◆ Jmolで見るトピックス分子(18-4) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. 植物ホルモンの生合成の鍵となる酵素の立体構造を解明(神戸大学,2019/06/11) ※2019/06/12公開6a15・6a16(下掲)・6a17・6a18。

    PDBデータ 6a16(ウニコナゾールが結合したシトクロムP450,CYP90B1)
    Cytochrome P450 - WikipediaUniconazole - Wikipedia
    6a16(ウニコナゾールが結合したシトクロムP450,CYP90B1) UCZ(ウニコナゾール)選択 同PDBsumデータ6a16_HEM-UCZ(ウニコナゾールにH原子追加)$
    ※参考: → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 ヘム選択 Fe選択
    GADV仮説4アミノ酸(Val・Ala・Gly・Asp)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ウニコナゾール(uniconazole)が結合したシトクロムP450,CYP90B1 6a16 およびそのPDBsumデータ(ウニコナゾールにH原子追加)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 同じ折りたたみ構造を持つシトクロムタンパク質が、2種類の機能を持つための分子メカニズムを解明(広島大学,2019/06/11) ※2019/03/20公開データ6hih・6hiu

    PDBデータ 6hihのChain A(シトクロムc′-β)
    Cytochrome c - Wikipedia
    6hihのChain A(シトクロムc′-β) His123選択 同PDBsumデータ6hih_HEC[203(A)]$
    6hiuのChain A(シトクロムP460) His144選択 同PDBsumデータ6hiu_HEC[201(B)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 ヘムc選択 Fe選択
    GADV仮説4アミノ酸(Val・Ala・Gly・Asp)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    シトクロムc'6hihとシトクロムP460 6hiu(何れもChain A),およびそれぞれのPDBsumデータ


    PyMOLによる6hih6hiu(何れもChain A)の重ね合わせデータの回転アニメgif

    シトクロムc'6hih とシトクロムP460 6hiu のアミノ酸配列(何れもChain A;I/O値順着色) ※6hihHis1236hiuHis144赤字表示
    1-50 シトクロムc'-β     Thr Lys Val Lys Tyr Pro Asp Gly Phe Arg Ser Trp Tyr His Val Lys Ser Met Val Ile Gln Pro Gly His Pro Leu Glu Asn Pro Phe Gly Gly Ile His His Val Tyr Ala Asn Ala Glu Ala Ile Gln Gly Leu Arg Gly
    シトクロムP460 Met Arg Lys Leu Ala Ile Ala Leu Leu Phe Pro Ala Ala Ala Val Leu Ala Glu Pro Ala Ala Ala Pro Asn Gly Ile Ser Leu Pro Ala Gly Tyr Lys Asp Trp Lys Met Ile Gly Val Ser Ser Arg Ile Glu Gln Asn Asn Leu Arg
    51-100 シトクロムc'-β Gly Asn Tyr Pro Asp Gly Ala Val Leu Val Phe Asp Leu Phe Asp Tyr Gln Glu Asp Asn His Ala Leu Val Glu Gly Lys Arg Lys Leu Ile Gly Val Met Glu Arg Asp Ala Lys Arg Phe Ser Ala Thr Gly Gly Trp Gly Tyr Glu
    シトクロムP460 Ala Ile Leu Gly Asn Asp Ile Ala Val Lys Ala Ala Arg Glu Gly Arg Thr His Pro Trp Pro Asp Gly Ala Ile Leu Val Lys Leu Ser Trp Lys Lys Ser Thr His Glu Leu Phe Pro Ser Ala Glu Val Pro Gly Asp Phe Thr Gln
    101-150 シトクロムc'-β Gly Phe Gly Glu Gly Lys Pro Asp Lys Arg Leu Val Thr Asp Gly Gly Gln Gly Cys Phe Gly Cys His Ala Ala Gln Lys Glu Ser Gln Tyr Val Phe Ser Arg Leu Arg Asp
    シトクロムP460 Ala Asp Phe Met Val Lys Asp Ala Ala Lys Tyr Ala Ser Thr Gly Gly Trp Gly Tyr Ala Arg Trp Leu Gly Met Glu Gln Lys Pro Tyr Gly Ala Asn Ala Asp Phe Ala Gln Glu Cys Met Gly Cys His Ser Gly Ala Lys Ala Ala
    151- シトクロムc'-β
    シトクロムP460 Asp Tyr Val Phe Thr His Pro Ala Lys Leu Pro


  3. RCSB PDB 2019/06/19新規公開データより:6o7s Nitrogenase MoFeP mutant S188A from Azotobacter vinelandii in the indigo carmine oxidized state

    PDBデータ 6o7sのChain A・B(ニトロゲナーゼ;モリブデン鉄タンパク質)
    Nitrogenase - Wikipedia
    6o7sのChain A・B(ニトロゲナーゼ) LPJ(Fe(6)-S(7)クラスター)選択 ICS(Fe-S-Moクラスター)選択 同PDBsumデータ6o7s_LPJ$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    GADV仮説4アミノ酸(Val・Ala・Gly・Asp)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左・中]Fe(6)-S(7)クラスター・Fe-S-Moクラスターを含むニトロゲナーゼ 6o7sのChain A・BおよびFe(6)-S(7)クラスターのPDBsumデータ
    [右]同データのGADV仮説4アミノ酸(Val・Ala・Gly・Asp)強調表示


  4. 書籍紹介:日本環境化学会 著・編,「地球をめぐる不都合な物質 拡散する化学物質がもたらすもの」,講談社ブルーバックス(2019) ※一部化合物等の分子モデルを以下に。

        


    シトクロムP450構造例2hi4とその2hi4

    初期表示はPDBデータ 2hi4(シトクロムP450構造例,P450 1A2)
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    GADV仮説4アミノ酸(Val・Ala・Gly・Asp)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 
    p.15ほか DDT:p,p'-DDT o,p'-DDT
    p.15・74ほか ポリ塩化ビフェニル(PCB)/p.28 ダイオキシン様PCB(コプラナーPCB):3,3',4,4',5-PeCB(コプラナーPCBの例) → ダイオキシン類
    p.16・7・801ほか ポリ臭化ジフェニルエーテル(PBDE):デカブロモジフェニルエーテル(DBDE〈p.71〉;PBDEの例) → はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性(PFOS類,PBDE類,HBCD,リン系難燃剤)
    p.28ほか PCDD:2,3,7,8-TCDD(PCDDの例) → ダイオキシン類
    p.28ほか PCDF:2,3,7,8-TCDF(PCDFの例〈p.204ほか〉) → ダイオキシン類
    p.33・72ほか HCH:HCH(リンデン,リンダン,lindane,γ-BHC) → 新規POPs
    p.34 クロルデン(CHL):trans-クロルデン cis-クロルデン → 環境ホルモン例
    p.36 PCP:PCP(ペンタクロロフェノール) → 環境ホルモン例
    p.36 CNP:CNP(クロルニトロフェン) → 農薬分子データ集
    p.70ほか ノニルフェノール:4-ノニルフェノール(p-ノニルフェノール)〔分岐型の例〕 同〔直鎖〕 → 環境ホルモン例
    p.90・123・167ほか メチル水銀:塩化メチル水銀 → 水俣病水銀Hgを含む生体分子のSITE例
    p.149・204 ベンゾ[a]ピレン:ベンゾ[a]ピレン ※参考 代謝物 benzo[a]pyrene diol epoxide の例 → 環境ホルモン例発がん性化合物と生体分子
    p.168 アミノ酸/システイン/メチオニン:  → アミノ酸
    p.172ほか DHA(ドコサヘキサエン酸)/p.185ほか EPA(エイコサペンタエン酸):DHA EPA → 有機化合物の名前・基礎の基礎
    p.192 ドーパミン:ドーパミン(ドパミン) → 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.195 フタル酸ジエチルヘキシル:フタル酸ジエチルヘキシル → 環境ホルモン例
    p.195 ホルムアルデヒド:ホルムアルデヒド → 化学物質過敏症情報
    p.205・222ほか CYP1A/シトクロムP450:2hi4(シトクロムP450構造例,P450 1A2) BHF(2-phenyl-4H-benzo[h]chromen-4-one)選択 同2hi42hi4_BHF$ → P450データ集メニュー ※参考 バイオレメディエーション
    p.220 イベルメクチン:イベルメクチンB1a → 別トピック
    p.233 ワルファリン(ワーファリン):R-ワルファリン S-ワルファリン → 別トピック
    p.233 ビタミンK:ビタミンK2の例(メナキノン-6) → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン


  5. 今月の分子 235: AMPA受容体(AMPA Receptor)(PDBj,2019/07)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3kg2(アンタゴニストZK200775〈ファナパネル,fanapanel〉が結合したAMPA受容体)
    Ionotropic glutamate receptor - WikipediaAMPA receptor - Wikipedia
    3kg2(競合的アンタゴニストZK200775が結合したAMPA受容体) ZK1(ZK200775)選択 同PDBsumデータ3kg2_ZK1$ [Fanapanel - Wikipedia
    ※他のAMPA受容体の例
    7lde(競合的アンタゴニストZK200775ほかが結合したAMPA受容体) ZK1(ZK200775)選択 XVD選択 同PDBsumデータ7lde_ZK1[901(A)]$ 同PDBsumデータ7lde_XVD$
    7rz5のChain A(ZK200775ほかが結合したAMPA受容体のLBD-TMD部分) ZK1(ZK200775)選択 同PDBsumデータ7rz5_ZK1[1101(A)]$
    7oce(競合的アンタゴニストNBQXが結合したAMPA受容体) E2Q(NBQX)選択 同PDBsumデータ7oce_E2Q[901(A)]$ [NBQX - Wikipedia
    同PDBsumデータ1ftm_AMQ$ [AMPA - Wikipedia
    5jei(5-フルオロウィラルジインが結合したAMPA受容体) FWD(5-フルオロウィラルジイン)選択 同PDBsumデータ5jei_FWD
    1ftmのChain A(AMPAが結合したAMPA受容体) AMQ(AMPA)選択 
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    GADV仮説4アミノ酸(Val・Ala・Gly・Asp)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]アンタゴニストZK200775(ファナパネル,fanapanel)が結合したAMPA受容体 3kg2 [右]同PDBsumデータ(他のAMPA受容体 1ftm5jeiとの比較)

      
    左から ZK200775ほか結合のAMPA受容体 7ldeとそのPDBsumデータ,ZK200775ほかが結合したAMPA受容体のLBD-TMD部分7rz5のChain AとそのPDBsumデータ


    NBQX結合のAMPA受容体 7oceとそのPDBsumデータ


  6. RCSB PDB 2019/07/03新規公開データより:6i62 Crystal structure of human ERRg LBD in complex with HPTE ※他に6i61(ビスフェノールB結合)・6i63(ビスフェノールA結合)・6i64(ビスフェノールE結合)・6i65・6i66・6i67公開

    PDBデータ 6i62(HPTEが結合したエストロゲン関連受容体γ)
    Estrogen-related receptor - Wikipedia
    6i62(HPTEが結合したエストロゲン関連受容体γ) 同PDBsumデータ6i62_27N$PDBsumデータ6i61_H3W(ビスフェノールB結合)$ PDBsumデータ6i63_2OH(ビスフェノールA結合)$ PDBsumデータ6i64_H48(ビスフェノールE結合)$ PDBsumデータ6i65_H3Z$ PDBsumデータ6i66_H4Q$ PDBsumデータ6i67_H42$
    ビスフェノールB(bisphenol B;6i61に結合) → 別トピック
    HPTE(p,p'-ヒドロキシ-DDT) → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    GADV仮説4アミノ酸(Val・Ala・Gly・Asp)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]HPTEが結合したエストロゲン関連受容体γ 6i62 [右]HPTE,ビスフェノールA・B・Eほかが結合したPDBsumデータ(下段右端は別トピック参照)


    既報参考データ:ビスフェノール類を含むPDBsumデータ例(別トピック


  7. RCSB PDB 2019/07/17新規公開データより:6a9o Rational discovery of a SOD1 tryptophan oxidation inhibitor with therapeutic potential for amyotrophic lateral sclerosis

    PDBデータ 6a9oのChain E・F(スーパーオキシドディスムターゼ [Cu-Zn])
    Amyotrophic lateral sclerosis - WikipediaSuperoxide dismutase - Wikipedia
    6a9oのChain E・F(スーパーオキシドディスムターゼ [Cu-Zn]) GVIGIAQセグメント選択
    ※他のスーパーオキシドディスムターゼ構造例:4nioの10量体(Chain A×10;スーパーオキシドディスムターゼのGVTGIAQセグメント)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    GADV仮説4アミノ酸(Val・Ala・Gly・Asp)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]スーパーオキシドディスムターゼ [Cu-Zn] 6a9oのChain E・F(スティック表示はGVIGIAQセグメント)
    [右]スーパーオキシドディスムターゼのGVTGIAQセグメント 4nioの10量体(Chain A×10;別トピック参照)


  8. 書籍紹介:板倉聖宣 著,さかたしげゆき イラスト,「もしも原子がみえたなら」,仮説社(2008) ※同書App Storeアプリ(600円)に登場する分子を以下に

    初期表示は水分子
    窒素 → 窒素から見る生命の世界
    酸素 → エネルギーを考える - 燃焼
    水 氷構造の例(n=28) → メタン,アンモニア,水
    二酸化炭素 → 二酸化炭素と水の分子振動気候変動と適応
    エタノール → アルコールとフェノール

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 


  9. 新刊:元村有希子,「カガク力を強くする!」,岩波ジュニア新書(2019) ※一部化合物等の分子モデルを以下に。

    初期表示20種類のアミノ酸(有機概念図I/O値順,pdb形式)
    p.iiiほか コラーゲン:1bkv(コラーゲンの部分構造例)* Gly選択 Pro選択 ヒドロキシPro選択 → コラーゲンの例
    p.iiiほか アミノ酸:アミノ酸20種全表示(有機概念図I/O値順,pdb形式) |
    p.14ほか DNA:1d66のChain D・E(DNAの部分構造例) | “四種類の物質”の構造 A-Tx2_G-Cx2 A-T_G-C(mol形式) → DNAとRNAのいろいろな姿
    p.15 BRCA1:1jm7(BRCA1タンパク質〈腫瘍抑制タンパク質の1種〉の構造例) [BRCA1 - Wikipedia
    p.18 HPV(ヒトパピローマウイルス):5w1o(ヒトパピローマウイルスHPV16のL1カプソメア) → 分子モデルで見るノーベル賞別トピック [Human papillomavirus infection - WikipediaHPV vaccine - Wikipedia
    p.27 インフルエンザ:オセルタミビル(商品名タミフル;抗インフルエンザ薬の例) → インフルエンザ情報
    p.39 HIV:1hxw(エイズ薬例リトナビルが結合したHIVプロテアーゼ構造例) → HIVとエイズ
    p.54 ピロリ菌:1ji4(ピロリ菌の好中球活性化タンパク質の構造例) → 分子モデルで見るノーベル賞
    p.101 ペニシリン:ペニシリンG(penicillin G) → 抗生物質分子データ集ペニシリンGを含む生体分子のSITE例
    p.127 ニトログリセリン:ニトログリセリン(nitroglycerin)
    p.168 グラフェン:グラフェン(graphene) → フラーレン
    p.174 メチル水銀:塩化メチル水銀(methylmercuric chloride) → 水銀Hgを含む生体分子のSITE例
    (2019/07/27本トピック作成開始;今後も追加します)

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 DNA/RNA(ATGCUbackbone) リガンド選択 (*印のみ)
    GADV仮説4アミノ酸(Val・Ala・Gly・Asp)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]タンパク質中の20種類のアミノ酸(有機概念図I/O値順) [右]コラーゲンの部分構造例1bkv:Gly :Pro :ヒドロキシPro


  10. RCSB PDB 2019/07/2新規公開データより:6np0 Cryo-EM structure of 5HT3A receptor in presence of granisetron

    PDBデータ 6np0(グラニセトロンが結合した5-HT3A受容体)
    5-HT3 receptor - WikipediaGranisetron - Wikipedia
    6np0(グラニセトロンが結合した5-HT3A受容体) CWB(グラニセトロン)選択
    ※他の5-HT3A受容体構造例など
    6dg8(セロトニンが結合した5-HT3A受容体) SRO(セロトニン)選択 同PDBsumデータ6dg8_SRO[501(A)]$PDBsumデータ6dg7_SRO[508(A)]$
    6hin(セロトニンが結合した5-HT3A受容体) 同PDBsumデータ6hin_SRO[506(A)]$PDBsumデータ6hio_SRO[506(A)]$ PDBsumデータ6hiq_SRO[506(A)]$ PDBsumデータ6his_TKT[508(A)](これのみトロピセトロン結合)$
    セロトニン(serotonin)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    GADV仮説4アミノ酸(Val・Ala・Gly・Asp)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]グラニセトロンが結合した5-HT3A受容体 6np0 [中・右]セロトニンが結合した5-HT3A受容体 6dg86hin別トピック


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