リボソームタンパク質とmRNAの複合体7f5sChain LB・L5（塩基番号1590〜1600のみ）；His245・G1595については理研プレスリリース図2参照

WIN 55,212-2が結合した植物ホルモン受容体7mwnとそのPDBsumデータ（別研究の6pt0との比較 → GPCR）

ストリゴラクトンGR24が結合した植物ホルモン受容体DWARF14 5dj5のChain A

WAY-213613が結合したグルタミン酸トランスポーター2（EAAT2）7xr6のChain AとそのPDBsumデータ

同7vr7とそのPDBsumデータ

    
Kuタンパク質（2本鎖切断DNA修復タンパク質；Ku70，Ku80）／DNA複合体1jey；右はPyMOLによる表示例

AZD7648が結合したDNA依存性プロテインキナーゼ触媒サブユニットDNA-PKcs 7otwとそのPDBsumデータ（リガンドがそれぞれNU7441・ATPγS・wortmannin・M3814のデータとの比較）

ヘムが結合したABCトランスポーターHrtBA 7w7dのChain A-DとそのPDBsumデータ（7w7b・7w7aとの比較）

グルコース8量体CI8が結合したABCトランスポーター9xf5とPDBsumデータ

塩化ナトリウムの結晶構造

p.2・5・6・10・17・32ほか 〈表紙・p.4ほか〉 塩化ナトリウム： 塩化ナトリウム（sodium chloride，NaCl）の結晶構造 ｜ ダイヤモンド，石英（水晶），窒化ガリウム，塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示 p.12 〈p.12〉 雪の結晶： 水（氷，雪）の結晶構造　水素結合着色表示 p.12・14・17ほか 〈p.12ほか〉 水晶（石英；二酸化ケイ素）： 左水晶　右水晶　→ 二酸化ケイ素の結晶構造　左水晶と右水晶のキラリティー p.13 グラファイト 〈p.13〉： グラファイト（graphite，黒鉛）　→ フラーレン p.17・24ほか 〈p17.ほか〉 鉄： 鉄（体心立方格子） ｜ 鉄（面心立方格子構造の結晶） p.19ほか 〈p.23・41ほか〉 金： 金（Au） ｜ 金（Au）・銀（Ag）・銅（Cu）の結晶構造同時表示 p.27 銅 〈p33.ほか〉： 銅（Cu） p.36 ビスマス 〈p40〉： → 参考：別トピック 〈p.34ほか〉 ヨウ素： → 参考：甲状腺ホルモンと受容体 〈p.45〉 水銀： → 参考：水銀Hgを含む生体分子のSITE例 〈p.45〉 銀： 銀（Ag） 〈裏表紙〉 北海道石： 北海道石の結晶成分ベンゾ[ghi]ペリレン（benzo[ghi]perylene） ｜ ベンゾ[ghi]ペリレン（benzo[ghi]perylene）とコロネン（coronene）の同時表示 ｜ ベンゾ[ghi]ペリレン，ダイヤモンド，グラファイトの同時表示 ‖ 炭素色を●に バックボーン　二次構造 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

    
左から 塩化ナトリウム（NaCl），金（Au），金・銀・銅の結晶構造同時表示

28分子からなる氷構造（H₂O）

左水晶と右水晶（SiO₂）

炭素（C）の同素体の例（ダイヤモンド，グラファイト，フラーレン，カーボンナノチューブの部分構造例）

鉄（Fe）の体心立方格子と面心立方格子構造の結晶）

  
［左］ベンゾ[ghi]ペリレン（benzo[ghi]perylene）　［右］同分子とコロネン（coronene）の同時表示（●は炭素）

  
ベンゾ[ghi]ペリレンとダイヤモンドとグラファイトの同時表示（アニメgifで●は炭素）およびその3Dプリンタ模型（スタジオミダス製作）

    
左から　日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2023での北海道石展示（上掲書著者の田中さんのご協力による），
同解説パネル，ベンゾ[ghi]ペリレン・コロネン・ピセンを含む展示鉱石
※日本コンピュータ化学会2023秋季年会一般公開イベント（2023/11/26，高松市 レクザムホール）でも展示させていただきました。　→ 会場写真

  
［左・中］ナプタラム（naptalam）が結合したオーキシントランスポーター7qpcのChain AとそのPDBsumデータ（インドール-3-酢酸結合の7qpaとの比較）
［右］植物ホルモンのオーキシンの例インドール-3-酢酸（indole-3-acetic acid；IAA）

(+)-SHIN-1が結合したセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ（SHMT）7v3dのChain AとそのPDBsumデータ（5-メチルテトラヒドロ葉酸結合の7x5oとの比較）

一酸化窒素合成酵素7uaoのChain A・BとそのPDBsumデータ（LigPlot⁺によるものとの比較；I'/O'値は同じ）

β-D-グルコース-6-リン酸（G6P）とNADP⁺が結合したグルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ7sniのChain AとG6PのPDBsumデータ