《初期表示は1ea1／L(HEM)+S》
データ一覧表右欄のリガンド＋SITE表示で，PDBデータ内の“SITE”行に記載されているリガンド結合部位（活性部位）だけを拡大して参照できます。全体表示（ただしPDB部分データリストに掲載しているもの；オリジナルデータへは同リストからリンク）ボタンと交互に押せばタンパク質中の位置などを確認可能です。全体表示後に，SITE選択ボタンを押せば，左欄のProtein選択・DNA/RNA選択・リガンド選択・全選択と同様に選択部分だけ表示変更などができます。
*印は水分子を含み，$印はDNA・RNAを含みます。
なお，#0を付したデータは本ページ独自の表示を可能にするために，原子団No.を一部変更しています。
[ ] は比較的身近なあるいは話題のリガンド名，またはキーワードです。
| リガンド＋SITE表示 | 全体表示 | SITE選択 |
|---|---|---|
| ◎参考教材２（α-helix，β-sheet構造部分の水素結合学習用） | ||
| ◎参考教材３ | ||
| ◎参考教材４ | 1ere： | |
| ◎参考教材５ | （[X][Y]と左隣欄の各Chain Aについて） 1hho： |
|
| ◎参考教材６ | 1e9x： | |
| ◎参考教材７ | 1akd： | |
| ◎参考教材８ | ||
| ◎参考教材９ | ||
| ◎参考教材10 | ① | |
| ② | ||
| ③ | ||
| ④ | ||
| ⑤ | （略 → オリジナルPDB） | |
| ↓ 以下PDB ID順（上から2桁目以降の番号・アルファベット順） | ||
| （略 → オリジナルPDB） | ||
| （略 → オリジナルPDB） | ||
| （略 → オリジナルPDB） | ||
#0 本ページ独自の表示を可能にするために，原子団No.を一部変更。また，一部アミノ酸やリガンドに2種以上の座標を含むものはについては最初のものだけを残した。
#1 PDBデータ中のSITE情報のうち，リガンドから離れているものは削除してデータ作成。
#2 1ereにはSITE情報が記載されていないので，同じestradiol受容体である1qkuのSITE情報と同一配列番号のアミノ酸を抜き出して作成した。
#2' 3erd，1err，3ertにはSITE情報が記載されていなが，#2の1ereと同様に，類似受容体である1qkuのSITE情報と同一配列番号のアミノ酸を抜き出して作成した。 → 環境ホルモンの3D-QSAR紹介参照
#3 1iwi（詳細），1j51（詳細）は，1qmq（詳細；一部アミノ酸とリガンドに複数の座標があるものは最初のものだけ選択）のHEMのSITE情報と同一配列番号のアミノ酸を抜き出した。ただし1qmqのSITEに含まれる4つの水分子は他では割愛。他に同じSITEを持つものは，SCOP情報参照。
#4 SITE情報に記載されているもの以外の近傍にあるリガンドも表示。またリガンドの一部がSITE部分になっているものもある。何れも詳細は各オリジナルPDBデータのSITE情報を参照。
#5 リガンドが同一で，ChainによってSITE構成アミノ酸が異なるデータ。
#6 PROSITE pattern“C-x(2,4)-C-x(3)-[LIVMFYWC]-x(8)-H-x(3,5)-H”を持つZinc Fingerの例。作成図例４，Googleによる「"Zinc Finger" PROSITE」検索結果および下記文献参照。
・広川貴次・美宅成樹，「できるバイオインフォマティクス」，pp.81-84，中山書店(2002)
#7 PROSITE pattern“L-x(6)-L-x(6)-L-x(6)-L”を持つLeucine Zipperの例。PDB部分データコンテンツ集の画像作成例１，Googleによる「"leucine zipper" PROSITE」検索結果および上記 #6 の文献p.83参照。
#8 His57，Asp102，Ser195で形成されるキモトリプシンのペプチド結合加水分解反応活性部位。下記文献参照。
・C.K.Mathews ほか著，清水孝雄 ほか監訳，「カラー生化学」，p.284，西村書店(2003)
・相本三郎 ほか著，「生体分子の化学」，p.97，化学同人(2002)
## その他の特殊データ。
作成図例２（拡大） タンパク質では，離れているアミノ酸が協調作業をして機能を示す！（2fke・1j4rを例に）
左：2fke・1j4rと同じ下記アミノ酸配列ですべてα-helix構造にしたもの（MOLDA for Protein Modelingで組立て）とSITE部位の強調表示
GVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKFDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE
中２つ：実際の2fkeとその活性部位（アミノ酸はすべてamino色表示）
右：2fkeの活性部位と同じ配列番号のアミノ酸をSITEとした1j4r
※2pk4についてもアミノ酸配列をすべてα-helix構造にしたデータをリストに追加
《参考》タンパク質の構築原理（理研ゲノム科学総合研究センター／タンパク質構造・機能研究グループ）
作成図例３（拡大） DNAを含むデータ例である1eriの場合
作成図例４（拡大） PROSITE pattern“C-x(2,4)-C-x(3)-[LIVMFYWC]-x(8)-H-x(3,5)-H”を持つZinc Fingerの例
（Finger構成残基を球棒＋Dot Surface表示にし，CysのS原子を空間充填表示；注記 #6 参照）
作成図例５ リガンドが同一でSITEが異なる例；1h61と1ofv（酸性・中性・塩基性アミノ酸区別表示，リガンドはflavin mononucleotide）
作成図例６（拡大） SITEが類似しているP450タンパク質のSITE部分とリガンドの重ね合わせ例
左：1ea1のP450に特徴的な全体構造（HEMとそのSITE部分及びTPF），右：1e9xと1ea1のHEM+SITE+{PIM or TPF}重ね合わせ
※参考：P450関連コンテンツ例（ステロイドホルモン，環境ホルモン情報），他の重ね合わせデータ例（エストロゲン受容体4種）
※Googleによる“シトクロム OR シトクローム OR チトクロム OR チトクローム”検索結果
[TOPIC] 本コンテンツについて日本コンピュータ化学会2003秋季年会（2003/10/25-26，広島大学）で発表しました． → PDF版要旨
発表時のポスター
