◆ Jmolで見るトピックス分子（13-1） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. 新刊：草野真一，「SNSって面白いの? 何が便利で、何が怖いのか」，講談社ブルーバックス(2015)　※『5-2　シニア世代にこそ、SNSでもっと発信してほしい』（pp.233-245）で本サイトやサイエンスカフェにいがたを紹介していただきました。p.234のecosci.jpサイト画像中のデータを以下に。

      
    ブルーバックス「SNSって面白いの? 何が便利で、何が怖いのか」と同書p.234に掲載のecosci.jp画像

    PDBデータ 3arcのChain A（光合成光化学反応中心 光化学系II関連；Mn4CaO5クラスター含む）
    → 光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例　※現在3arcは3wu2に更新

    		3arcのChain A（Thermosynechococcus vulcanusの光化学系II；現在3arcは3wu2に更新）　同PDBsumデータ 3arc_OEX（Mn4CaO5クラスター；水4分子追加）*$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    Mn4CaO5クラスター選択　クロロフィルa（CLA）選択
    （一方のMn4CaO5クラスターの近傍4分子のみ）
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. レゴ、ブロック素材を生物由来に変更へ−2030年までに（WSJ，2015/07/13）

    ABS樹脂（ポリアクリロニトリル，ポリブタジエン，ポリスチレンの繰り返し単位；左から）
    ［Acrylonitrile butadiene styrene - Wikipedia］

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 ABS樹脂（ポリアクリロニトリル，ポリブタジエン，ポリスチレンの繰り返し単位）
    ※参考（生分解性プラスチックの例）：ポリ-L-乳酸 PLLA（ポリ乳酸の一種）


    ABS樹脂の3種類の繰り返し単位

  3. RCSB PDB 2015/07/15 新規公開データより：4y04 Crystal structure of dipeptidyl peptidase 11 (DPP11) from Porphyromonas gingivalis (Space)　※他に4xzy・4y01・4y02・4y06（DAP BII）公開。

    PDBデータ 4y04（歯周病原因菌由来のジペプチジルアミノペプチダーゼ DPP11）
    ［Dipeptidyl peptidase - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ジペプチジルアミノペプチダーゼDPP11の全体構造4y04

  4. RCSB PDB 2015/07/29 新規公開データより：4zwj Crystal structure of rhodopsin bound to arrestin by femtosecond X-ray laser

    PDBデータ 4zwjのChain A（ロドプシンとS-アレスチンのキメラタンパク質；フェムト秒X線レーザーによる）
    ［Rhodopsin - Wikipedia，S-Arrestin - Wikipedia］

    		4zwjのChain A（ロドプシンとS-アレスチンのキメラタンパク質；フェムト秒X線レーザーによる）
    9dnmのChain A（低分子阻害剤が結合したβ-アレスチン）　同PDBsumデータ9dnm_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ロドプシンとS-アレスチンのキメラタンパク質4zwjのChain A（フェムト秒X線レーザーによる）


    低分子阻害剤オリドニン（oridonin，NSC-250682）が結合したβ-アレスチン9dnmのChain AとPDBsumデータ

  5. 今月の分子 188: テトラヒドロビオプテリンの生合成（Tetrahydrobiopterin Biosynthesis）（PDBj，2015/08） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※紹介データの中から“セピアプテリン還元酵素 (sepiapterin reductase、 SR 、PDBエントリー 1sep )”を以下に。

    PDBデータ 1sep（セピアプテリン還元酵素；ビオプテリンとNADPが結合）
    ［Sepiapterin reductase - Wikipedia，Biopterin - Wikipedia，Tetrahydrobiopterin - Wikipedia］

    		1sep（セピアプテリン還元酵素）　同PDBsumデータ1sep_BIO$　BIO（ビオプテリン）選択
    テトラヒドロビオプテリン（tetrahydrobiopterin）
    ビオプテリン（biopterin；異性体あり）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ ビオプテリン（biopterin）とNADPが結合したセピアプテリン還元酵素1sepのPDBsumデータ
    ［右］ テトラヒドロビオプテリン（tetrahydrobiopterin）とビオプテリン（biopterin；異性体あり）

  6. RCSB PDB 2015/08/05 新規公開データより：5c1m Crystal structure of active mu-opioid receptor bound to the agonist BU72

    PDBデータ 5c1m（アゴニストBU72が結合したμオピオイド受容体）
    ［mu Opioid receptor - Wikipedia］

    		5c1m（μオピオイド受容体）　同PDBsumデータ5c1m_4VO$　4VO（アゴニストBU72）選択
    ※参考（別のμオピオイド受容体構造例）：4dkl*（モルフィナン系アンタゴニストが結合したμオピオイド受容体）　同PDBsumデータ4dkl_BF0$　BF0（アンタゴニスト）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　（*印のみ）　HB選択（$印のみ）
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    アゴニストBU72が結合したμオピオイド受容体5c1m（左）とそのPDBsumデータ（右；モルフィナン系アンタゴニスト結合4dklとの比較）

  7. 構造生物学： 多剤耐性の構造基盤（Nature ハイライト，2015/08/06）　※PDB 2015/07/29公開データ4yg1・4yg4・4yg7（下掲）
    PDBデータ 4yg7（DNAとセリンプロテインキナーゼHipA-HipB複合体）
    ［Serine/threonine-specific protein kinase - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    DNA/RNA選択　同backbone選択
    D・K鎖（HipA）選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    DNAとセリンプロテインキナーゼHipA-HipB複合体4yg7

  8. 3NOPが牛のげっぷ中のメタンを3割減らす　飼料に混ぜて温暖化抑止？（ナショナル ジオグラフィック，2015/08/10）

    3-ニトロオキシプロパノール（3-nitrooxypropanol，3NOP）

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 3-ニトロオキシプロパノール（3NOP）
    ※参考（メタンほか温室効果ガスの例）：京都議定書で削減対象となったガス6種の同時表示


    3-ニトロオキシプロパノール（3-nitrooxypropanol，3NOP）

  9. RCSB PDB 2015/08/12 新規公開データより：5cgd Structure of the human class C GPCR metabotropic glutamate receptor 5 transmembrane domain in complex with the negative allosteric modulator 3-chloro-5-[6-(5-fluoropyridin-2-yl)pyrimidin-4-yl]benzonitrile - (HTL14242)　※他に5cgc公開。

    PDBデータ 5cgd（アロステリック抑制剤HTL14242が結合した代謝型グルタミン酸受容体5）
    ［Metabotropic glutamate receptor，Class C GPCR - Wikipedia，Metabotropic glutamate receptor 5 - Wikipedia，Allosteric modulator - Wikipedia］

    		5cgd（代謝型グルタミン酸受容体5）　51E（HTL14242）選択　同PDBsumデータ5cgd_51E$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アロステリック抑制剤HTL14242が結合した代謝型グルタミン酸受容体5 5cgdとそのPDBsumデータ

  10. iPad/iPhoneアプリ： Viva il DNA　→ 解説サイト Viva il DNA　※アプリで出題される分子の一部を以下に。

    PDBデータ 1d66のChain D・E（DNAの部分構造例）

    		1d66のChain D・E（DNAの部分構造例）
    タンパク質中の20種類のアミノ酸の同時表示
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone；本サイト着色）
    DNA/RNA（ATGC，backbone；Viva il DNAサイト風着色）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    DNA/RNA選択　同backbone選択
     空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    DNAの部分構造例1d66のChain D・E（Viva il DNAサイト風着色；ATGC）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」