◆ Jmolで見るトピックス分子 ◆
Vol.1234567
※初期表示はメタン菌のメチルトランスフェラーゼ(PDB 1NTHの6量体)。
※2013年7月28日以前のデータはVol.7に移しました!
※ブラウザはInternet Explorerを推奨します。

本サイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。データ番号と資料番号が対応しているほか,[ ]の事項クリックで関連情報やブログエントリーにジャンプします。
※話題50件ごとにデータをアーカイブに移動します。
Vol.1(No.1-50)2(51-100)3(101-150)4(151-200)5(201-250)6(251-300)7(301-350)
  1. PDBデータ 3vryチロシンリン酸化酵素 HCK(RK-20449が結合) 同PDBsumデータ 3vry_B43$RK-20449 [Cancer stem cell - WikipediaLeukemia - Wikipedia
  2. 産総研によるバイオサーファクタントの例 [Biosurfactants - Wikipedia]
  3. PDBデータ 4eggの12量体(Chain A-F×2,人工設計タンパク質) [Protein design - Wikipedia
  4. サリン VX ‖ PDBデータ 1cfj(アセチルコリンエステラーゼ;メチルリン酸基が結合) 同PDBsumデータ 1cfj_GB$ [Nerve agent - WikipediaAcetylcholinesterase - Wikipedia
  5. PDBデータ 3vvgのChain A(セルラーゼ;阻害剤が結合) ‖ 参考(セロテトラオースが結合したセルラーゼ): PDBデータ 4hu0 [Cellulase - Wikipedia
  6. PDBデータ 4lrhのChain A(葉酸受容体;葉酸が結合) 同PDBsumデータ 4lrh_FOL$葉酸 [Folate receptor - WikipediaFolic acid - Wikipedia
  7. PDBデータ 3w82#(α-L-イズロニダーゼ) 同PDBsumデータ 3w82_IDR$ IDR(L-イズロン酸)選択 [Iduronidase - WikipediaIduronic acid - Wikipedia
  8. PDBデータ 3s3m(プロトタイプフォーミーウイルス(PFV)のインテグラーゼとDNA;ドルテグラビルが結合) 同Chain A 同PDBsumデータ 3s3m_DLU$ [Integrase - WikipediaDolutegravir - Wikipedia
  9. PDBデータ 1npo(ニューロフィジンII〈ニューロフィシンII〉;B鎖は結合しているオキシトシン) 同Chain B(オキシトシン) 同PDBsumデータ 1npo_oxytocin$ オキシトシン(B鎖)選択 [Oxytocin - Wikipedia
  10. PDBデータ 3vkhのChain A・C(キイロタマホコリカビのダイニン) [Dictyostelium discoideum - WikipediaDynein - Wikipedia
  11. ラグドゥネーム(lugduname) [Lugduname - Wikipedia
  12. PDBデータ 3w6xのChain A・B(アセチル基転移酵素Mpr1) HZP(cis-4-ヒドロキシプロリン)選択 [Acetyltransferase - Wikipedia
  13. PDBデータ 4iar*(セロトニン受容体〈5-HT 1B-BRILキメラタンパク質〉;エルゴタミンが結合) 同PDBsumデータ 4iar_ERM$PDBデータ 3gwv(セロトニントランスポーター;フルオキセチンが結合) 同PDBsumデータ 3gwv_RFX$ [5-HT receptor - WikipediaSerotonin transporter - Wikipedia
  14. PDBデータ 3vrf(マンモスのヘモグロビン;一酸化炭素が結合) 同Chain A 同PDBsumデータ 3vrf_HEM-CMO(A鎖)$ [Mammoth - Wikipedia
  15. PDBデータ 2kllのModel 1(ヒトのインターロイキン33) [Interleukin 33 - Wikipedia
  16. バルサルタン(valsartan) [Valsartan - Wikipedia
  17. PDBデータ 1gcw(シロザメのヘモグロビン;一酸化炭素が結合) 同Chain A 同PDBsumデータ 1gcw_HEM-CMO(A鎖)$2hhb(ヒトのヘモグロビン) 同Chain A PDBsum2hhb_HEM(A鎖)$ [Hemoglobin - Wikipedia
  18. PDBデータ 1nthの6量体(Chain A×6,メタン菌のメチルトランスフェラーゼ;リガンドは座標2種のうちAのみ) 同PDBsumデータ 1nth_BGX$ [Methanogen - WikipediaMethyltransferase - Wikipedia

 (適宜追加します)


バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球30% 球40% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示 
   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



アーカイブ
Vol.1(No.1-50)2(51-100)3(101-150)4(151-200)5(201-250)
6(251-300)7(301-350)

「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」Chime版「分子の学習帳」