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▼以下続報
ゲフィチニブ(gefitinib;商品名イレッサ Iressa) → 話題の制がん剤・抗がん剤
アデノシン → 生活改善薬
解析に用いられたタンパク質1kee
参考:記事中のタンパク質RANTESの例(1hrjのModel 1)
※RANTESに触れたHIVに関する別論文例
インフルエンザウイルスの構造
1ere Chain AのCASTpから得たPocket 172構成アミノ酸残基(薄緑)とSITE部分(濃青)
参考(記事と直接は無関係):ホウレンソウから得た光収穫系複合体のPDBデータ例(1rwt;Nature記事参照)
参考:異常プリオン分と正常ホルモンの分子構造例(BSE/狂牛病とプリオン参照)
※最近の解説記事例:竹縄忠臣 編,「タンパク質がわかる」,pp.119-122,羊土社(2003)
参考:抗SARS薬設計のためのPDBデータ例(プロテアーゼ3Clpro)1p9sのChain A(他に1p9uなど)
参考:緑色蛍光を発するタンパク質/GFP
シニョリン(1UAOのModel 1;配列はGYDPETGTWG)
〔上左〕は原子色,〔上右〕アミノ色表示,〔下左〕距離的に考えうる水素結合(結合角は無視)の表示,
〔下右〕MOLDAで組立てた同配列でα-helix型のタンパク質 → 世界最小のタンパク質シニョリン
1uaoデータから作成したアニメーション(データ表示順はランダム)
アルゴノートの例(1u04);酸性・中性・塩基性アミノ酸区別表示(左)とCASTpによる探索ポケット例(右;Pocket 91-89)
Pocket 90-89のサイズ情報 → 90:608.29(Area),1404.42(Volume) 89:529.67(Area),614.09(Volume)
※参考:CASTpデータで見るエストロゲン受容体
GGA1タンパク質のGATドメインのN末端領域とARF1との複合体(1j2j);酸性・中性・塩基性アミノ酸区別表示 → KEK資料
生体分子のかたちの不思議※エンフューヴィルタイド(enfuvirtide,T-20,CAS-159519-65-0,C204H301N51O64):CH3CO-Tyr-Thr-Ser-Leu-Ile-His-Ser-Leu-Ile-Glu-Glu-Ser-Gln-Asn-Gln-Gln-Glu-Lys-Asn-Glu-Gln-Glu-Leu-Leu-Glu-Leu-Asp-Lys-Trp-Ala-Ser-Leu-Trp-Asn-Trp-Phe-NH2
同ニュース図4に相当するタンパク質の二次構造(1vf7)
参考:成人T細胞白血病リンパ腫に対する抗がん剤の例 → Chime分子,話題の抗がん剤
(ビンクリスチン,エンドキサン/シクロホスファミド,アドリアマイシン,メソトレキセ−ト,エトポシド;国立がんセンター資料より)
tRNAの擬態とされる同じ研究グループによるPDBデータ例1uebのChain A(2003年,他のデータはPDBで公開準備)
ノルゾアンタミン(norzoanthamine)→ Chime分子
時計タンパク質KaiA(カイ・エー)の時計発信C末端ドメイン;空間充填表示は時計機能に必須のHis270
ヒトcytochrome P450(CYP)2C9の構造例1og5
〔左〕Chain A全体,〔右〕そのHEME CのSITE部分(PDBデータのLigand結合部位で作成)
※P450関連のコンテンツ例:P450部分データ集,ステロイドホルモンの生合成と代謝
アトルバスタチン(atorvastatin)→ Chime分子
グルカゴンの構造例1gcn(PDB部分データリストで酸性・中性・塩基性アミノ酸区別表示)
シスプラチン(中央;ピンクがPt)が結合したDNAの例1a84
ラパマイシン(rapamycin;Chime分子)とそれを含む参考PDBデータ例(1pbk)(その他)
〔左〕エピガロカテキンガレート(EGCG;「動く分子事典」p.94),〔右〕エピガロカテキン(EGC)を含む参考のPDBデータ例1jnq
〔左〕1EULの2個のCa+の結合部位の周辺構造(酸性・中性・塩基性アミノ酸区別表示),〔右〕一方のCa+の結合部位
※関連資料例:カルシウムポンプ蛋白質の立体構造を解明(理研,2000/06/06)
参考:今回構造解析されたPsbPと構造が酷似しているとされるMog1p(光合成とは無関係)の例1eq6
文中のベンゾジアゼピン薬の例ジアゼパム ※参考:薬物事典
参考:オーロラ-A関連PDBデータ例1ol7
参考:ネプリライシンのPDBデータ例1dmt → アルツハイマー病とネプリライシンに関する英文論文例
トレハロース → 参考:甘味物質の秘密
参考:Hemojuvelinと命名されたタンパク質によって発現が調節されるHepcidin(体内の鉄分量制御に関与)の例1m4fのModel 1
参考:鳥インフルエンザウイルス(H5型)関連PDBデータ例1jso(他に1jsnなど)
〔左〕PDBの画像例(1ca2と1cam),〔右〕PDBデータのLigand結合部位での表示例(1CAM)