◆ Jmolで見るトピックス分子(27-4) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-11101111-11201121-11301131-11401141-11501151-11601161-11701171-11801181-11901191-1200
1201-12101211-12201221-12301231-12401241-12501251-12601261-12701271-12801281-12901291-1300
1301-13101311-13201321-1330
Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。


  1. Discovery of a widespread chemical signalling pathway in the Bacteroidota(Nature,2025/08/20) [NEW!] ※2025/08/13公開9egb・9egc(下掲)・9egd

    C8-ACLが結合したAclAの構造9egcのChain A
    ATP citrate synthase - Wikipedia
    9egcのChain A(C8-ACLが結合したAclAの構造,cif→pdb変換)  A1C(C8-ACL)選択 同PDBsumデータ9egc_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    C8-ACLが結合したAclAの構造9egcのChain AとPDBsumデータ



    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. They have created new rooms for chemistry - Popular information(NobelPrize.org,2025/10/09) [NEW!]

    MOF構造例ZIF-8(部分構造)
    MOF構造例(ZIF-8,部分構造)
    ※参考構造(Interactive 3D Chemistry Animations — ChemTube3D掲載データ例):
    MOF構造例(MOF-5) [Winmostarでxyzデータをmolデータに]
    ※参考構造(空隙構造をもつゼオライト構造例:Interactive 3D Chemistry Animations — ChemTube3D掲載データ例):
    ゼオライト(zeolite)部分構造例 [Winmostarでsdfデータをmolデータに]
    ※参考構造(通常の結晶構造)
    ダイヤモンド(diamond)
    塩化ナトリウム(sodium chloride,NaCl)
    金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示
    ※参考構造(包接化合物)
    α-シクロデキストリン+エタノール α-CD選択 → シクロデキストリン
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]MOF構造例(ZIF-8,部分構造)
    [中・右]MOF構造例(MOF-5;Interactive 3D Chemistry Animations — ChemTube3D掲載データ例)


    ※参考構造(空隙構造をもつゼオライト〈zeolite〉部分構造例:Interactive 3D Chemistry Animations — ChemTube3D掲載データから)

        
    ※参考(通常の結晶構造例)
    左から 各種結晶構造等の川上モデル,塩化ナトリウム(sodium chloride,NaCl),金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示
    後2者については → 別トピック


  3. DFMO(EP4拮抗薬)、胃がんを対象とした第U相臨床試験で、オプジーボおよび化学療法との併用療法により主要評価項目を達成(小野薬品,2025/10/09) [NEW!] ※“DFMOは、EP4受容体を介したPGE2の作用を抑制”のPGE2も下掲

    DFMO
    I = 690, O = 560, I/O = 1.232
    DFMO I/O = 1.232
    PGE2 I/O = 1.073
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 

      
    [右]DFMO [左]プロスタグランジンE2(PEG2

      
    ※参考:[左・中]PEG2結合EP4受容体例7d7mとPDBsumデータ(右側は別研究;鍵と鍵穴模型参照)
    [右]ニボルマブ(商品名 オプジーボ)のFabが結合したPD-1 5ggr → 別トピック


  4. ミトコンドリア機能障害が加齢に伴う大動脈変性を引き起こす(CareNet.com,2025/07/16) [NEW!] ※“ミトコンドリア標的ペプチドであるエラミプレチド(ELAM; SS-31)を8週間投与する実験を実施”。

    エラミプレチド(elamipretide)
    I = 1280, O = 640, I/O = 2.000
    Elamipretide - Wikipedia
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 


    エラミプレチド(elamipretide)


  5. Wnt/β-カテニンシグナルを調節する複合体の構造を解明(東京大学,2025/10/01) [NEW!] ※2025/10/15公開9kb6・9kb7・9kb8・9kb9(下掲)

    LGR4/RSPO2/ZNRF3複合体9kb9
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 Chain A・D(LGR4)のロイシン選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    LGR4/RSPO2/ZNRF3複合体9kb9


  6. Cover Story:がんを飢えさせる:選択的な食餌制限が小児腫瘍に対する薬剤の効果を高める可能性(Nature ハイライト,2025/10/16) [NEW!] ※“ポリアミン生合成を阻害する薬剤であるジフルオロメチルオルニチン”のジフルオロメチルオルニチンと関連情報を下掲

    ジフルオロメチルオルニチン(difluoromethylornithine;DFMO)
    I = 210, O = 130, I/O = 1.615
    ジフルオロメチルオルニチン(difluoromethylornithine;DFMO) I/O = 1.232
     → タンパク質中の20種類のアミノ酸
    2todのChain A・B(DFMOが結合したオルニチンデカルボキシラーゼ;DFMOは部分構造) DMO(DFMO部分構造)選択 同PDBsumデータ2tod_DMO[700(A)]$ [Ornithine decarboxylase - Wikipedia
    3gn0のChain A(DFMOが結合したアルギナーゼ) 同PDBsumデータ3gn0_DMO$ [Arginase - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ジフルオロメチルオルニチン(difluoromethylornithine;DFMO)

      
    左から DFMO(部分構造)が結合したオルニチンデカルボキシラーゼ2todのChain A・BとPDBsumデータ,
    DFMOが結合したアルギナーゼ3gn0のChain AとPDBsumデータ


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」