◆ GPCR(旧版;更新しません) ◆
新版

※初期表示はPDB 3SN6(β2アドレナリン受容体-Gsタンパク質複合体)
※初期着色:β2ARを特性基I/O値順 Gα Gβ Gγ 抗体Nb35 T4L
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※生体分子は4文字のID(3pqrなど)によりPDBで詳細を参照可能
Natureレビュー掲載図を参考に作成したページ
%GPCR Target (PSI GPCR Network)掲載PDBデータ(追加作業中)

●GPCR関連PDBデータ例
◆アドレナリン受容体関連
2rh1*%(アドレナリン受容体(β2AR);Kobilkaによる) リガンドCAU選択 PDBsumデータ(CAU)$
3sn6(β2アドレナリン受容体(β2AR)-Gsタンパク質複合体) PDBsumデータ(P0G)$
2vt4のChain A*(β1アドレナリン受容体(β1AR);シアノピンドロール結合)
2y00のChain A(β1アドレナリン受容体(β1AR); ドブタミン結合) Y00(ドブタミン)選択 PDBsumデータ(Y00)$
4gpoのChain A(β1アドレナリン受容体(β1AR))
4ldo*(アドレナリン受容体(β2AR);アドレナリンと抗体フラグメントが結合,Kobilkaらによる) ALE(アドレナリン)選択
◆アデノシン受容体関連
3eml%(アデノシンA2A受容体;アンタゴニストZM241385結合) PDBsumデータ(ZMA)$ [Adenosine receptor - Wikipedia
3pwh(アデノシンA2A受容体;アンタゴニストZM241385結合) PDBsumデータ(ZMA)$
3qak*%(アデノシンA2A受容体;アゴニストUK-432097結合) PDBsumデータ(UKA)$
3rfm(アデノシンA2A受容体;カフェイン結合) PDBsumデータ(CFF)$
3vg9(アデノシンA2A受容体と抗体フラグメントFabの複合体;アンタゴニストZM241385結合) PDBsumデータ(ZMA)$
◆ムスカリン性アセチルコリン受容体関連
3uon(ムスカリン性アセチルコリン受容体M2;アンタゴニストC21H23NO3結合) PDBsumデータ(QNB)$ [Muscarinic acetylcholine receptor - Wikipedia
4dajのChain A(ムスカリン性アセチルコリン受容体M3;チオトロピウム結合) PDBsumデータ(0HK)$
4mqt(ムスカリン性アセチルコリン受容体M2;ナノボディが結合) IXO(iperoxo)選択 PDBsumデータ(IXO;iperoxo)$ PDBsumデータ(2CU;LY2119620)$
◆ドーパミン(ドパミン)受容体関連
1i15(ドーパミンD2受容体;Theoretical Model,α鎖部分のみ) [Dopamine receptor D2 - Wikipedia
3pbl%(ドーパミンD3受容体;エチクロプリド結合) PDBsumデータ(ETQ)$ [Dopamine receptor D3 - Wikipedia
◆セロトニン受容体関連
3gwv(セロトニントランスポーター;フルオキセチンが結合) 同PDBsumデータ 3gwv_RFX $ [Serotonin transporter - Wikipedia
4iar*%(5-HT1B-BRILキメラタンパク質;エルゴタミンが結合) PDBsumデータ(ERM)$ [5-HT receptor - WikipediaErgotamine - Wikipedia
4ib4*%(5-HT2B-BRILキメラタンパク質;エルゴタミンが結合) PDBsumデータ(ERM)$ [5-HT2B receptor - Wikipedia
4nc3*(5-HT2B受容体;エルゴタミンが結合) ERM(エルゴタミン)選択 PDBsumデータ(ERM)$
◆オピオイド受容体関連
4ej4(δオピオイド受容体) リガンドEJ4(ナルトリンドール)選択 PDBsumデータ(EJ4)$ [δ-opioid receptor - Wikipedia
4n6h(δオピオイド受容体) リガンドEJ4選択 PDBsumデータ(ERM)$
4djh*%(κオピオイド受容体) リガンドJDC(JDTic)選択 PDBsumデータ(JDC)$ [κ-opioid receptor - Wikipedia
4dkl*(μオピオイド受容体) リガンドBF0選択 PDBsumデータ(BF0)$ [μ-opioid receptor - Wikipedia
4ea3*%(ノシセプチン/オルファニンFQ(N/OFQ)受容体) リガンド0NN選択 PDBsumデータ(0NN,A鎖)$ [Nociceptin receptor - Wikipedia
◆ヒスタミン受容体関連
3rze*%(ヒスタミンH1受容体;ドキセピン含む(5EHとD7Vの2構造重ね合わせ)) 5EH(3E体)消去 D7V(3Z体)消去 PDBsumデータ(5EH-D7V)$ 5EH(3E体)のみ表示 D7V(3Z体)のみ表示 [Histamine H1 receptor - WikipediaDoxepin - Wikipedia
◆ケモカイン受容体関連
2lnlのModel 1(CXCR1〈IL-8A受容体の別名〉) [Chemokine receptor - WikipediaCXC chemokine receptors - Wikipedia
3oduのChain A%(CXCR4;アンタゴニストIT1t結合) PDBsumデータ(ITD)$
4mbsのChain A(CCR5;阻害剤マラビロク〈maraviroc〉結合) PDBsumデータ(MRV)$ MRV(マラビロク)選択
◆その他の受容体関連
グルカゴン受容体 4l6r [Glucagon receptor - Wikipedia
コルチコトロピン放出因子受容体 4k5y*(阻害剤CP-376395が結合) PDBsumデータ(阻害剤1Q5,A鎖)$ 1Q5選択 [Corticotropin releasing hormone receptor 1 - Wikipedia
スフィンゴシン-1-リン酸受容体 3v2y*% PDBsumデータ(ML5)$ [G protein-coupled receptor - Wikipedia
ニューロテンシン受容体 4grv(ニューロテンシン受容体1〈NTSR1〉;ニューロテンシン〈部分,6残基/13残基〉結合) PDBsumデータ(RRPYIL;B鎖)$ [Neurotensin receptor - Wikipedia
プロテアーゼ活性化受容体 3vw7(プロテアーゼ活性化受容体1〈PAR1〉;ボラパクサール〈ボラパキサル〉結合) [Protease-activated receptor - Wikipedia
嗅覚受容体(オプシンを用いたホモロジーモデリング) 4j4q*#(オプシン;嗅覚受容体のホモロジーモデリング) PDBsumデータ(BOG405)$ BOG_405A選択 [Olfactory receptor - Wikipedia
◆ロドプシン関連モノはなぜ見える
  ※ポンプ,ハロロドプシンなどGPCRとは異なる機能を有するものも含みます。
1c3w(バクテリオロドプシン)
1e0pのChain A(基底状態)(バクテリオロドプシン)
1f88のChain A#(ウシロドプシン)  Gly90選択 Lys296選択 PDBsumデータ(RET)$
1h2s(センソリーロドプシンII) Chain A [Sensory rhodopsin II - Wikipedia
1iw9*#(バクテリオロドプシン,光駆動プロトンポンプ)
1jfp(ウシロドプシン) PDBsumデータ(RET)$
1ln6(メタロドプシンII) PDBsumデータ(RET)$
1l9hのChain A#(ウシロドプシン)
1qhj(バクテリオロドプシン)
1r2nのModel 1*(バクテリオロドプシン)
1u19#(ウシロドプシン,Hg,Zn)
2g87*#(バソロドプシン)
2hpy*#(ルミロドプシン)
2i37#(光活性化ロドプシン)
2ped#(9-cis-ロドプシン)
2x72*#(ウシロドプシン)
2z55のChain A*#(アーキロドプシン,バクテリオルベリン)
2z73のChain A*(イカロドプシン)
3pqr*#(メタロドプシンII) PDBsumによるレチナールのSITE選択 Gly90選択 Lys296選択 PDBsumデータ(RET)$生体分子模型Kawakami Model
4bey*#(ウシロドプシン変異体G90D;先天停止性夜盲) Asp90選択 Lys296選択
◆スムーズンド関連
4jkvのChain A(スムーズンド;抗腫瘍薬LY2940680が結合) リガンド1KS(LY2940680)選択 PDBsumデータ(1KS)$
◆その他
1omw#(Gタンパク質共役受容体キナーゼ2〈GRK2〉-ヘテロ三量体Gタンパク質複合体;Lefkowitzによる) [G protein - WikipediaG protein-coupled receptor kinase - Wikipedia
4l9iのChain A(Gタンパク質共役受容体キナーゼ1〈GRK1〉;パロキセチンが結合) PDBsumデータ(8PR)$
4kfmの12量体(Gタンパク質依存性内向き整流K+チャネルGIRK2-Gタンパク質βγ複合体;Chain A・B・G×4) [G protein-coupled inwardly-rectifying potassium channel - Wikipedia] → Natureハイライト(2013/06/13)


【参考】Natureレビュー Fig.3(b)掲載のGPCR
(上掲データと重複〔一部はGPCR単鎖のみに〕;別ページ版

2000 1f88(A)
2007 2rh1
2008 2z73(A) | 2vt4(A) | 3eml
2010 3pbl(A) | 3odu(A)
2011 3sn6(R) | 3qak | 3rze | 3pqr
2012 3v2y | 3uon | 4daj(A) | 3vw7 | 2lnl(Model 1)
   4djh(A) | 4dkl | 4ea3(A) | 4ej4 | 4grv

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
RET選択(レチナール;ロドプシン関連データの一部)
空間充填 球棒 球10% 球25% 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P


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