るトピックス分子(23-4) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-11101111-11201121-1130
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. リボソームタンパク質に起きる翻訳後修飾の機能 −コドンの読み取り速度を調節し、高品質タンパク質を合成する−(理研,2022/05/26) [NEW!] ※2022/06/22公開データ7f5s(下掲)

    リボソームタンパク質とmRNAの複合体7f5sのChain LB・L5(塩基番号1590〜1600のみ)
    7f5sのChain LB・L5の塩基番号1590〜1600(リボソームタンパク質とmRNAの複合体)  残基番号245・塩基番号1595の番号表示/空間充填

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    リボソームタンパク質とmRNAの複合体7f5sChain LB・L5(塩基番号1590〜1600のみ);His245・G1595については理研プレスリリース図2参照


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Rapid biosensor development using plant hormone receptors as reprogrammable scaffolds(Nature Biotechnology,2022/06/20) [NEW!] ※2022/06/01公開7mwn(下掲)

    WIN 55,212-2が結合した植物ホルモン受容体7mwn
    7mwn(WIN 55,212-2が結合した植物ホルモン受容体) WI5(WIN 55,212-2)選択 同PDBsumデータ7mwnA_lp$
    5dj5のChain A(ストリゴラクトンGR24が結合した植物ホルモン受容体DWARF14) 同PDBsumデータ5dj5_GR2$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    WIN 55,212-2が結合した植物ホルモン受容体7mwnとそのPDBsumデータ(別研究の6pt0との比較 → GPCR


    ストリゴラクトンGR24が結合した植物ホルモン受容体DWARF14 5dj5のChain A


  3. Structural basis of ligand binding modes of human EAAT2(Nature Communications,2022/06/08) [NEW!] ※2022/06/22公開PDBデータ7xr4・7xr6(下掲)

    WAY-213613が結合したグルタミン酸トランスポーター2(EAAT2)7xr6のChain A
    Excitatory amino acid transporter 2 - WikipediaWAY-213,613 - Wikipedia
    7xr6のChain A(WAY-213613が結合したグルタミン酸トランスポーター2〈EAAT2〉) GJ0(WAY-213613)選択 同PDBsumデータ7xr6A_lp$
    7vr7(WAY-213613が結合したグルタミン酸トランスポーター2〈EAAT2〉) 同PDBsumデータ7vr7_GJ0$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    WAY-213613が結合したグルタミン酸トランスポーター2(EAAT2)7xr6のChain AとそのPDBsumデータ


    7vr7とそのPDBsumデータ


  4. 今月の分子 271: 非相同末端結合超複合体(Non-Homologous End Joining Supercomplexes)(PDBj,2022/07) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    Kuタンパク質(2本鎖切断DNA修復タンパク質;Ku70,Ku80)/DNA複合体1jey
    DNA repair - Wikipedia
    1jey(Kuタンパク質〈2本鎖切断DNA修復タンパク質;Ku70,Ku80〉/DNA複合体)
    7otw(AZD7648が結合したDNA依存性プロテインキナーゼ触媒サブユニットDNA-PKcs) 同PDBsumデータ7otw_MBW$ → 別トピック

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    Kuタンパク質(2本鎖切断DNA修復タンパク質;Ku70,Ku80)/DNA複合体1jey;右はPyMOLによる表示例


    AZD7648が結合したDNA依存性プロテインキナーゼ触媒サブユニットDNA-PKcs 7otwとそのPDBsumデータ(リガンドがそれぞれNU7441・ATPγS・wortmannin・M3814のデータとの比較)


  5. 病原菌はヘムを解毒して血中で増殖する −敗血症や髄膜炎の薬剤開発に貢献する膜タンパク質の解析−(ACS Medicinal Chemistry Letters,2022/06/28) [NEW!] ※2022/06/22公開7w78〜7urd(下掲)

    ABCトランスポーターHrtBA 7w7dのChain A-D
    7w7dのChain A-D(ABCトランスポーターHrtBA) HEM(ヘム)選択 同PDBsumデータ7w7dBD_lp$PDBsumデータ7w7bBD_lp$ PDBsumデータ7w7aBD_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヘムが結合したABCトランスポーターHrtBA 7w7dのChain A-DとそのPDBsumデータ(7w7b7w7aとの比較)


  6. 田中陵二 文・写真,「石は元素の案内人」(たくさんのふしぎ 2022年8月号),福音館書店(2022) [NEW!]

    塩化ナトリウムの結晶構造
    p.2・5・6・10・17・32ほか 塩化ナトリウム: 塩化ナトリウム(sodium chloride,NaCl)の結晶構造 | ダイヤモンド,石英(水晶),窒化ガリウム,塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示
    p.12 雪の結晶: 水(氷,雪)の結晶構造 水素結合着色表示
    p.12・14・17ほか 水晶(石英;二酸化ケイ素): 左水晶 右水晶 → 二酸化ケイ素の結晶構造 左水晶と右水晶のキラリティー
    p.13 グラファイト: グラファイト(graphite,黒鉛) → フラーレン
    p.17・24ほか 鉄: 鉄(体心立方格子) | 鉄(面心立方格子構造の結晶)
    p.19ほか 金: 金(Au) | 金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示
    p.27 銅: 銅(Cu)
    付録写真集から ダイヤモンド: ダイヤモンド(diamond,C)の結晶構造

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    左から 塩化ナトリウム(NaCl),金(Au),金・銀・銅の結晶構造同時表示


    28分子からなる氷構造(H2O)


    左水晶と右水晶(SiO2


    炭素(C)の同素体の例(ダイヤモンド,グラファイト,フラーレン,カーボンナノチューブの部分構造例)


    鉄(Fe)の体心立方格子と面心立方格子構造の結晶)


  7. Structures and mechanism of the plant PIN-FORMED auxin transporter(Nature,2022/06/29) [NEW!] ※2022/07/06公開7qp9・7qpa・7qpc(下掲)

    オーキシントランスポーター7qpcのChain A
    Auxin - WikipediaPIN proteins - Wikipedia
    7qpcのChain A(オーキシントランスポーター) E7O(ナプタラム)選択 同PDBsumデータ7qpcA_lp$PDBsumデータ7qpaA_lp(インドール-3-酢酸)$
    インドール-3-酢酸(indole-3-acetic acid,IAA;植物ホルモンのオーキシンの例)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]ナプタラム(naptalam)が結合したオーキシントランスポーター7qpcのChain AとそのPDBsumデータ(インドール-3-酢酸結合の7qpaとの比較)
    [右]植物ホルモンのオーキシンの例インドール-3-酢酸(indole-3-acetic acid;IAA)


  8. Serine hydroxymethyltransferase as a potential target of antibacterial agents acting synergistically with one-carbon metabolism-related inhibitors(Communications Biology,2022/06/23) [NEW!] ※2022/07/06公開7v3d(下掲)・7x5n・7x5o

    セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ(SHMT)7v3dのChain A
    Serine hydroxymethyltransferase - Wikipedia
    7v3dのChain A(セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ) 5M5((+)-SHIN-1)選択 同PDBsumデータ7v3dA_lp$PDBsumデータ7x5oB_lp(5-メチルテトラヒドロ葉酸)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    (+)-SHIN-1が結合したセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ(SHMT)7v3dのChain AとそのPDBsumデータ(5-メチルテトラヒドロ葉酸結合の7x5oとの比較)


  9. 2-Aminopyridines with a shortened amino sidechain as potent, selective, and highly permeable human neuronal nitric oxide synthase inhibitors(Bioorganic & Medicinal Chemistry,2022/07/01) [NEW!] ※2022/07/13公開7ts1〜7tsi・7tsk〜7tsp・7uam・7uan・7uao(下掲)・7us7・7us8

    一酸化窒素合成酵素7uaoのChain A・B
    Nitric oxide synthase - Wikipedia
    7uaoのChain A・B(一酸化窒素合成酵素) M5L(compound 20)選択 同PDBsumデータ7uao_M5L$  7uaoA_lp(LigPlot+による)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    一酸化窒素合成酵素7uaoのChain A・BとそのPDBsumデータ(LigPlot+によるものとの比較;I'/O'値は同じ)


  10. Allosteric role of a structural NADP+ molecule in glucose-6-phosphate dehydrogenase activity(PNAS,2022/03/20) [NEW!] ※2022/07/13公開7snf・7sng・7snh・7sni(下掲)

    グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ7sniのChain A
    Glucose-6-phosphate dehydrogenase - Wikipedia
    7sniのChain A(グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ) BG6(β-D-グルコース-6-リン酸)選択 同PDBsumデータ7sniA_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    β-D-グルコース-6-リン酸(G6P)とNADP+が結合したグルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ7sniのChain AとG6PのPDBsumデータ


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」