◆ 今週の分子 ◆
★連載53(2004/04/21〜):
正常プリオンタンパク質例2(PDBデータ1QM2より)
プリオンタンパク質の構造例(Jmol版)
 2003年から刊行が開始されている日本化学会編集の実験化学講座・第5版,第14巻は「計算化学」です。
◎日本化学会 編,「実験化学講座 第5版 12 計算化学,丸善(2004)
 第4版では「基本操作III」がコンピュータ利用になっていましたが,独立した一巻になったことでこの分野の重要性が増していることがわかります。
 以下のプリオンは,pp.270-271に記述されている,基準振動解析例で取り上げられているデータで,初期表示で赤色表示部分(C末端側3番目のGLN 227と,2番目と3番目のヘリックス間ループのTHR 190-GLU 200)が大きく振動しているとされます。ただし,NMR構造を拡張MM2力場で構造最適化後に基準振動解析をした結果ですが,以下は計算していない構造データです。

狂牛病とプリオン/牛海綿状脳症(BSE)
計算化学演習分子計算の概要など) ←
※参考サイト:ProMode(タンパク質ドメインの運動)

正常なプリオンタンパク質例である1qm2
(PDBのオリジナルデータ


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※log P値順
ARG ASP ASN GLU GLN HIS GLY SER LYS THR
ALA PRO
 CYS VAL TYR MET ILE LEU PHE TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE
Backbone 2oStructure Termini
DNA/RNA(ATGCU
Ligands表示 OFF
Water表示  OFF

全選択(125-228 Fragment)
GLN 227 選択  THR 190-GLU 200 選択
GLN 227 および THR 190-GLU 200 選択
選択Protein赤色表示

空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
hydropathy index順(Protein)
log P値順(Protein)
有機概念図I/O値順(Protein特性基 R)| 同(アミノ酸)
Dot Surface表示 OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
S-S結合(太) OFF
S原子(Protein中)空間充填
静電ポテンシャル 同(透明) OFF
親油ポテンシャル 同(透明) OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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