◆ Jmolで見るトピックス分子（19-5） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. Discovery of Novel Allosteric Inhibitors of Deoxyhypusine Synthase（Journal of Medicinal Chemistry，2020/03/06）　※2020/04/01公開データ6pgrを下掲（他に6p4v公開）

    PDBデータ 6pgrのChain A（阻害剤が結合したデオキシハイプシン合成酵素）
    ［Deoxyhypusine synthase - Wikipedia］
    		6pgrのChain A（阻害剤が結合したデオキシハイプシン合成酵素）　同PDBsumデータ6pgr_8XY$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤が結合したデオキシハイプシン合成酵素6pgrのChain AとそのPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 抗肥満薬が黄色ブドウ球菌の病原因子を阻害するメカニズムを解明（京都大学，2020/03/31）　※2020/04/08新規公開データ6ksmを以下に（他に6ksi・6ksl公開）

    PDBデータ 6ksmのChain A（阻害剤オルリスタットが結合したリパーゼ）
    ［Lipase - Wikipedia，Orlistat - Wikipedia］
    		6ksmのChain A（阻害剤オルリスタットが結合したリパーゼ）　DH9（オルリスタット開環体）選択　同PDBsumデータ6ksm_DH9$
    オルリスタット（orlistat）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左・中］阻害剤オルリスタット（β-ラクトン開環体）が結合したリパーゼ6ksmのChain AとそのPDBsumデータ　［右］オルリスタット（orlistat）

  3. 人類の悩みのタネ、歯周病 病原細菌の付着装置を詳しく知る（沖縄科学技術大学院大学，2020/04/14）　※2020/04/15新規公開データ6kmfを以下に（他に6jzk・6jzj公開）

    PDBデータ 6kmf（ジンジバリス菌線毛のFimAピリンの重合体）
    ［Porphyromonas gingivalis - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ジンジバリス菌（歯周病 病原細菌）線毛のFimAピリンの重合体6kmf

  4. 構造生物学：排出輸送体で結核菌に運び込む（Nature ハイライト，2020/04/16）　※下記2研究紹介。“ビタミンB12のような親水性化合物を取り込むABC輸送体であるRv1819cの構造”および“シデロフォア（細菌が作る鉄キレート化合物）を取り込むIrtAB4の構造”。

    PDBデータ 6tqf（AMP-PNPが結合したABC輸送体Rv1819c）
    ［ATP-binding cassette transporter - Wikipedia］
    		6tqf（AMP-PNPが結合したABC輸送体Rv1819c）　ANP（AMP-PNP）選択　同PDBsumデータ6tqf_ANP$　［KEGG T00015: Rv1819c，Phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester - PubChem（AMP-PNP）］
    6tej（Syb_NL5が結合したABC輸送体IrtAB）　同PDBsumデータ6tej_DMU$［Siderophore - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］AMP-PNPが結合したABC輸送体Rv1819c 6tqfとそのPDBsumデータ　［右］Syb_NL5が結合したABC輸送体IrtAB 6tejとそのPDBsumデータ

  5. An engineered PET depolymerase to break down and recycle plastic bottles（Nature，2020/04/08）　※2020/04/22公開PDBデータ6ths（下掲）・6tht

    PDBデータ 6ths（PETヒドロラーゼ；S165A変異体）
    ［PETase - Wikipedia］
    		6ths（PETヒドロラーゼ；S165A変異体）　Ala165（変異部分）選択　243Phe・238Asp・283Ser・127Tyr（論文中の“F243I/D238C/S283C/Y127G”参）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    PETヒドロラーゼ（S165A変異体）6ths

  6. 銅アミン酸化酵素の中性子結晶構造解析に成功　―宙に浮いているようにみえる水素イオンなど初めて解明（茨城大学，2020/04/28）　※2020/04/29公開PDBデータ6l9c

    PDBデータ 6l9c（銅アミン酸化酵素）
    ［Amine oxidase (copper-containing) - Wikipedia，Topaquinone - Wikipedia］
    		6l9c（銅アミン酸化酵素）　リガンドASA・E9C・TPQ（トパキノン）選択　TPQ（トパキノン）選択　"宙に浮いた"プロトン選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    銅アミン酸化酵素6l9cとその"宙に浮いた"プロトン周辺の拡大図

  7. Structural basis for selectivity in a highly reducing type II polyketide synthase（Nature Chemical Biology，2020/05/04）　※2020/05/06公開PDBデータ6kxf

    PDBデータ 6kxf（II型ポリケタイド合成酵素〈II型ポリケチド合成酵素〉）
    ［Polyketide synthase - Wikipedia］
    		6kxf（II型ポリケタイド合成酵素〈II型ポリケチド合成酵素〉）　同PDBsumデータ6kxf_DYF$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    II型ポリケタイド（ポリケチド）合成酵素6kxfとそのPDBsumデータ

  8. A common allosteric mechanism regulates homeostatic inactivation of auxin and gibberellin（Nature Communications，2020/05/01）　※2020/05/13公開PDBデータ6ku3（下掲）・6kun

    PDBデータ 6ku3のChain A（ジベレリン2-オキシダーゼ3〈GA2ox3〉）
    ［Gibberellin - Wikipedia］
    		6ku3のChain A（ジベレリン2-オキシダーゼ3〈GA2ox3〉）　GA4（ジベレリンA4）選択　同PDBsumデータ6ku3_GA4[401(B)]$
    7ekd（ジベレリン2-オキシダーゼ3〈GA2ox3〉）　J5X（ジベレリンA9）選択　同PDBsumデータ7ekd_J5X$
    ジベレリンA4（gibberellin A4）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ジベレリンA4が結合したジベレリン2-オキシダーゼ3（GA2ox3）6ku3のChain AとそのPDBsumデータ（こちらはChain Bから）
    ［右］同7ekd（ジベレリンA9結合）とそのPDBsumデータ

  9. 構造生物学：DGAT1の機能についての構造的手掛かり（Nature ハイライト，2020/05/2）　※以下2報紹介

    PDBデータ 6vp0のChain C（オレオイル-CoAが結合したジアシルグリセロールO-アシルトランスフェラーゼ1〈DGAT1〉）
    ［DGAT1 - Wikipedia］
    		6vp0のChain C（オレオイル-CoAが結合したジアシルグリセロールO-アシルトランスフェラーゼ1〈DGAT1〉）　3VV（オレオイル-CoA）選択　同PDBsumデータ6vp0_3VV$
    ※列挙研究のPDBsumデータ： PDBsumデータ6vz1_3VV$
    ※別研究のデータ： 8esmのChain A（阻害剤T863が結合したDGAT1）　同PDBsumデータ8esm_WS0$ ｜ PDBsumデータ8etm_WTT（阻害剤DGAT1IN1）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    オレオイル-CoAが結合したジアシルグリセロールO-アシルトランスフェラーゼ1（DGAT1）6vp0のChain CとそのPDBsumデータ（別研究の6vz1との比較）

      
    阻害剤T863が結合したDGAT1 8esmのChain AとそのPDBsumデータ（阻害剤DGAT1IN1結合の8etmとの比較）

  10. 構造生物学：ACAT1の構造と機能の特徴（Nature ハイライト，2020/05/2）　※以下2報紹介

    PDBデータ 6vumのChain A・B（アシルCoA：コレステロールO-アシルトランスフェラーゼ1〈ACAT1〉）
    ［ACAT1 - Wikipedia］
    		6vumのChain A・B（アシルCoA：コレステロールO-アシルトランスフェラーゼ1〈ACAT1〉）　3VV（オレオイル-CoA）選択　COA（CoA）選択　ROV（阻害剤nevanimibe）選択　CLR（コレステロール）選択　同PDBsumデータ6vum_3VV[702(B)]（nevanimibe含む）$　同PDBsumデータ6vum_ROV（CoA含む）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    オレオイル-CoA，CoA，阻害剤nevanimibeなどが結合したアシルCoA：コレステロールO-アシルトランスフェラーゼ1（ACAT1）6vumのChain A・BとそのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」