◆ Jmolで見るトピックス分子(10-5) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。


  1. 構造生物学: 糖尿病治療薬の標的であるGPR40の構造(Nature ハイライト,2014/09/04)

    PDBデータ 4phu(GPCR;アゴニストTAK-875が結合したヒトGPR40)

    4phu(ヒトGPR40;アゴニストTAK-875が結合) 2YB(TAK-875)選択 同PDBsumデータ 4phu_2YB$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    アゴニストTAK-875が結合したヒトGPR40のPDBデータ例4phu


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 今月の分子 No.177: アポトソーム(Apoptosomes)(PDBj,2014/09)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3j2t(ヒトのアポトソーム)
    Apoptosome - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヒトのアポトソームのPDBデータ例3j2t


  3. くも膜下出血の薬が水俣病に有効か(佐賀新聞,2014/09/08) ※ROCK(Rho関連キナーゼ)阻害剤の例2種とそれらを含むPDBデータ例を以下に

    Y-27632(ROCK阻害剤)
    Rho-associated protein kinase - WikipediaY-27632 - WikipediaFasudil - Wikipedia

    Y-27632(ROCK阻害剤)
    ファスジル(fasudil;ROCK阻害剤)
    参考(Y-27632結合Rho関連キナーゼ2の例):2h9v 同PDBsumデータ 2h9v_Y27$
    参考(ファスジル結合Rho関連キナーゼ2の例):2f2u 同PDBsumデータ 2f2u_M77$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  4. RCSB PDB 2014/09/10 新規公開データより:4prq CRYSTAL STRUCTURE OF HEN EGG-WHITE LYSOZYME IN COMPLEX WITH SCLX4 AT 1.72 A RESOLUTION ※同日公開の4n0kもSCLX4(スルホナートカリックス[4]アレーン)結合。

    PDBデータ 4prq(卵白リゾチーム;スルホナートカリックス[4]アレーンが結合)
    Calixarene - Wikipedia

    4prq(スルホナートカリックス[4]アレーン〈SCLX4〉が結合した卵白リゾチーム) T3Y(SCLX4)選択
    ※以下“カリックスアレーン”関連データ
    カリックス[4]アレーン(calix[4]arene) | カリックス[4]アレーン + C60 ※空孔が小さいために包接されていない。
    カリックス[6]アレーン(calix[6]arene) | カリックス[6]アレーン + C60
    チアカリックス[4]アレーン(thiacalix[4]arene) | チアカリックス[4]アレーン + 1,2-ジクロロエタン

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4prq_T3Y(201) I'/O'=1.150
    リガンド選択 T3Y(SCLX4)選択
    球棒 スティック 
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    4prq_T3Y(202) I'/O'=1.459
    リガンド選択 T3Y(SCLX4)選択
    球棒 スティック 
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    4prq_T3Y(203) I'/O'=2.068
    リガンド選択 T3Y(SCLX4)選択
    球棒 スティック 
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 



    カリックス[n]アレーン(左)とチアカリックス[n]アレーン(右;SをSO2やSOにする場合もある).Rtert- ブチル基またはtert- オクチル基など.



    カリックス[6]アレーン + C60
    カリックスアレーンとチアカリックスアレーン(Chime版)で作成



    同3Dクリスタル(作:函館高専・長尾輝夫先生 → 参考情報


  5. 坂井直樹・田中 勲,『物質科学を変えた結晶学(8) タンパク質結晶学と創薬』,現代化学,2014年9月号 ※抗HCV(C型肝炎ウイルス)薬の例とPDBデータ例を以下に

    PDBデータ 3sudのChain A(C型肝炎ウイルス〈HCV〉由来のプロテアーゼNS3/4A;阻害剤MK-5172が結合)
    Hepatitis C virus - Wikipedia

    3sudのChain A(阻害剤MK-5172が結合したHCV由来のプロテアーゼNS3/4A;) SUE(MK-5172)選択 同PDBsumデータ 3sud_SUE$
    テラプレビル(telaprevir;NS3/4Aプロテアーゼ阻害剤)
    ソフォスブビル(sofosbuvir;NS5Bポリメラーゼ阻害剤)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  6. Glycopedia | 記事例:Three-Dimensional Structural Aspects of Protein-Polysaccharide Interactions(2014/03/14) ※画像該当データ3wbdを以下に

    PDBデータ 3wbd(抗ポリシアル酸抗体の単鎖FvフラグメントmAb735;オクタシアル酸結合)

    3wbd 同PDBsumデータ 3wbd_SIA(8mer)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色: GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  7. RCSB PDB 2014/09/17 新規公開データより:4u5j C-Src in complex with Ruxolitinib

    PDBデータ 4u5jのChain A(ルキソリチニブ〈ruxolitinib〉が結合した がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src)
    Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src - WikipediaRuxolitinib - Wikipedia

    4u5jのChain A(がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src;ルキソリチニブ〈ruxolitinib〉が結合) 同PDBsumデータ4u5j_RXT$
    ルキソリチニブ(ruxolitinib)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色: GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  8. スタチンが軟骨無形成症の病態を回復 〜疾患特異的iPS細胞モデルによるドラッグ・リポジショニングの可能性〜(京都大学 iPS細胞研究所 CiRA,2014/09/18)

    ロスバスタチン(rosuvastatin)
    Statin - WikipediaRosuvastatin - Wikipedia

    ロスバスタチン(rosuvastatin) | ロバスタチン(lovastatin) | アトルバスタチン,プラバスタチン,メバスタチン,ロスバスタチン,ロバスタチンの同時表示(上から順に)
    参考:コレステロール
    参考(ロスバスタチンが結合したPDBデータ):1hwl(HMG-CoAレダクターゼ ) FBI(ロスバスタチン)選択 同PDBsumデータ1hwl_FBI$( 2(A),4(C),3(D)のうち 2(A) → こちらにに 2(A)・3(D) を並べて表示)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」
    によるアトルバスタチン,プラバスタチン,メバスタチン,ロスバスタチン,ロバスタチンの同時表示(上から順に)


  9. まつ毛フサフサ?国内初の薬 緑内障治療薬で「副作用」(朝日,2014/09/21) ※ビマトプロスト(bimatoprost;製品名「グラッシュビスタ」)を以下に

    ビマトプロスト(bimatoprost)
    Bimatoprost - Wikipedia

    ビマトプロスト(bimatoprost)
    参考(ビマトプロスト結合PDBデータ例):2f38(プロスタグランジンF合成酵素) 同PDBsumデータ 2f38_15M(NADP結合)$ 15M(ビマトプロスト)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  10. Facebookタイムライン画像(PDBe,2014/09/21)Acetylcholinesterase: A gorge-ous enzyme(PDBe)

    PDBデータ 1w6r(阻害剤ガランタミン〈galantamine,galanthamine〉が結合したアセチルコリンエステラーゼ)
    Acetylcholinesterase - WikipediaAcetylcholinesterase inhibitor - Wikipedia

    大量破壊兵器
    サリン(sarin) ‖ 2y2vのChain A#(マウスのアセチルコリンエステラーゼ;サリンが結合) SGB選択
    医薬(アルツハイマー病治療薬など)
    フプリンX(huprine X) ‖ 1e66#(ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ;フプリンXが結合) HUX(フプリンX)選択 同PDBsumデータ1e66_HUX$
    ヒューペルジンA(フペルジンA,huperzine A) ‖ 1vot(ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ;フプリンXが結合) 同PDBsumデータ1vot_HUP$
    ガランタミン(galantamine,galanthamine) ‖ 1w6r#(ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ;ガランタミンが結合) GNT(ガランタミン)選択 同PDBsumデータ1w6r_GNT$
    (今後適宜追加;アルツハイマー病治療薬も参照)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色: GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」