イタリア旅行（2017年）から

「大図鑑 コードの秘密」に出てくるキーワード関連化合物等：五十音順，最初に数字・アルファベット
初期表示は金の結晶構造（“錬金術”関連）

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　DNA/RNA選択　同backbone選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

DNA・RNA／遺伝暗号：DNA部分構造例1d66のChain D・E　DNA塩基対構造例（A-Tx2_G-Cx2） ‖ mRNA含む構造例1ml5のChain B・C [P-site tRNAPheとA- and P-site mRNA codons]　→ DNAとRNAのいろいろな姿 アミノ酸／タンパク質：アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式）　　→ アミノ酸 アンモニア：アンモニア（ammmonia） カカオ：(+)-カテキン（(+)-）；カカオに含まれるポリフェノールの例 カフェイン：カフェイン（caffeine） 金（錬金術／金鉱／金塊）：金（Au）の結晶構造　→ 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型 銀（銀塊）：銀（Ag）の結晶構造 言語：参考として言語遺伝子FOXP2関連タンパク質2a07（DNAに結合したフォークヘッドボックスタンパク質P2；上掲書には不出）　→ ヒトゲノムマップに見るタンパク質 コドン：mRNA（UUUUUUUUUUUU）；ニーレンバーグの実験　→ コドンと遺伝暗号表 塩：塩化ナトリウム（sodium chloride，NaCl）の結晶構造 酢：酢酸（ethanol）　→ 酢酸分子の形と軌道 ダイヤモンド：ダイヤモンド（diamond）の結晶構造 ディオニュソス（葡萄酒の神）：エタノール（ethanol）；酒の主成分　→ アルコールとフェノール ベンゼン：ベンゼン（benzene） 水：水（water）　氷構造の例（n=28） メタン：メタン（methane） （今後も適宜追加します）

    
［左］DNA部分構造例とそれを構成する4種類の塩基　→ DNAとRNAのいろいろな姿
［中］ダイヤモンド・金・食塩（塩化ナトリウム）などの結晶構造　→ 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型
［右］DNAに結合した言語関連遺伝子FOXP2のフォークヘッドドメインの構造2a07

ダロバクチン（darobactin）が結合したBAM（β-barrel assembly machinery）複合体構成要素BamA 7nreとそのPDBsumデータ（ドット表面表示がdarobactin）

    
［左］胎児ヘモグロビンHbF（1fdh）　→ PDBj今月の分子 257: 胎児ヘモグロビン
［中］成人のヘモグロビンHbA（1hho；α₂β₂）と胎児ヘモグロビンHbF（4mqj；α₂γ₂）の比較
［右］成人のヘモグロビンHbA 2hhb（α₂β₂）の川上モデル

  
［左］2,3-ビスホスホグリセリン酸（2,3-BPG）　［中・右］同分子結合ビスホスホグリセリン酸ムターゼ2h4zのChain AとそのPDBsumデータ

EVP-6124（encenicline；エンセニクリン）とPNU-120596が結合したヒトα7ニコチン性アセチルコリン受容体 7ekt

GAT107とエピバチジン（epibatidine）が結合したヒトα7ニコチン性アセチルコリン受容体 8v88のChain AとそのPDBsumデータ

ニコチンが結合したヒトα3β4ニコチン性アセチルコリン受容体6pv7のChain A-EとそのPDBsumデータ（AT-1001結合の6pv8との比較）

NNKが結合したP450 2A13 4ejhのChain AとそのPDBsumデータ

抗マラリア物質クラドスポリン（cladosporin）が結合した熱帯熱マラリア原虫のリシルtRNAシンターゼ4ycvのChain A・B

バックボーン　二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　（*印のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示　　 　　 背景・黒　灰　白　紺

I 青白い馬――ヘンドラ ヘンドラ関連PDBデータ例：6pdlのChain A・B（ヒトの受容体エフリンB2と結合したヘンドラウイルスG糖タンパク質）　［Hendra virus - Wikipedia］ II 一三頭のゴリラ――エボラ 関連PDBデータ例：3csy（ヒト由来抗体が結合したエボラウイルス糖タンパク質3量体）　→ 2014年にエボラ出血熱感染拡大　［Ebola - Wikipedia］ III あらゆるものはどこからかやって来る――マラリア 関連PDBデータ例：4ycvのChain A・B（抗マラリア物質クラドスポリン〈cladosporin〉が結合した熱帯熱マラリア原虫のリシルtRNAシンターゼ）　同PDBsumデータ4ycv_KRS$　→ 別トピック　［Malaria - Wikipedia］ IV ネズミ農場での夕食――SARS 関連PDBデータ例：1q2wのChain A（SARSコロナウイルスのプロテアーゼ）　→ SARSと抗ウイルス薬　［Severe acute respiratory syndrome - Wikipedia］ VII 天上の宿主――ニパ、マールブルグ 関連PDBデータ例：7f1mの6量体（Chain A・B×3＋RNA；マールブルグウイルス核タンパク質-RNA複合体）　→ 別トピック　［Marburg virus - Wikipedia］ ‖ 7ty0（中和抗体Fabフラグメントが結合したニパウイルス付着糖タンパク質）　Chain A-D（ニパウイルス付着糖タンパク質）選択　→ 別トピック　［Nipah virus - Wikipedia］ （他の章関連データは後日追加します） 補章　私たちがその流行をもたらした――新型コロナ 関連PDBデータ例：6lu7の4量体（Chain A・C×2；新型コロナウイルスSARS-CoV-2の主要プロテアーゼ）　Chain C選択 ｜ 6lu7（Chain A・C）　同PDBsumデータ6lu7_02J-ALA-VAL-LEU-PJE-010$　→ 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報　［Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 - Wikipedia］ （今後も適宜追加します）

ヒトの受容体エフリンB2と結合したヘンドラウイルスG糖タンパク質6pdlのChain A・B

ヒト由来抗体が結合したエボラウイルス糖タンパク質3量体3csy

抗マラリア物質クラドスポリン（cladosporin）が結合した熱帯熱マラリア原虫のリシルtRNAシンターゼ4ycvのChain A・BとそのPDBsumデータ

    
［左］新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7の4量体（Chain A・C×2）
［中・右］SARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7（Chain A・C）とSARSコロナウイルスのプロテアーゼ1q2wのChain Aの比較およびPyMOLによる両者の重ね合わせ画像

  
［左］マールブルグウイルス核タンパク質-RNA複合体7f1mの6量体（Chain A・B×3＋RNA）；らせん構造の一部
［右］中和抗体Fabフラグメントが結合したニパウイルス付着糖タンパク質7ty0（ドット表面表示のChain A-Dがニパウイルス由来）

一酸化窒素が結合したP450一酸化窒素還元酵素7dvoのChain AとそのPDBsumデータ

  
ヒトガスダーミンD 6vfe（α炭素のみ）と同Chain A全体構造

  
［左・中］デキサメタゾンが結合したグルココルチコイド受容体1m2zとそのPDBsumデータ　［右］デキサメタゾン（dexamethasone）

  
［左・中］ペプチジルアルギニンデイミナーゼ3（PAD3） 7d56のChain AとそのPDBsumデータ　［右］参考図：羊毛のキューティクル（クチクル；水色枠）

HIV-1ゲノムRNA（G1G）7dd4のModel 1